2001 yılında Borussia Dortmund'un futbol altyapısına geçti. Bu takımda sivrilmeye başlayan Nuri, 2005-06 sezonunda Borussia Dortmund A takımı kadrosuna seçildi ve ilk maçını Intertoto Kupası'nda Sigma Olomouc takımına karşı sonradan 65. dakikda oyuna girerek takımının en genç Avrupa kupaları maçlarında forma giyen oyuncusu oldu.
6 Ağustos 2005 tarihinde 2-2 biten VfL Wolfsburg maçında ilk 11 olarak oyuna başladı ve Bundesliga tarihinde ilk 11'de forma giyen en genç oyuncu ünvanını kazandı. 13 Ağustos'ta yapılan FC Schalke 04 maçında ise ilk kez taraftarının karşısına çıktı. Bu maçtan sonra bir süre kadroda kendine yer bulamayan Nuri, 10. haftadan sonra takıma geri döndü. 26 Kasım 2005 günü 1. FC Nürnberg ile oynanan maçta gol atarak Bundesliga'da da en genç yaşta gol atan futbolcu ünvanını da kazandı. Sene sonu 7. olan Dortmund'da 1 gol 6 asistlik bir performans gösterdi. Sonraki sezonda ise yine ilk hafta maçı FC Bayern Münih maçında oynayan Şahin, sonraki bir kaç hafta Borussia Dortmund 2'de forma giydi. Daha sonra yine A takıma dönen Şahin, genel olarak ikinci yarıda oyuna giren yedek oyuncu olarak görev aldı.
Nuri Şahin, kulübü Borussia Dortmund tarafından, 5 Temmuz 2007 tarihinde Feyenoord'a kiralik verildi. İlk 11'e hemen giren Şahin, ligin ikinci maçında taraftarı karşısında oynadığı ilk resmi maçı olan NAC Breda karşısında 5-0'lık galibiyete iki golüyle katkıda bulundu. Ligi 6. olarak bitirseler de Şahin, 6 gol kaydederek kariyerini en iyi performansına ulaştı.
2008/09 sezonuna da Dortmund'un 2. takımında başlayan Nuri, ilk maçında iyi performansını golle süsleyince, tekrardan A takıma yükseldi. Takımı son hafta aldığı sonuçla 6. olup, Avrupa Kupaları'na katılma hakkını kaybetti. Nuri ise 2 gol ve 4 asist ile etkili bir performans gösterdi. İlk kez UEFA Kupası'nda forma giyen Şahin, Udinese Calcio'ya penaltı atışlarında takımının ilk golünü atsa da Dortmund, penaltılarla rakibine elendi.
2009-10 sezonu Dortmund'un değişmez oyuncularından olan Şahin, 34 maçın 33'ünde forma giydi. 4 gol, 8 asist kaydetti. Dortmund ile gördüğü en iyi derece olan beşinciliği gördü.
Geçtiğimiz sezon Hamit Altıntop ile İspanya devi Real Madrid ile anlaşan milli futbolcu geçirdiği talihsiz sakatlık nedeniyle bir türlü istediği performansı gösteremedi. 6 Kasım 2011 tarihinde Osasuna takımı ile oynanan maçta 66. dakikada oyuna dahil olarak, Real Madrid'deki ilk resmi maçına çıktı. 22 Kasım 2011 tarihinde Santiago Bernabéu'da oynanan Real Madrid - Dinamo Zagreb karşılaşmasında ise takımı adına ilk kez ilk onbirde sahaya çıkmış ve 90 dakika sahada kaldı. Real Madrid formasıyla ilk resmi golünüyse 20 Aralık 2011 tarihinde Ponferradina takımıyla oynanan ve 5-1 kazanılan İspanya Kral Kupası maçının 44. dakikasında attı.
Ancak işler genç futbolcunun istediği gitmedi ve Real Madrid ile yollar ayrıldı. Yıldız futbolcunun bu seferki yeni adresi Liverpool oldu. Liverpool'daki ilk maçına 2 Eylül 2012 tarihinde Arsenal ile oynanan ve 2-0 kaybedilen lig karşılaşmasında çıkmıştır.[36] Bu takımla ilk Avrupa kupası maçınaysa 20 Eylül 2012 tarihinde 5-3 kazanılan Young Boys deplasmanında çıktı. Nuri bu maçta takımının ikinci golünün asistini yaptı. Liverpool kariyerinin ilk golünü ise 26 Eylül 2012 tarihinde İngiltere Lig Kupası 3. tur maçında 2-1 kazanılan West Bromwich deplasmanında attı.
Nuri'nin Liverpool kariyeri 2012-13 sezonu devre arasında sonlandı. Kulüp ile karşılıklı olarak sözleşmesini fesheden futbolcu kiralık olarak eski kulübü Borussia Dortmund'a döndü.
İŞTE 40 YIL ÖNCE KIRŞEHİR`DEN ACI VATAN ALMANYA`YA GÖÇEN ŞAHİN`İN AİLESİ`NİN AĞZINDAN NURİ`NİN HİKAYESİ...
Şahin ailesi, 40 yıl önce Kaman`dan, Meinerzhagen`e göç etti... Nuri, henüz 4 yaşındayken keşfedildi...
Babası Savaş Bey, `Oğlum Almanya Milli Takımı`nı hiç düşünmedi` derken, annesi Nezaket, `O artık tüm Türkiye`nin evladı... Bize gururların en büyüğünü yaşattı` diyor...
Kırşehir`in Kaman İlçesi, bundan yaklaşık 40 yıl öncesi... Şahin Ailesi bavulları toplar, acı vatan Almanya`ya göç eder. Dortmund`a 70 kilometre uzaklıktaki Meinerzhagen`e yerleşirler. Nuri Şahin`in ailesinin temelleri de burada atılır. Dede Elvan, anne Nezaket, baba Savaş çalışır da çalışır. Nezaket ve Savaş çiftinin iki çocukları olur; Ufuk ve Nuri...
Baba Savaş zamanında futbol oynamıştır. Ardından antrenörlük ve hakemlik yapmaya başlar. Bir gün çocuklarını bir antrenmana götürür, Alman bir antrenöre...
Aslında niyeti 6.5 yaşındaki Ufuk`u bir okula yerleştirmektir. Ama Nuri de yanlarındadır. Alman antrenör, henüz 4 yaşında, etrafa gülücükler saçarak koşan bu minikle top oynamaya başlar.
GÜNDE 140 KM. YOL YAPIYOR
Yaklaşık yarım saat oynarlar. Alman antrenör döner babaya, `Bu çocuğu da hemen bir minik okuluna verin. Vuruşları çok farklı` der. İşte, Milli Takım`ın genç yıldızı Nuri`nin kariyeri böylece başlar. Futbola çok düşkündür. Öyle düşkündür ki... Örneğin, 9 yaşındayken bir akşam 39 derece ateşle yatmaktadır. Ertesi gün turnuva vardır. Ailesi göndermez endişesiyle erkenden kalkar, hazırlanıp kapının önünde beklemeye başlar. Genelde kendinden büyüklerle oynar. Okuluyla birlikte futbolu da çok iyi götürür. 12 yaşında Almanya`nın Borussia Dortmund takımına transfer olur. Ama ana vatanı Türkiye`de tanınması için Peru`daki 17 yaş altı Dünya Şampiyonası`na gitmesi gerekir. Milli Takım`a çağrılan ve Almanya`ya attığı golle `milli evlat` olan Nuri`yi konuşmayan yok. Ama bir anda parladığını düşünenler yanılıyor. Çünkü o 17 yılının neredeyse tamamını `çalışarak` geçirdi. 5 yıldır her gün 70 kilometre yol yapıyor, `işi`nin olduğu Dortmund`a gidip geliyor. Utanarak röportaj veren ailesi aslında Nuri hakkında çok konuşmak istemiyor. Ama ısrarlarımızı kıramıyorlar. Daha önce hiç İstanbul`a gelmemişler. Sadece bir kez köprüden geçerken görmüşler Boğaz`ı... Çok mutlular, ama İstanbul`u gördükleri için değil, oğulları gol attığı için. Bu İstanbul`u ilk ziyaretleri
NURİ'NİN BABASI: OKULUNU DA BİTİRECEK
Futbol kadar eğitimi de önemli. Gymnasium`u (bizdeki lise) bitirmesine 3 yıl var. Okulu biraz aksıyor ama Nuri bunu halleder. Çünkü öğrenciliği de iyi. Ne mutlu ki oğlumun Milli Takım formasıyla gol attığını da gördüm. Tek üzüntümüz Nuri`nin çocukluğunu yaşayamamış olması. Neyse ki şimdilerde play-station`a merak sardı.
ANNE NEZAKET: O NEREYE, BİZ DE ORAYA
Nuri başka ülkeye transfer olursa yalnız bırakmam. Yıllardır onun idmanlarına çanta hazırlıyorum. Kendimize de bir valiz hazırlar onunla o ülkeye gideriz. Birbirimize çok düşkünüz.