Bugünkü yapı, 1660 yılında Turhan Sultan tarafından Hassa baş mimarı Kâzım Ağa'ya yaptırılmıştır.Çarşının günümüzdeki yerinde, Bizans zamanında da bir çarşı bulunduğu rivayet edildiği gibi, bu çarşının adının da Makro Envalos olduğu iddia edilmektedir

Mısır Çarşısı "L" şeklinde bir yapıda olup, Yeni Cami'nin batısında yer almakta.1664'te cami bittikten bir yıl sonra, külliyenin bu bölümü Hassa Başmimar'ı Mustafa Ağa tarafından tamamlanmıştır. Çarşının Mısır Çarşısı olarak anılmasının nedeni, Kahire'den alınan vergilerle yapılmasıdır. Bu ad 18 yy.dan sonra kullanılmaya başlanmış; çarşı, bundan önce Valide Çarşısı ve Yeni Çarşı isimleriyle de anılmıştır. Çarşı'nın toplam altı kapısı bulunmaktadır. Haseki Kapısı'ndaki kısım iki katlı bir plana sahiptir ve üst katlar vaktiyle mahkeme bölümleri olarak da kullanılmıştır. Bu mahkeme bölümlerinde; esnafla halk arasındaki ve çarşı esnafının kendi arasındaki sorunlar giderilmeye çalışılırdı.

Çarşı'nın uzun ve kısa kollarının birleştiği alan "dua meydanı" diye anılıyor. Burada bir ezan köşkü bulunmaktadır. Parmaklı bir balkon şeklinde planlanan bu bölüm, çarşının göz kamaştırıcı mekânlarından biridir. Bir görevli bu meydanda esnafa seslenerek dua eder, hayırlı işler görmelerini dilemektedir.

Mısır Çarşısı'nda; eskiden yalnızca baharat değil, her türlü ilaçta satılırdı. Dükkânların görülebilen yerlerine de bazı işaretler konulurdu. İlaçların birçoğu da "Nüzhetül Fi Tercüme-Afiyet" adlı kitaptan yararlanılarak yapılırdı. Bugün çarşı içinde kuyumcular, aktarlar, baharatçılar ve hediyelik eşya dükkânları gibi birçok farklı dükkân faaliyet göstermektedir.

Çarşı 1691 ve 1940 yılları olmak üzere iki büyük yangın atlatmıştır. Bu yangınlarda önemli ölçüde hasar gören çarşı, son şeklini 1940 yılında İstanbul Belediyesi tarafından yapılan restorasyonla almıştır.