Forvet mevkiinde forma giyen Janko, profesyonel futbol kariyerine Admira Wacker'de başladı.

Başarlı geçen 3 sezonun ardından Red Bull Salzburg'a transfer oldu. Kısa zamanda takımın değişmez ismi oldu ve takımındaki ilk sezonunda 10 maçta 35 gol atarak adeta yıldızlaştı.

2008-09 sezonuna müthiş bir başlangıç yapan Janko, ligin ilk 2 maçında 10 gol kaydetti. 16 Kasım 2008'de daha sezonun yarısına gelmeden attığı 25 golle, Oliver Bierhoff'un 1990-91 sezonundaki 23 gollük performansını geçti ve Salzburg lig tarihinde bir sezonda en çok gol atan futbolcu unvanını ele geçirdi. Janko gollerine SC Rheindorf Altach karşısında 4 gol atarak devam etti. 6 Aralık 2008'de, ligin ilk yarısında en çok gol atan futbolcu ünvanını attığı 30 golle eline geçirdi. Lig sonuna gelindiğinde 34 maçta 39 gol, 9 asistlik müthiş performansıyla Avrupalı kulüplerin dikkatini üzerinde topladı.

30 Ocak 2009'da, kulübü Red Bull Salzburg'la olan sözleşmesini 4 yıl uzattı.

2010-2012 arasında Hollandanın Twente takımında forma giydi. 2012 yılında Portekiz'in Porto takımına transfer olan Marc Janko, 10 maçta forma giydi ve 6 gol kaydedebildi.

Janko, 28 Ağustos 2012'de 2,5 milyon euro bedelle Trabzonspor Kulübü'yle anlaşmaya vardı ve 3 yıllık sözleşmeye imza attı.

Avusturya Milli Takımı adına ilk maçına Mayıs 2006'da Hırvatistan karşısında çıktı. Forma giydiği 15 maçta 9 gol kaydetti.