Günümüzdeki küçük yapı 11 ile 14. yy.la tarihlendirilir. Hareketli dış mimarisinin yanında iç mozaik ve fresko dekorasyonları Bizans sanatının Rönesans'ı sayılan şaheserlerdendir. Bunlar, 14. yy da yapılan eklentilerle birlikte Theodor Metohides tarafından yaptırılmıştı.Kariye eski Yunanca kırsal alan anlamındaki Khora sözcüğünün Türkçeleşmiş halidir.
Kariye (Chora) Kilisesi, 6. yüzyıla kadar giden bir geçmişe sahiptir. Günümüze ulaşmış hali Osmanlı döneminde ve 20. yüzyılin ikinci yarısında geçirdiği onarımların sonucudur.Daha önceleri kilise çevresinde, manastır kompleksi de ihtiva etmekteyken bu yapılar geçen zamana dayanamamışlardır. İlk önce manastır olarak 534 yılında Justinianus döneminde Aziz Theodius tarafından yapılmıstir. 11. yüzyılda 1. Aleksios'un kayınvalidesi Maria Doukaina tarafından yeniden inşa ettirilmiştir. 1204-1261 yıllarındaki Latin istilasinda harap olan manastır Theodoros Metokhites tarafından 14. yüzyılda onarılmıştır. Dış narteks ve parekklesion bu dönemde yapıya eklenmiştir. (Metokhites Parekklesion'u kendisi için inşa etmiştir ve mezarı da kilisenin girişinde mermer Bir taşla belirlenmiş olan yerdedir.)
Yapının önemi, İmparatorluğun, Haliç kıyısında, surlara yakın bir yerde konumlanmış olan "Blackhernai Sarayı"na taşınmasıyla artmıştır. 1296'daki büyük depremden sağ olarak çıkmıştır.Bina Fatih Sultan Mehmet'in İstanbul'u fethinden sonra 1511 yılında camiye tevdi edilmiştir. 1948'den 1958'e kadar yapılan çalışmalar sonucunda tüm mozaik ve freskler ortaya çıkarılmıştır. Yapı 1948'den bu yana da "Kariye Müzesi" olarak hizmet vermektedir. Fetihten sonra camiye sadece köşesindeki minare ve içerde güneydoğu köşesindeki mihrap eklenmiş ve orjinalliğinin korunmasına çalışılmıştır.
Kariye Kilisesi, tipik Bizans yapısıdır. Dışarıdan tuğla duvarlarıyla oldukça sade görünmekle birlikte içi en süslü kiliselerden biridir. Güney cephede uzanan dar uzun tek nefli bir sapel olan parekklesion bir bodrum uzerine yapılmıştır. Üstü kısmen kubbe, diğer kısımları tonozla örtülüdür.
Kariye Müzesi, döneminin en ünlü eserlerinden biri olmasının yına sıra, bir çok gizemli yanlarının da olduğu rivayet edilir. Bunlar; Müzenin "Apsis" denilen mekanın yan duvarında bulunan mermer plaka, günümüzde görenleri hayrete düşürmektedir. Mermer plakada milyonlarca yıl önce yaşamış bir deniz canlısının fosili bulunuyor. Mermerde fosil oluşumu ise, çok çok ender görünen bir olay.
Bir diğeri ise; Kariye Müzesi'nin birinci giriş holündeki düğün sahnesi mozaiğinde, güğüm taşıyan bir figürün üstünde Arap rakamlarıyla yazılmış bir tarih göze çarpıyor. Bir Hiristiyan mabedinde rastlanan bu tarih, görenlerin ilgisini çekiyor.
Mısır ve Teselya'dan getirilen mermerlerin kaplama olarak kullanılan Kariye Müzesi'nde diğer bir ilgi çekici durum ise giriş kapısı altında dört yapraklı yonca biçiminde düzenlenen mermerdir.
Bir diğer kafalarda soru işareti bırakan durum ise, siyah figürlü mozaikler. "Şapel" denilen bölümde karşılıklı iki mozaikteki figürlerde siyah renk kullanılması araştırmacıların dikkatini çekiyor. Çünkü siyah elbiseli figürler, Hiristiyan sanatında ancak 16. yy.'da görülmeye başlanmış. Oysa Kariye'de ki mozaikler 13.yy' ile tarihleniyor. Dolayısıyla Kariye Müzesi, araştırmacılara Rönesans kıvılcımlarının ilk olarak nerede çıktığı konusunda sorular çıkarıyor.
İstanbul'u ziyaret eden turistlerin, uğrak yerlerinden biri olan Kariye Müzesi, turistlerin hayranlık duyduğu Geç dönem Bizans sanatının en güzel örneklerindendir.
