Trabzon'un Of İlçesi'nde doğdu. İstanbul Devlet Mimarlık ve Mühendislik Akademisi İnşaat Mühendisliği Bölümü'nü bitirdikten sonra İstanbul Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü İnşaat Anabilim Dalı'nda 'Metropol Şehirlerde Alternatif Yerleşim Bilimleri' konusunda Yüksek Lisans derecesi aldı. Bükreş Üniversitesi'nde inşaat sözleşmeleri konusunda tez hazırlayarak derece aldı.

1973-1994 yılları arasında özel sektörde 21 yıl müteahhit ve konut yapı kooperatifi yöneticisi olarak çalıştı. Vatani görevi sırasında 14 ay inşaat kontrol amiri vekili olarak görev yaptı.

1989-1999 yılları arasında İstanbul Büyükşehir ve Eminönü Belediyelerinde Belediye Meclis Üyeliği; ayrıca, 1995-1999 yılları arasında İstanbul Büyükşehir Belediyesi KİPTAŞ'ta 4,5 yıl Genel Müdürlük görevinde bulundu.

1999-2000 yılları arasında ABD'de 10 ay süreyle Yabancı Dil ve İnşaat Teknolojileri eğitimi aldı. Avrupa'da çeşitli ülkelerde konut, işyeri, kooperatifçilik ve gayrimenkul sistemleri hakkında eğitim ve seminerlere katıldı.

2000-2001 yıllarında Ankara Büyükşehir Belediyesi Metropol İmar A.Ş.'de Genel Müdürlük yaptı.

Aralık 2002-Mart 2011 tarihleri arasında Başbakanlık Toplu Konut İdaresi (TOKİ) Başkanlığı ve Emlak Konut Gayrimenkul Yatırım Ortaklığı Yönetim Kurulu Başkanlığı yaptı. Bu sürede;

- 81 il, 800 ilçe, 1.900 şantiyede toplam 500 bin konut, sosyal donatı yapılarından oluşan toplu konut uygulamaları başlatılmış ve bu uygulamalardan yaklaşık 350 bini tamamlanmıştır.

- İspanya Kraliyet Ailesi tarafından "Alt Gelir Grubuna Yönelik Konut Üretimi"nden dolayı kraliyet nişanı ödülü almıştır.

- Aynı zamanda, dünyanın önde gelen Gayrimenkul Organizasyonlarından Barcelona Meeting Point (BMP) ve EIRE (İtalya, Milano Gayrimenkul Organizasyonu) tarafından "Alt Gelir Grubuna Konut Sunumu" ve "Girişimcilik ve Gayrimenkul Geliştirilmesi" konularında ödüller almıştır.

"Gecekondu ve Kentsel Yenileme" adlı kitabı, Ekonomik Araştırmalar Merkezi Yayınları tarafından Mayıs 2006'da, "Bir İnsanlık Hakkı Konut: TOKİ'nin Planlı Kentleşme ve Konut Üretim Seferberliği" adlı kitabı da Boyut Yayınları tarafından Kasım 2007'de yayınlandı.

Ulusal ve uluslararası pek çok konferansa katılımının yanı sıra, üniversitelerde şehircilik, gayrimenkul geliştirme ve finansmanı, inşaat sektörü, konut politikaları ve TOKİ uygulamaları konularında dersler ve seminerler verdi.

Nisan 2010'da İstanbul Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi Mütevelli Heyeti üyeliğine seçildi.

1 Haziran 2010 tarihinde Gazi Üniversitesi Mühendislik Mimarlık Fakültesi tarafından kendisine "Toplu konut alanındaki birikimi, konut üretimi konusundaki çalışmaları, gecekondu önleme, kentsel gelişim ve yenileme çalışmaları" nedeniyle Fahri Doktora unvanı verildi.

Şubat 2011'de de Kocaeli Üniversitesi tarafından "Gecekondulaşmanın önlenmesine katkıları ve kentsel dönüşüm uygulamaları" nedeniyle Fahri Doktora unvanına layık görüldü.

Erdoğan Bayraktar evli ve 5 çocuk babasıdır.