Futbolculuk kariyeri

Futbola Avusturya'nın Prater SV kulübünde başladı. 1982 yılında Sakaryaspor'a transfer oldu. 1987-88 sezonunda Sakaryaspor'un Avrupa Kupa Galipleri Kupası'nda Macar takım Spartakus ile oynanan maçta gösterdiği başarıyla takımın 2.tura yükselmesinde büyük rol oynadı. 1989-90 sezonu öncesi Beşiktaş'a 1991-92 sezonunda Fenerbahçe'ye geçti. Çanakkale Dardanelspor ve Türkiye Millî Futbol Takımı'nın kaleciliğini yaptı. Beşiktaş'ta 2 lig, Fenerbahçe'de ise 1 lig şampiyonluğu yaşadı. 2000 yılında Fenerbahçe'nin 3. kalecisiyken futbol kariyerine son verdi.

Millî takım kariyeri

Millî futbol takımımızın deplasmanda oynadığı Doğu Almanya maçında kaleci Fatih Uraz'ın sakatlığı sebebiyle kaleye geçti ve kurtardığı penaltıyla maçın kahramanı seçilerek Millî Takım kalesinin değişmez ismi oldu. 32 kez A millî takım kalesini korudu.

Teknik direktörlük kariyeri

İlk olarak yardımcı antrenörlük yapan İpekoğlu Bursaspor'da teknik direktörlük yaptı. Karşıyaka Teknik direktörlüğünden Futbolcuların alacaklarını istemesi nedeniyle görevinden alındı. Daha Sonra Kocaelispor'da Kayhan Çubuklu'nun görevden alınmasıyla 1. Lig'in bitmesine 3 hafta kala bu takımla anlaştı. Kocaelispor takımı 1. Lig şampiyon olarak Süper Lig'e yükseltti. Süper Lig başlangıcında aldığı farklı mağlubiyetler ve son olarak Türkiye Kupası'ndan elenmesi sonucu görevine Başkan Serhan Gürkan tarafından son verildi. 25 Kasım 2008'de Sakaryaspor ile 2,5 yıllık sözleşme imzalayan Engin İpekoğlu hedeflerinin "bu sezon ligde kalmak. Gelecek yıl Play-Off oynamak, bir sonraki sezon ise şampiyon olmak" olarak gösterdi. 2012-13 sezonundan itibaren Bank Asya 1.Lig takımlarından Denizlispor'u çalıştırmaktadır. 2012-2013 sezonu yaz transfer döneminde Denizlispor ile 1 yıllık sözleşme imzaladı. Fakat 2 Kasım 2012 tarihinde yönetimin görüş ayrılıkları sebebiyle 9 lig maçında 11 puan toplayan ve Türkiye Kupasından elenen Denizlispor'da Engin İpekoğlu'nun görevine son verildi. 2013 yılında ise Fethiyespor teknik direktörlüğüne getirilen İpekoğlu, ilk maçına 4 Aralık 2013 tarihinde oynanan Fenerbahçe karşısında çıktı. Bu maçı 2-1 kazanan Fethiyespor, Fenerbahçe'yi eleyerek büyük bir başarı elde etti.

2015-16 sezonu başlarında 1. Lig ekiplerinden Adanaspor ile anlaşan İpekoğlu, 20 maçta alınan 16 galibiyet 3 beraberlik ve bir yenilgi ile takımının ligin bitimine üç hafta kala süper lige çıkmasında önemli rol oynadı. 18 Ağustos 2016 tarihinde ligin başlaması öncesinde Adanaspor'la yollarını ayırdı

2016-17 sezonu 7. haftasında Erkan Sözeri'nin yerine Adana Demirspor teknik direktörlüğüne getirildi.