Eboue futbol hayatına ASEC Mimosas takımının alt yapısında başlamıştır. 2002 yılında ASEC'in Belçikalı besleyici takımı KSK Beveren'e transfer oldu ve bu takımda 3 sezon forma giydi. Belçika'da gösterdiği performansla Arsenal gözlemcilerinin dikkatini çekti ve Arsene Wenger'in isteğiyle bu takıma transfer oldu.
Eboue Arsenal formasıyla ilk maçına, sözleşme imzalamasından birkaç gün sonra bir FA Cup maçında Stoke City karşısında çıktı. Fakat ilk sezonunda daha çok Arsenal'in rezerve takımıyla maçlara çıkan Eboue, sadece 1 lig maçında forma giyebildi.
2005-06 sezonunda Lauren'in sakatlanmasıyla kendine şans doğan Eboue, Lauren'in sakatlığının uzun sürmesiyle sezonun geri kalanında da formayı bırakmadı.
2006-07 sezonuna da iyi bir başlangıç yapan Eboue, Eylül ayında Arsenal Ayın Oyuncusu seçildi. Fakat daha sonra milli maçta yaşadığı sakatlık yüzünden Ekim ayında forma giyemedi. 2006 ve 2007 yıllarını ara ara sakatlanarak geçiren Eboue, sağlam olduğu dönemlerde çoğunlukla maçlara ilk 11'de çıktı.
Mayıs 2007'de sözleşmesini uzatarak kendisine güvenini gösteren Arsène Wenger, Bacary Sagna'nın takıma katılmasıyla Eboue'yi sağ açık pozisyonunda denemeye başladı. 2008-09 sezonunda çok başarılı bir performans gösteremeyen Eboue, sakatlıktan kurtulan sağ açık Theo Walcott'un arkasında yedek kalmaya başladı.
2010 yılı sonunda bir kez daha Arsenal'le olan sözleşmesini uzattı ve takımdan ayrılacağı yönündeki spekülasyonları bitirmiş oldu. 2010-11 sezonunda toplamda 27 lig maçında görev alan Eboue, 1 de gol attı.
2011 yazında Gervinho'nun Arsenal'e transferiyle gözden düşen ve 27 numaralı forması da Gervinho'ya verilen Eboue, Tottenham ve Roma takımlarından gelen teklifleri geri çevirerek 16 Ağustos'ta 3,5 milyon euro karşılığında Galatasaray'a transfer oldu ve takımla 4 yıllık sözleşme imzaladı.
Galatasaray'da ilk defa Real Madrid ile yapılan Santiago Barnebau Kupası maçında forma giyen oyuncu bu maçta Arda Turan'ın boşalttığı Sol açık mevkiinde forma giymiş ve Selçuk İnan'a asist yapmıştır. 2011-2012 sezonunun başlarında da sol açık mevkiinde forma giyen oyuncu sol açıkta bekleneni verememiş ve sağ açığa çekilmiştir. Sağ açık mevkiinde de başarılı olamayan Eboue, Fatih Terim tarafından Beşiktaş derbisinde kendi pozisyonu olan sağ beke geçmiş ve bu mevkiide başarılı performans göstererek ilerleyen maçlarda da bu mevkiide oynamıştır.
Eboue, Galatasaray'daki ilk resmi golünü Süper Lig'in 2011-12 sezonunun 13. haftasında oynanan Gençlerbirliği deplasmanında kaydetmiş ve takımı maçtan 1-0 galip ayrılmıiştır.
Eboue 2011-2012 sezonun başında İstanbul Büyükşehir Belediyespor maçında forma giymiş fakat Milli takımına çağırılmış ve yaklaşık 1 ay boyunca Galatasaray'dan uzak kalmıştır. Fildişi sahili milli takımıyla finale kadar çıkan Eboue, finalde elenmiştir ve Türkiye'ye geri dönmüştür. Türkiye'ye geldiğinden 1 gün sonra Mersin İdman Yurdu maçında forma giyen oyuncu bu maçta ufak bir sakatlık geçirmiş ve yerini Sabri Sarıoğlu'na bırakmıştır.
Takımının Süper final'de oynadığı tüm maçlara ilk 11'de başlayan Eboue, Süper Final'in 3. haftasında Trabzonspor deplasmanında 1 gol 1 asist ile oynamış ve gazeteciler tarafından maçın adamı seçilmiştir. Ayrıca Eboue, Galatasaray forması giydiği ilk sezonda şampiyonluk sevinci yaşamıştır. 2012-13 sezonunda da bir çok maçta forma giyen Emmanuel Eboue, bu sezondaki ilk golünü Şampiyonlar ligi'nde Real Madrid ağlarına yollamıştır.
Eboue ilk milli maçına 5 Ekim 2004'te Fildişi Sahili Milli Futbol Takımı'nın Sudan'ı 5-0 yendiği maçta çıktı. Eboue bu maçla birlikte Kolo Toure, Didier Zokora, Didier Drogba ve Yaya Toure gibi oyunclar ile birlikte ilk 11'in vazgeçilmez isimlerinden oldu. Eboue, 2006 yılında Fildişi Sahili Milli Futbol Takımı teknik direktörü Henri Michel tarafından aday kadro'ya çağırıldı ve 2006 Afrika Uluslar Kupası'nda neredeyse her maçta ilk 11'e çıktı. 2006 Afrika Uluslar Kupası Fildişi Sahili Milli Futbol Takımı ile finale kadar çıktı. Finalde Mısır ile eşleşen Fildişi normal süreyi 0-0 tamamlarken maçta penaltı atışlarına geçildi. Penaltı atışlarında Eboue bir penaltı golü attı fakat takımının yenilmesine engel olamadı ve takımı 4-2' lik sonuçla 2006 Afrika Uluslar Kupası'nın 2.'si oldu. Eboue turnuva sonrasında Ahmed Hassan, Rigobert Song, Didier Drogba ve Samuel Eto'o ile birlikte turnuva'nın en iyi oyuncuları arasında gösterildi.
Emmanuel Eboue Fildişi Sahili Milli Futbol Takımı'ndaki ilk golünü 18 Kasım 2009'da Almanya ile yapılan hazırlık karşılaşmasında attı. Milli takım kariyerinde 3 golü bulunan Eboue, 2012 Afrika Uluslar Kupası'nda da gol atmış fakat bu maçta sakatlanarak sahayı terk etmiştir.
