Beylerbeyi Sarayı, Osmanlı padişahlarının sayfiye mekânı ve yabancı devlet başkan ya da hükümdarlarının ağırlanacağı bir devlet konukevi olarak düşünülmüş ve devrin padişahı Sultan Abdülaziz'in (1861-1876) isteği üzerine inşa edilmiştir. Saray'ın inşasına 1861 tarihinde başlanmış ve 21 Nisan 1865 Cuma günü, yapılan bir törenle resmen kullanıma açılmıştır. Sarayın inşaat organizasyonunu Ebniye-i Şâhâne Serkalfası (Saray başkalfası) Serkiz Bey (Balyan) yürütmüştür. Beylerbeyi Sarayı'nın mâlî ve idarî işler sorumluluğu da denilebilecek binâ eminliği görevini ise Mehmed Efendi, Mahmud Efendi ve Rıfat Efendi yürütmüştür.

Saray'ın yaklaşık 500 bin Osmanlı lirasına mal olduğu tespit edilmektedir. Yapılar topluluğunun ana yapısı olan Beylerbeyi Sarayı, yüksek bir bodrum üzerine iki katlı ve kargir bir yapıdır. Yaklaşık 2.500 metrekarelik bir alan üzerine inşa edilen yapı dikdörtgen bir zemin alanı üzerine oturmaktadır. Saray'ın güney kesimi Mabeyn-i Hümâyûn, kuzey kesimi ise Valide Sultan Dairesi olarak düzenlenmiştir. Her iki katta toplam 6 salon, 24 oda,1 hamam ve 1 banyo bulunmaktadır. Batı ve Doğu üsluplarının karıştırılması ile inşa edilen Beylerbeyi Sarayı, Harem ve Mabeyn bölümleri ile Türk evi plan özelliğini taşımaktadır. Yapının çatısı üstten bütün cephe kenarlarını gizleyen bir korkulukla gizlenmiştir. Sarayın planı eyvanlı merkezî sofa (hol) motifine dayanan bir plan kompozisyonuna sahiptir. Beylerbeyi Sarayı'ndaki şema, üç bölümden oluşmaktadır.

Bu bölümler; Mabeyn-i Hümâyûn, Yatak Dairesi (Hünkâr Dairesi) ve Valide Sultan Dairesi'dir. Valide Sultan Dairesi'nden hemen sonra gelen ve denize paralel olarak inşa edilen kadınefendiler ve ikballere ait esas Harem bölümü ise, ana yapıdan ayrı olarak inşa edilmiştir; bu yapı günümüze ulaşamamıştır. Mabeyn-i Hümâyûn'un giriş cephesi, Neo-barok vurgunun daha belirgin olduğu bir düzenleme göstermektedir. Saray'ın kitle ve cepheleri gibi iç mekân düzenlemeleri de seçmeci bir anlayışla şekillendirilmiştir. Beylerbeyi Sarayı'nı inşa ettiren Sultan Abdülaziz'in denize olan tutkunluğu nedeni ile Saray'ın tavanlarındaki bazı çerçeve ve kartuşların içinde deniz ve gemi temaları işlenmiştir; hatta Sultan Abdülaziz, ressamlara fikir vermesi için deniz ve gemi temalarını içeren desenler çizmiştir.

Saray Sultan Abdülaziz (1861-1876) tarafından, yazlık saray olarak kullanıldı.Beylerbeyi Sarayı'nda ağırlanan ilk önemli konuk, Fransa İmparatoriçesi Eugénie'dir. İmparatoriçe'nin bu gezisi, Sultan Abdülaziz'in 1867 Fransa gezisini iade makamında gerçekleşmekteydi. Sultan Abdülaziz döneminde Beylerbeyi Sarayı'nda ağırlanan diğer yabancı konuklar, Avusturya-Macaristan İmparatoru Joseph (1869), Prusya Veliahd Prensi Frédéric Guillaume Nicola Charles (1869), İtalya Veliahdı (1869), İran Şahı Nasıreddin (18 Ağustos 1873), Sultan II. Abdülhamid'in (1876-1909), 33 yıl süren saltanatı süresince Beylerbeyi Sarayı, özellikle yabancı devlet protokolü tarafından gezilen bir müze işlevi de gördü.

Bu dönemde Beylerbeyi Sarayı ile beraber Dolmabahçe Sarayı ve Topkapı Sarayı Hazine-i Hümâyûn da, Padişah'ın izni alınmak şartıyla ziyaret edilebilen saltanat müzeleri olarak kullanılmıştı. Sultan II. Abdülhamid tahttan indirildikten hemen sonra, Selanik Alatini Köşkü'nde zorunlu ikâmete tabi tutulmuş, ancak yaklaşık 3 yıl sonra Balkan Savaşı'nın patlak vermesi nedeni ile İstanbul'a nakledilmişti. II. Abdülhamid için seçilen yeni zorunlu ikametgâh, Beylerbeyi Sarayı idi. Sabık Hakan, bu sarayda yaşamının son 6 yılını geçirmiş ve 10 Şubat 1918'de yine bu sarayda hayata gözlerini kapamıştır.

Sarayın bulunduğu yer tarihi bir yer olup, buranın yerleşim alanı olarak kullanılması Bizans dönemine kadar uzanmaktadır. Bu bölgede Bizans döneminde İstavroz Bahçeleri olarak anılan bir koruluk bulunmaktaydı. Bizans döneminde bu bölgeye, 2. Konstantinos'un diktirdiği büyük haçtan ötürü İstavroz (Stavroz) adının verildiği söylenmektedir.Eremya Çelebi Kömürcüyan, bu bölgede Bizans dönemine ait kilise ve bir ayazmanın 17. yüzyılda hala ayakta olduğunu belirtmiştir.

Beylerbeyi Sarayı, bir saray kompleksi olup geniş bir bahçenin içinde asıl saray (yazlık saray) ile birlikte Mermer Köşk, Sarı Köşk, Ahır Köşk ve iki küçük deniz köşkünden oluşur.Asıl saray olan yazlık saray, Rönesans, Barok ve doğu-batı üslubunun kaynaştırılması ile yapılmıştır. Deniz kenarındaki rıhtım üzerinde inşa edilen saray kagir bir yapı olup yüksek bir bodrumun üzerine yapılmış 2 katlı bir yapıdır. Saray; Harem ( kuzey bölümü) ve Mabeyn-i Hümayun (güney bölümü) dairelerinden oluşup; üç giriş, altı büyük salon 24 oda 1 hamam ve 1 banyo içermektedir.

Deniz Köşkleri
Deniz köşkleri biri Mabeyn diğeri Valide Sultan'a (Harem) ait olmak üzere, çift olarak yapılmıştır; köşkler birer bahçe kameriyesi görünümündedir. Yeni sarayın en ilginç tasarım örneklerinden biri olan köşkler, belgelerde, Çadır Köşkleri, Nevresm (yeni tasarım, yeni model) Köşkleri gibi tasarımın özgünlüğüne işaret eden isimlerle tanımlanmıştır. Köşklerin sekizgen örtüsü çeşitli hayvan figürlerinden oluşan resimlerle bezelidir.


Set Bahçeleri
Beylerbeyi Sarayı, peyzaj içindeki konumu ile de önemli bir eserdir ve sahil saray kavramının seçkin örneklerinden biridir. İstanbul Boğazı'nın Anadolu yakasında Üsküdar ilçesinde bulunan Beylerbeyi Sarayı, geniş bir bahçe içindedir. Beylerbeyi Sarayı bahçesi, saray çevresindeki mimarî düzeni içeren bahçesi; daha gerideki set bahçeleri ve setlerin arkasında uzanan koruluğu ile zengin bir koruluk görünümündedir.


Mermer (Serdâb) Köşk
Mermer Köşk, Sultan II. Mahmud (1808-1839) döneminden günümüze ulaşan köşklerdendir; Serdâb Köşk olarak da bilinen bu köşkün bir diğer adının da Mahmud Köşkü olduğu, döneme ait kaynaklardan öğrenilmektedir. Cephelerinin mermer kaplı olmasından dolayı bu ismi almıştır. Havuzun gerisinde, dördüncü sete gömülü vaziyette olduğu için Serdâb ismini almıştır.


Sarı Köşk
Beylerbeyi Sarayı'nın dördüncü set bahçesi üzerinde bulunan Sarı Köşk, bulunduğu alanla birlikte dikkate alındığında dinlenme amaçlı olarak kullanıldığı düşünülebilir. Saray arazisinin kuzeydoğusunda dördüncü set üzerindedir.


Has Ahır Köşkü
Mermer Köşk'ün biraz ilerisinde Saray bahçesinin son seddi üzerinde yer almaktadır. Osmanlı'da at kültürüne bakışı yansıtan özellikleri vardır. Giriş bölümünde tavanlarda at ve diğer hayvan figürleri mevcuttur. Ahır kısmı sağlı-sollu 20 bölümden oluşmaktadır. Avize ve diğer unsurlarda at başları ve gözleri temalı kabartmalar mevcuttur.