Amasya Üniversitesinin temeli, 1974 yılında Milli Eğitim Bakanlığınca kurulan Eğitim Enstitüsü ile birlikte atılmıştır. 1975 yılında Milli Eğitim Bakanlığı Amasya Meslek Yüksekokulunu açmıştır.

1982 yılında YÖK'ün kurulmasıyla birlikte, Eğitim Enstitüsü ve Amasya Meslek Yüksekokulu Ondokuz Mayıs Üniversitesine bağlanmıştır. Aynı yıl Ondokuz Mayıs Üniversitesi Eğitim Fakültesine bağlı olarak "Eğitim Yüksekokulu" kurulmuştur.

Amasya Üniversitesi 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren, 01.03.2006 tarih ve 5467 Sayılı Kanun'la kurulmuştur.



Akademik birimleri

Fakülteleri

*Eğitim Fakültesi
*Fen Edebiyat Fakültesi
*Teknoloji Fakültesi
*Mimarlık Fakültesi
*İlahiyat Fakültesi
*Tıp Fakültesi (henüz faaliyette değil)

Enstitüleri

*Fen Bilimleri Enstitüsü
*Sosyal Bilimler Enstitüsü

Yüksekokulu

*Sağlık Yüksekokulu
*Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
*Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
*Merzifon Meslek Yüksekokulu
*Suluova Meslek Yüksekokulu
*Gümüşhacıköy Meslek Yüksekokulu
*Taşova Meslek Yüksekokulu
*Sabuncuoğlu Şerefeddin Sağlık Hizmetleri MYO

Merkezi Araştırma Laboratuvarı

*Üniversiteye bağlı olarak İpekköy Kampüsü'nde temeli atılan Araştırma Laboratuarı 1417 m2'den oluşuyor.