Mart 1976'dan itibaren fasiküller halinde yayınlanan Türk Dili ve Edebiyatı Ansiklopedisi'nin yayın müdürlüğünü 3. ciltten itibaren üstlendi ve sekizinci cilt ile tamamlandığı 1998 yılına kadar bununla uğraştı.
1979-1982 yılında Hareket dergisinin yazı işleri müdürlüğünü yaptı. 1979'da Dergâh Yayınları'ndan çıkan Yokuşa Akan Sular isimli ilk hikâye kitabıyla kendini bulma serüvenini başlatmış oldu. Ardından Yoksulluk İçimizde ve Ya Tahammül Ya Sefer kitapları geldi.
Sonrasında gelen Bu Böyledir (1987) ve Sır (1990) isimli hikâyeleri ile köyden şehre göçen, doğu-batı çatışması yaşayan insanların ıstırapları gündemine girdi ve 80 sonrası Türk hikâyeciliğine 'tasavvufi yaklaşım' yeniliğini ve hareketini getirdi.
1990 yılında Türk edebiyatında önemli izler bırakacak ve bir çok ismin yetişmesine katkı sağlayacak Dergâh Dergisi'ni İsmet Özel, İsmail Kara, Beşir Ayvazoğlu, Hüsrev Hatemi, Nihat Hayri Azamat ve Mustafa Özel ile birlikte çıkardı. 22 yıl yazı işleri müdürlüğünü yürüteceği dergide "Mürit" isimli hikâyesini yayınlayarak şark kültüründe var olan sözü aza indirmek suretiyle yoğun bir anlatımı benimsedi. Kesretten vahdete uzanan bu dil, çağdaş bir mesnevi gibiydi ve kendi deyimiyle "kendi hikâyesini geç bulmuş bir yazar"ın bundan sonraki serüvenine işaret etmekteydi.
1986 yılında dönemin Müslüman aydınları tarafından kurulan Zaman Gazetesi'nde "Bir Demet İstanbul" başlığı ile şehir yazıları yazdı on yıl boyunca İstanbul'u gezdi. Bir fotoğraf makinesi olana kadar gördüğü yerleri karakalemle çizerek gazetede yayınladı. Bu yazıları 1999 yılında Şehir Mektupları, 1990'da Akasya ve Mandolin isimleriyle kitaplaştı.
Fenerbahçeli olan Mustafa Kutlu, 1995 yılından itibaren Yeni Şafak Gazetesi'nde kültür sanat yazıları ve spor yazıları yazdı. Kültür sanat yazılarını hala aynı gazetede sürdürmektedir.
Sinema ve televizyonla da ilgilenen Kutlu aynı zamanda Kanal 7 Televizyonu'nda Ekrem Işın'la birlikte "İstanbul Tekkeleri" isimli bir program yaparak tekkeleri dolaştı. Metin Erksan ile birlikte Medine Müdafaası projesinde çalıştı, TRT için Selim İleri'ye Pazartesi Hikâyeleri yazdı. Orhan Kemal'in Uyku, Ahmet Hamdi Tanpınar'ın Huzur isimli eserlerini senaryolaştırdı.
Yeni bir hikâye dili ve kurgusunun başlangıcı sayılan Uzun Hikâye (2000) isimli kitabı Osman Sınav tarafından senaryolaştırılıp çekilerek Eylül 2012'de vizyona girdi ve film çok beğenildi. Kutlu 1970'li yılların başında Halit Refiğ, Metin Erksan gibi yönetmenlerle birlikte başlatılan "Ulusal Sinema' akmının içinde de yer aldı. Birçok senaryo kaleme aldı. Mavi Kuş isimli kitabı TRT için film olarak çekildi, Kapıları Açmak isimli kitabı ise Osman Sınav tarafından senaryolaştırıldı ve Kanal D'de (2005) yayınlandı.
Mustafa Kutlu 2016 yılında Cumhurbaşkanlığı Kültür ve Sanat Büyük Ödülü'ne ve Necip Fazıl Saygı Ödülü'ne layık görüldü.
Hikâyeleriyle Anadolu insanını ve taşrayı samimi bir dille anlatan ve modern hayat içindeki çatışmasını son derece sade ve çarpıcı bir dille ele alan Kutlu, adalet, merhamet ve yoksulluk kavramlarını da kitaplarında sıkça işler. İnsanımızın irfanını ve toprağımızın kokusunu hikâyelerinde kendine mahsus dili ile güçlü bir şekilde anlatan Kutlu, bu coğrafyanın yaşayan en büyük hikayecilerindendir. Kendi insanına ve toprağına sırt dönen aydınların aksine yıllardır Anadolu insanının umut, sorumluluk ve iyilik duygularıyla kurduğu yaşamlarını onların içinden bir gözle kalemine döken yazar, hikmetli ve sahici diliyle okurları tarafından her kitabı merakla beklenen bir isimdir. Bilincini modernlikle kirletmeden yazan Kutlu'nun her cümlesi ruhundan çıkar. Beylik cümlelerden, edebiyat aforizmalarından uzakta nasıl yaşıyorsa öyle yazar.
Cumhuriyet dönemi Türk öykücülüğüne yerli bir soluk ve renk getiren Kutlu hikmet ve ahenk olarak belirlediği hikâyelerinde hikmeti tema, ahengi de biçim olarak ele almış; gelenekle bağ geçmişle bugün arasında yaşanan kırılmanın önüne geçmeyi amaçlamıştır. Kıssa geleneğine sıkı sıkıya bağlı bir yazar olan Mustafa Kutlu, her kitabında davasını ve mücedelesini kitaplarında işlemeyi seçmiştir. Bu görüş ve tezlerinin arka planında Nurettin Topçu'nun fikirleri vardır desek yanlış olmaz.
Yaşadığı ömrü gibi sade, iyilik, güzellik, merhamet peşinde olan ve bunları da kitapların aktaran Mustafa Kutlu, hakikati en duru, en yalın, en sade hâliyle yazdıklarına geçirmiş ve herkesi iyilik ve merhamete davet etmiştir. Yazdıklarıyla halka sözcülük eder. Yayınladığı kırkı aşkın kitapla Türk öykücülüğünde temel bir yapı oluşturmuştur.
Mustafa Kutlu dünyayı güzelleştirmek için iyilikleri çoğaltan ve bu konuda ısrar eden derviş bir hikâyecidir. Kalbimizin sesidir.