Bosna Hersek'in Bosanski Şamats şehrinde 1925 yılında dünyaya gelen Aliya, İkinci Dünya Savaşı boyunca faşist ideolojiye, sonrasında ise komünist ideoloji ve uygulamalarına karşı verdiği mücadele ile ismini duyurmaya başladı. İkinci Dünya Savaşı yıllarında Boşnaklar'ı yaşanan biyolojik ve manevi soykırımdan korumak için Mladi Müslümani (Genç Müslümanlar) isimli, kolej ve üniversite öğrencilerinden oluşan teşkilatta görev aldı.
İzzetbegoviç, 1946 yılında tutuklandıktan sonra 1949 yılına kadar hapiste kaldı. 1970 yılında kaleme aldığı "İslam Deklarasyonu" isimli bildiriyle dikkatleri üzerine çeken Boşnak lider, öncelikli olarak özgürlük, İslami düşüncenin çağımızda yeniden canlandırılması ve yaygınlaştırılması, günümüz Müslümanlarının vahim durumunun iyileştirilmesi, Batı ile İslam dünyasının ilişkisi, yeni bir medeniyetin nasıl inşa edileceği gibi konuları bu bildirgesinde derinlemesine işledi.
"İslam Deklarasyonu" nedeniyle "bölücülük ve İslam devleti kurma" suçlarından beraberindeki 12 Bosnalı aydınla 1983 yılında yargılanan İzzetbegoviç, 14 yıl hapse mahkum edildi. Aliya, 1988 yılı sonunda Yugoslavya hükümetinin "sözlü muhalefet sebebiyle cezalandırılan bütün mahkumların serbest bırakılması" kararının ardından hapisten çıktı ve siyasete ilk adımını attı.
Boşnaklar'ı kendi öz vatanlarında aşağılık duygusundan kurtarmayı, siyasi arenada etkili olmalarını sağlamayı ve ülkedeki diğer etnik unsurlarla birlikte bir arada yaşamın en güzel örneğini göstermeyi amaçlayan Aliya, 27 Mart 1990'da Demokratik Eylem Partisi'ni (SDA) kurdu.
Eski Yugoslavya'yı oluşturan altı cumhuriyetten biri olan Bosna Hersek'te, 18 Kasım 1990 tarihinde yapılan ilk çok partili seçimlerde İzzetbegoviç'in genel başkanlığını yaptığı SDA, parlamentodaki 240 milletvekilliğinden 86'sını kazanarak, seçimlerden güçlü çıktı.
Aliya, önce Slovenya'nın, ardından Hırvatistan'ın Yugoslavya'dan bağımsızlığını ilan etmesinin ardından, ya bağımsızlığı tercih edip bir bedel ödeyecek ya da o zamanki Yuoslavya'nın devlet başkanı olan Slobodan Miloşeviç'in ırkçı yönetimi altında kalacaktı. İzzetbegoviç, bu zor durumu her zaman büyük saygı duyduğu halkının tercihine bıraktı. 29 Şubat ile 1 Mart 1992 tarihlerinde ülkede referandum yapıldı.
Halkın yüzde 64'ü referanduma katıldı ve yüzde 99,44'ü bağımsızlık yönünde ''evet'' oyu kullandı. Sırplar referanduma katılmadı. Referandumun ardından AB, 6 Nisan'da, ABD ise 7 Nisan 1992'de Bosna-Hersek'in bağımsızlığını tanıdı.
Referandumun ardından, halen Lahey'de yargılanması devam eden dönemin savaş dönemindeki Bosnalı Sırplar'ın siyasi lideri Radovan Karaciç ve yargılanması devam ederken 2006 yılında hayatını kaybeden Slobodan Miloşeviç, Bosna Hersek'e karşı etnik temizlik başlattı.
Kısa sürede organize olan Boşnaklar, merhum Aliya İzzetbegoviç'in etrafında kenetlerek, onunla birlikte bağımsızlığın ağır bedelini ödemeye başladı. Savaş boyunca evler, camiler, tarihi eserler yıkılıp insanlar toplama kamplarında işkenceye tabi tutulurken, kadınlar sistematik tecavüzlere maruz kaldı.
