Ancak 12 Aralık 1997'de, Siirt'te düzenlenen mitingde okuduğu bir şiir, siyasi hayatını sekteye uğrattı; Hakkında dava açıldı. Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi'nde gerçekleşen yargılama sonucunda, TCK'nın 312. maddesinden ceza aldı.
Dört ay hapis cezasına çarptırılan Erdoğan, bu cezayı 1999 yılında Pınarhisar cezaevinde geçirdi. 24 Temmuz 1999 günü cezasını tamamlayarak, tahliye oldu.
Recai Kutan, milli görüşçüler ile birlikte Saadet Partisini kurarken, Recep Tayyip Erdoğan başkanlığındaki yenilikçiler 14 Ağustos 2001 tarihinde Adalet ve Kalkınma Partisi (A.K.P.)'yi kurdular.
Adalet ve Kalkınma Partisi'nin ilk genel kongresinde Erdoğan başkan seçildi. A.K.P., 3 Kasım 2002 tarihinde yapılan genel seçimlerde %34.29 oy alarak birinci oldu.
Fazilet Partisi'nin Anayasa Mahkemesi tarafından kapatılması üzerine, parti içindeki iki farklı görüşü oluşturan milli görüşçüler ve yenilikçiler hareketleri kendi partilerini kurdular.
