Fenerbahçe'de Alper Potuk kadro dışı bırakıldı. Transfer olduğu dönemde Galatasaray'ın KAP'a bildirdiği Alper, Fenerbahçe tercihi ile herkesi şaşırtmıştı. Transferin bu şekilde gerçekleşmesi sonrası Fenerbahçe taraftarı Alper'i hemen kabullenmişti.
2013-14 sezonunda tam 7.25 milyon Euro'ya transfer edilen Alper Potuk, bir türlü beklentileri karşılayamadı. Alper, inişli çıkışlı performansıyla hiçbir zaman ilk 11'in değişmezi olamadı. Milli futbolcu, Fenerbahçe için çoğu zaman rotasyon oyuncusu konumundaydı.
8 numara olarak başladığı Fenerbahçe kariyerinde daha sonra sol açık olarak oynatılan Alper Potuk, belki de yokluktan dolayı son olarak forvet bölgesinde oynamaya başladı.
İlk olarak Aykut Kocaman'ın forvette şans verdiği Alper Potuk, bu sezon Vedat Muriqi'nin sakatlığı nedeniyle Yeni Malatyaspor maçında Ersun Yanal tarafından forvette oynatıldı. Karşılaşmada varlık gösteremeyen Alper 71 dakika sahada kalırken taraftarların tepkisini çekti.
Sezon başında aldığı ücreti yüzde 40 oranında düşüren Alper, Fenerbahçe'den 1.2 milyon Euro kazanmaya başladı. Alper'in bu davranışı alkış toplasa da gösterdiği performans işleri tekrar eski haline çevirdi ve milli futbolcu Fenerbahçe'de gözden çıkarıldı.
