Reisi, daha sonra 2004'te Yargı Erki Başkanı Birinci Yardımcılığı görevine atandı. 2014 yılında İran Genel Başsavcılığı görevine atanan Reisi, 2016 yılında yine Hamaney tarafından Meşhed kentindeki İmam Rıza Türbe ve Külliyesi Vakfı Başkanlığına getirildi.
Ülkede 19 Mayıs 2017'de yapılan cumhurbaşkanlığı seçimlerinde aday olan Reisi, mevcut Cumhurbaşkanı Hasan Ruhani'ye karşı seçimleri kaybetti.
Reisi, kendisinden önceki Yargı Erki Başkanı Ayetullah Amuli Sadık Laricani'nin, Hamaney tarafından görevden alınarak Düzenin Maslahatını Teşhis Konseyi başkanlığına atanmasının ardından Mart 2019'da boşalan Yargı Erki Başkanlığı'na getirildi.
Laricani'nin görev yaptığı dönemle ilgili üst düzey yargı yetkililerine yönelik "yargıda yolsuzluk" soruşturmalarını başlatan Reisi, görev yaptığı süre boyunca sık sık ülkenin en büyük sorunlarından sayılan yolsuzlukların üzerine gitme vurgusu yaptı.
Siyasi tutukluların idam edilmesinde ve 2009'daki sosyal çalkantıların bastırılmasında oynadığı rol nedeniyle Kasım 2019'da ABD tarafından yaptırım listesine alınan Reisi, idamlarda oynadığı rol hakkında kamuoyunun önünde hiçbir açıklama yapmadı.