18 Ağustos 1993'te 496 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Tıp, Mühendislik-Mimarlık ve Fen Edebiyat Fakülteleri; Sağlık Hizmetleri ve Eskişehir Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulları , Fen Bilimleri, Metalurji ve Sağlık Bilimleri Enstitüleri ile yeni açılan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Sosyal Bilimler Enstitüsü Eskişehir Osmangazi Üniversitesi adıyla yeniden yapılanmıştır. 1994'de Sivrihisar Meslek Yüksek Okulu, 1995'te Ziraat ve İlahiyat Fakülteleri, 1998'de Eğitim Fakültesi Kurulmuştur.
Daha sonra 2007 yılında Diş Hekimliği Fakültesi, Devlet Konservatuarı, Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu, Mahmudiye Meslek Yüksekokulu eğitim birimlerimize eklenmiştir. Yeni açılan birimlerden Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu ile Mahmudiye Meslek Yüksekokulu 2007-2008 öğretim yılında eğitime başlamıştır.2009 yılında Sanat ve Tasarım Fakültesi kurulmuştur.40 yıllık bilimsel birikimi ile köklü ve güçlü bir üniversite olan Eskişehir Osmangazi Üniversitesi çağdaş bilim yolunda kararlı adımlarla ilerlemektedir.
Fakülteler
*Diş Hekimliği Fakültesi
*Eğitim Fakültesi
*Fen Edebiyat Fakültesi
*İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
*İlahiyat Fakültesi
*Mühendislik Mimarlık Fakültesi
*Sanat ve Tasarım Fakültesi
*Tıp Fakültesi
*Turizm Fakültesi
*Ziraat Fakültesi
Enstitüler
*Eğitim Bilimleri Enstitüsü
*Fen Bilimleri Enstitüsü
*Metalurji Enstitüsü
*Sağlık Bilimleri Enstitüsü
*Sosyal Bilimleri Enstitüsü
Yüksek Okullar
*Eskişehir Sağlık Yüksekokulu
Meslek Yüksek Okulları
*Eskişehir Meslek Yüksek Okulu
*Mahmudiye Meslek Yüksek Okulu
*Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksek Okulu
*Sivrihisar Meslek Yüksekokulu