Bu mikroorganizmaların vücuda girmesi çeşitli yollarla engellenir: Ağız yoluyla giren mikroorganizmalar mide asitleriyle parçalanır. Deri, mikroorganizmaların vücuda girmesini engeller. Ayrıca ter ve yağ salgıları da pek çok mikroba karşı antimikrobik etki yapar.
Solunum yoluyla alınan mikroorganizmalar soluk borusundaki mukusla birleşip sillerin hareketi sayesinde öksürükle atılır ya da yutağa kadar getirilip sindirim kanalına geçer. Gözyaşı içinde lizozimin denen antiseptik madde bulunur. - Mukoza tabakalarında gezici ve sabit makrofaj hücreleri ile lökositler bulunur. Eğer hastalık yapıcı mikroorganizmalar, bu koruyucu yapıları aşıp vücuda girerse bir dirençle karşılaşır. Bunlara karşı insanda var olan koruma ve savunma yeteneğine bağışıklık, bağışıklığı oluşturan yapıların hepsine de bağışıklık (immün) sistemi adı verilir.
Bağışıklık sistemini inceleyen biyoloji dalına ise immünoloji denir. Bağışıklık sisteminin hastalık etkenlerine verdiği cevaplar çok farklı olabilir. Bu cevaplar, organizmayı enfekte eden mikroorganizmaların yok edilmesi ve zehir etkisi gösteren maddenin etkisiz duruma getirilmesi gibi değişik şekillerde olabilir. II. Bağışıklığın Tarihçesi Hastalıklarda korunma konusunda, XV. yüzyılda Çinlilerin çiçek hastalığına karşı koruma sağlamak için, hastalardaki çiçek yaralarının kurutulup toz haline getirilmiş kabuklarını burunlarına çektikleri bilinmektedir. Ancak, çiçek hastalığı döküntülerinin bu biçimde kullanılması, bazen koruyuculuk bir yana, hastalığa tutulmaya neden olabilir. Bağışıklık tedavisi, yani bağışıklık tepkilerinden yararlanılarak tedavi yöntemi
Edward Jenner'in ve Louis Pasteur'ün aşılama çalışmalarından sonra ortaya çıkmıştır. Edward Jenner, inek çiçeği hastalığına yakalananların çok ender olarak insan çiçeğine tutulduklarını gözlemlemiş ve 1796'da küçük bir erkek çocuğuna önce ılımlı dozda inek çiçeği mikrobu, daha sonra da insan çiçeği mikrobu vermiş, inek çiçeği virüsleriyle uyarılan bağışıklık sisteminin, insan çiçeğine karşı da bedeni savunduğunu belirlemiştir. Louis Pasteur de 1879'da, uzun süre bekletilmiş tavuk kolerası kültürünün tavuklarda hastalık yapma gücünü önemli ölçüde yitirdiğini, bekletilmiş kültürle aşılanan tavukların, taze bakteri kültürüyle de hastalanmadıklarını bulmuştur. Zayıflatılmış ya da ölü bakterilerden, o mikropların yol açtığı hastalığa karşı direnç kazandırması amacıyla hazırlana ürüne aşı, bunun bedene verilmesine ise aşılama denir. Aşılama kolera, difteri, kızamık, kabakulak, boğmaca, kuduz, tetanos, tifo, sarıhumma ve çocuk felci gibi hastalıklara karşı uygulanır.