Danıştay 2. Dairesi'ne 17 Mayıs 2006'da düzenlenen, Daire Üyesi Mustafa Yücel Özbilgin'in şehit olduğu, 4 üyenin yaralandığı saldırı 8 yıldır aydınlatılamadı. Dava Yargıtay 9. Ceza Dairesi tarafından Ergenekon bağlantısı araştırılmadığı gerekçesiyle bozuldu. Ergenekon savcısı Zekeriya Öz, savcı Mehmet Ali Pekgüzel ile cezaevinde Danıştay sanıklarının ifadelerini tanık olarak aldı. Osman Yıldırım'ın ifadesi ise hem sanık, hem tanık hem de gizli tanık olarak alındı. Suikast emrini Veli Küçük'ten, bombaları da Muzaffer Tekin'den aldığını söyleyen Yıldırım'ın ifadeleri üzerine dava Ergenekon davasıyla birleştirildi.
Arslan'la beraber, Küçük ve Tekin'e de Danıştay olayının azmettiricisi oldukları gerekçesiyle ikişer kez ağırlaştırılmış müebbet hapis verildi. Karanlık kalan noktalardan biri de Arslan'ın Gülen cemaati bağlantısıydı. Işık Evleri'nin sorulması üzerine "Cemaatin evlerinde benim kalmışlığım da var. Gidip gelmişliğim de" diyen Arslan, Fethullah Gülen'in yeğeni Kemalettin Gülen'in Marmara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden de arkadaşıydı ve Danıştay üyelerinin resimlerinin bulunduğu gazeteyi kendisine Gülen'in verdiğini söyledi. Bunun üzerine Arslan'ın akli dengesinin yerinde olmadığı yönünde dilekçe veren Kemalettin Gülen ise mağdur sıfatıyla Ergenekon davasına müdahil olmak istedi. Talebi reddedilen ve tanık olarak dinlenen Gülen, üniversitede kendisinden 3 yıl önde olan Arslan'la çok muhabbeti olmadığını söyledi. Kemalettin Gülen'in ayrıca, Danıştay 2. Dairesi'nin kamu kurumlarında başörtüsünü yasaklayan kararından sonra, Daire Başkanı Mustafa Birden'i evinden telefonla arayıp küfrettiği öne sürüldü. Ayrıca Danıştay saldırısından bir hafta önce Arslan'ın Gülen'in bürosuna gittiği, burada Gülen'in Arslan'a, hâkim Birden'in adresini ve telefon numarasını da verdiği iddia edildi.
Ergenekon davasında da bazı sanık ve avukatlar Gülen ile Arslan arasındaki ilişkinin iyi irdelenmesi gerektiğini söyleyip, duruşmada tanık olarak dinlenmesini talep etti. Sanıklardan avukat Kemal Kerinçsiz, "Arslan'ın silahların bedelini nasıl karşıladığı konusunu çözümlemek için Arslan ile Gülen arasındaki ilişkiyi tespit etmek gerekir. Savcılar nedense iddianamede Gülen soyadına yer vermek istemiyor" dedi. Danıştay olayının Gülen cemaatinin üstüne yıkılmaya çalışıldığını savunan Kemalettin Gülen, telefonda SABAH muhabirine açıklama yapmayacağını söyledi
