Binanın teşrif ve donanım işleminin ardından İstanbul'da 4 farklı mekanda tutulan 100 milyon belge, 370 bin defterden oluşan Osmanlı arşivi, siteye taşınacak. Taşınma işlemi 3 ay sürecek. İnşaatın tamamlanmasının ardından, Osmanlı Arşiv Sitesi'nin teşrif ve donanım işlemi yapılacak. Daha sonra da özel yöntemlerle güvenlik eşliğinde belgeler taşınacak. Sultanahmet ve Bağcılar'daki 4 farklı mekanda bulunan, padişah fermanlarından antlaşmalara kadar yaklaşık 100 milyon belge, özel yöntemler ve güvenlikle Kağıthane'deki siteye taşınacak. Taşınma işlemine, Devlet Arşivleri Genel Müdürlüğü'nde görevli konservatörler ve uzmanlar nezaret edecek. 2013 yılı ortasında hizmete girmesi beklenen Milli Arşiv Sitesi sayesinde Osmanlı arşivleri tek bir merkezde toplanmış olacak.