TÜBİTAK'ın ikinci raporu, Oda TV davasının görüldüğü 16. Ağır Ceza Mahkemesi'ne ulaştı. İlk TÜBİTAK raporunda bazı belirsizlikler mevcuttu. Meselâ, "Dosyanın kullanıcı tarafından açıldığına dair bulguya rastlanmamıştır. Bu tür bir bulgunun bulunmaması, dosyanın kesin olarak kullanıcı tarafından açılmadığı anlamına gelmez" ya da "Dosyanın virüs tarafından gönderildiğine veya değiştirildiğine dair bir bulguya rastlanmamıştır. Bu tür bir bulgunun bulunmamış olması, bu dosyanın zararlı bir yazılım tarafından kesin olarak gönderilmemiş ya da değiştirilmemiş olduğu anlamına gelmez" deniliyordu.
Aslında, TÜBİTAK, dijital verilerde bilimsel olarak kesin bir sonuca varılamayacağını anlatmak için yukarıdaki ifadeleri kullanmıştı. Sanık avukatları ise, "Kuşku sanığın lehine değerlendirilir" demek suretiyle, TÜBİ- TAK raporunun müvekkillerini akladığını iddia etmişlerdi.
Yeni raporda, ilkine göre daha belirgin tespitler yapılmakta. Özellikle, ilk rapordaki "Dosyaların zararlı bir yazılım (virüs) tarafından gönderildiğine dair bir bulguya rastlanmamıştır" ifadesini bertaraf edecek, kuşkuya yer bırakmayan kesin bir görüş ortaya konuluyor ve deniliyor ki: "Dosyaların çoğunun zaman üst verilerine ulaşılmıştır. Dosyaların oluşturma zamanı, zararlı yazılım (virüs) gönderilme tarihinden öncedir."
Bu ne demek? "Dosyalar, virüs tarafından gönderilmemiştir."
Yeni raporda eskisine göre daha açık bilgiler mevcut. Meselâ mahkeme, "Dosyaların açılmasıyla ilgili ize rastlanmaması, kesinlikle bu dosyaların açılmadığı anlamına gelmez" şeklindeki ifadenin izah edilmesini de istemişti. TÜBİTAK, açıklamayı şu şekilde yapıyor: "İzlerin bir kısmı geçicidir. Zaman ilerledikçe bu izler silinip, üzerine yeni açılan doküman izleri gelebilir. Aynı zamanda söz konusu izler, yardımcı bir programla da silinebilir. Barış Pehlivan'ın bilgisayarında bu tür izleri silmek için kullanılan Ccleaner uygulamasına rastlanmıştır."
Sanıklar, gelen dosyaların hiç açılmadan, geldiği gibi aynı anda silindiğini de ileri sürmüşlerdi. Bu konuda son TÜBİTAK raporunun görüşü farklı: "Hanefi.doc" dosyasının oluşturma tarihi ile son erişim tarihleri arasında 6 ay, "Sn.komutan. doc" dosyası için yaklaşık 5 ay, "toplantı. doc" dosyası için yaklaşık 8 ay fark bulunmaktadır. Bunun anlamı, "Hanefi. doc"un en az 6 ay, "Sn.komutanım. doc"un en az 5 ay ve "toplantı. doc"un en az 8 ay silinmeden önce ilgili bilgisayarda, kullanıcının erişebileceği bir konumda bulunmuş olmasıdır."