Ergenekon üyeliğinden tutuklanan Ahmet Şık, Kontrgerilla ve Ergenekon'u Anlama Kılavuzu isimli kitabında, Mustafa Balbay'ın günlüklerinden bazı alıntılar yapmış. Günlüklerde önemli gördüğü hususları yayınlarken şöyle bir de değerlendirmede bulunmuş: "Mustafa Balbay'a ait not ve günlükler, en az Özden Örnek günlükleri kadar önemli. 2002 öncesine ait olan notlar, üst düzey komutanlarla sürdürdüğü ilişkilerdeki yakınlığın tesadüfi olmadığını belgeliyor. Bu yakın ilişkinin ne boyuta vardığını anlayabilmek için şu pasaj bile tek başına yeterli. Balbay şöyle yazıyor: 8 Kasım 2002. KKK Aytaç Yalman'ın makamında görüşme. Bugün yayınlanacak bildiriyi okudu. 10 Kasım nedeniyle, ilk kez, Atatürk'e rahat uyu ve bize güven diye bitiyor bildiri. Bana da bazı ekler yaptırdı."
Aynı kitapta, Balbay'ın fevkalade sorunlu başka notları da mevcut. Balbay arkadaşımızın tutuklu yargılanması bizi üzüyor ama o maalesef bir "demokrasi kahramanı" değil. Bunu, Ahmet Şık'a ait Ergenekon Kılavuzu'nu okuyunca kolayca anlayabilirsiniz. Ama tuhaf olan şimdi hem Şık'ın, hem de Balbay'ın, Ergenekon sanığı olarak Silivri'de buluşması. Hemen bir kayıt daha düşeyim. Mustafa Balbay'ın, siyasete müdahale eden askerlerle yakın ilişki içine girmesi, onların bildirilerine katkıda bulunması, gazetecilik açısından hayli ayıplı bir durum olmakla birlikte, Ergenekon üyeliğinin kanıtı sayılmayabilir.
Gördüğünüz gibi durum çok karışık.