Poyrazköy iddianamesinde, 29 Ekim 1999 tarihli "Ergenekon-Analiz- Yeniden Yapılanma, Yönetim ve Geliştirme Projesi"ne değiniliyor. Bu projeden son derece çarpıcı bir bölüm aktarılıyor: "Değerli TSK mensupları ile her meslekten sivillerin organizasyonuyla ortaya çıkacak yeni bir yapılanma söz konusudur. Dünyada var olmuş tüm sistemler, ülke çıkarları ve mevcut rejimin ilkelerine aykırı ideolojilere sahip siyasetçileri engellemiştir. Bunun iki yolu vardır: 1) Suikast, 2) Dezenformasyon.
Ortak idealler doğrultusunda, ulusal ve uluslararası legal ve illegal örgütlerle işbirliği kaçınılmazdır. Ergenekon, benzer bir örneği, kendi içinde, JİTEM gerçeğiyle yaşayarak, yeterli deneyim elde etmiştir."
Yukarıda adını verdiğimiz belgede, suikast ve sabotajların "Kontrol Dairesi Başkanlığı"nda yürütüleceği belirtiliyor. Bu dairenin varlığından Ergenekon Başkanı'ndan başka kimsenin haberdar olmaması isteniyor. Operasyonları yapacak bu dairede, TSK bünyesinden, özel operasyon ünitelerinden eleman seçileceği, söz konusu ajanların, merhametsiz davranacağı ve emri doğrudan Ergenekon Komutanı'ndan alacağı ifade ediliyor.
İddianamenin altında imzası bulunan İstanbul Cumhuriyet savcıları Ercan Şafak ve Mehmet Murat Yönder, Kafes Eylem Planı'nı, 28 Şubat sürecindeki Batı Çalışma Grubu'nun bir uzantısı olarak görüyor. "Bir dönem faaliyette bulunan Batı Çalışma Grubu, günümüzde, önce, İrtica ile Mücadele Eylem Planı ve ardından da Kafes Eylem Planı çerçevesi altında hukuki zemin dışında illegal eylem ve faaliyete devam etmiştir."
Savcıların iddianamesinde, hastalığın, 28 Şubat sürecinde başladığı açıkça ifade ediliyor. O günkü hataların, bugün sıkıntısını çekiyoruz.