İstanbul Boğaz Komutanlığı Boğaz ve yaklaşma sularında deniz hak ve menfaatlerimizin korunması ve geliştirilmesi maksadıyla kuruluşundaki birlikler ile her an hazır olmak, meydana gelebilecek bir doğal afette, insani yardım ve tahliye harekâtlarını afet birliği olarak sevk ve idare etmek üzere teyakkuz halinde. İstanbul Boğaz Komutanlığı bünyesinde ayrıca Rusya ile Ukrayna arasındaki savaştan kaynaklı olarak özellikle Batı Karadeniz bölgesinde oluşan mayın tehdidine karşı da çok sayıda harekât yerine getirildi.
Rutin mayın gözleme devriyelerinin yanı sıra bu konuda yapılan herhangi bir ihbar durumunda ekipler hemen denize açılarak olası mayın tehdidini SAS görev timleri tarafından zararsız hale getiriyor. Bu harekât kapsamında bugüne kadar gemiler ile 24 bin saatin üzerinde seyir, deniz hava unsurlarıyla binin üzerinde sorti ve 5 bin saatin üzerinde uçuş gerçekleştirildi.
İstanbul Boğaz Komutanlığı bünyesinde bulunan Mayın Karşı Tedbirleri Karadeniz (MCM BLACK SEA) Görev Grubu, Rusya Federasyonu'nun Ukrayna'ya karşı başlattığı savaşın ardından Karadeniz'de ortaya çıkan deniz mayınları tehdidine karşı deniz trafiğinin emniyetini sağlamak amacıyla Türkiye'nin öncülüğünde Romanya ve Bulgaristan ile başlatılan ''Üçlü Girişim'' kapsamında kuruldu. Ayrıca NATO Deniz Komutanlığı'nın harekât kontrolünde taktik seviyedeki Deniz Harekât Alanı Planı'nı icra edecek beş Görev Gücü Komutanlığı'ndan biri olan CTF Black'in İstanbul Boğaz Komutanlığı Aydın Kışlası içerisinde statik karargâh statüsünde teşkili faaliyetlerine devam ediyor.