Vakıflar Bölge Müdürlüğü'nün yaptırdığı tespitlerde, Hüseyin Ağa Camisi'nin İstiklal Caddesi'ndeki Demirören Alışveriş Merkezi'nin çok derine kazılan temeli nedeniyle tarihi caminin zarar gördüğü belirlendi. Mayıs 2010'da Koruma Kurulu tarafından yapılan incelemede caminin bahçe ve duvar kısmında yarılmalar belirlendi. Ocak 2011'de yapılan tespitlerde de caminin avlu, çatı ve duvarlarında derin çatlaklar oluştuğu ortaya çıkınca suç duyurusunda bulunuldu.
İSKELE ALTINDA İBADET
Tarihi caminin can güvenliğini tehdit edecek kadar hasar gördüğünün belirlenmesi üzerine, Koruma Kurulu'nun 08 Haziran 2011 tarihli kararıyla, "Can ve mal güvenliğinin sağlanması için caminin kullanımına devam edilmesinin sakıncalı olabileceği" bildirildi. Uyarıları dikkate alan İlçe Müftülüğü de caminin yanına üstü kapalı yeni bir ibadet alanı yaptırdı. Camide yarılmaların olduğu alanlara ise iskeleler kuruldu. Vatandaşlar demir iskelelerin altında ibadet etmeyi sürdürürken Kültür Bakanlığı ve Vakıflar Bölge Müdürlüğü'nün girişimleriyle restorasyon çalışmaları için proje hazırlıklarına da başlandı. Ayrıca Demirören Şirketler Grubu da tüm restorasyon masraflarını üstlenmeyi kabul etti.
BAKAN'DAN TALİMAT
Kültür ve Turizm Bakanı Ertuğrul Günay, camideki tahribatı yerinde inceledi ve restorasyon işlemlerinin hızlandırılarak bir an önce sonuçlandırılmasını istedi. Buna göre, bu ay sonuna kadar proje tamamlanarak nihai onay için Koruma Kurulu'na sunulacak. Koruma Kurulu'nun onayının ardından tarihi caminin restorasyon ve onarım çalışmaları başlayacak.
NAZIM'IN KALEMİNDEN
Marksist-Leninist bir dünya görüşüne sahip olan ve yaşamı boyunca sosyalist hareketin içinde yer alan Nazım Hikmet, şairliğinin pek az bilinen ilk döneminde, 'Ağa Camii'yi şu dizelerle anlatmış.
'AĞA CAMİİ'
Havsalam almıyordu bu hazin hali önce Ah, ey zavallı cami, seni böyle görünce Dertli bir çocuk gibi imanıma bağlandım; Allahımın ismini daha çok candan andım. Ne kadar yabancısın böyle sokaklarda sen! Böyle sokaklarda ki, anası can verirken, Işıklı kahvelerde kendi öz evladı var (...)
Nazım HİKMET-1921