Halep kadılığından ayrıldıktan sonra vefat eden Surre Emini Hacı İbrâhim Efendi'nin torunu, hassa hekimlerinden Mehmed Said Efendi'nin oğludur. Anne tarafından dedesi, III. Mustafa dönemi şeyhülislâmlarından Küçük Çelebizâde İsmâil Âsım Efendi dolayısıyla kendisine Çelebizâde Hafîdi denilmiştir. Medrese tahsilinin ardından 1187'de (1773) ilmiye mesleğine girdi. Bu tarihte yirmi dört yaşında olduğu bilgisi doğru kabul edilirse 1163'te (1750) doğmuş olması gerekir. Çeşitli medreselerdeki görevinin ardından Süleymaniye Dârülhadisi'nde reîsü'l-müderrisîn oldu. Daha sonra mahreç pâyesini (bilâd-ı selâse) elde etti. 1800'de Âşir Efendi'nin şeyhülislâmlığı döneminde Üsküdar mevleviyetine tayin edildi. 1806'da Edirne, bir yıl sonra Mekke-i Mükerreme, Ocak 1813'te İstanbul pâyesini aldı. Bazı kaynaklarda İstanbul pâyesi için farklı tarihler de verilir. Dürrîzâde Abdullah Efendi şeyhülislâm olunca nakîbüleşraflığa getirildi (Şevval 1223 / Kasım 1808). Haziran 1813'te Şeyhülislâm Dürrîzâde ile geçinemediğinden nakîbüleşraflıktan azledildi. Ardından Anadolu kazaskerliği pâyesi verildi.
10 Rebîülâhir 1230'da (22 Mart 1815) Dürrîzâde Abdullah Efendi'nin azli üzerine şeyhülislâmlığa tayin edildi. Üç yıla yakın bir süre şeyhülislâmlık görevini sürdürdü. II. Mahmud'un ıslahatına paralel olarak ilmiye sınıfında ıslahat yapmak istemesi yüzünden ilmiye zümresinin tepkisini çekti. Şânîzâde kısa zamanda birçok ıslahata ve ilmiye usulünde değişikliklere giriştiğini, ancak usule ve hikmete riayet etmediğini anlatır. Ayrıca ulemâdan kimini sürgün edip kimini de hak ettiği makamlara getirmezken yakınlarının kısa zamanda yükselmesini sağladığını, bu durumun ulemânın düşmanlığına yol açtığını, mektupçusu Atâullah Efendi ile kethüdâsı Mustafa Efendi arasındaki husumetin dairesindeki işlerde karışıklığa sebebiyet verdiğini kaydeder. Medrese talebesi arasına karışan ehil olmayan kişileri ayıklamaya yönelik teşebbüslerinin ve imtihanlarda öğrencilere yönelik bazı tasarruflarının da tepkiyle karşılandığını bildirir.
Talebeler arasında çıkan, "mum vak'ası, softalar vak'ası, mum kavgası" diye bilinen olaylar Şeyhülislâm Zeynelâbidin Efendi'nin azline sebep olmuştur. Zeynelâbidin Efendi olaylara karışanların hapsedilerek sürgüne yollanmasına karar verdi. Fakat bunların idam edildiği yönünde söylentiler çıkınca medrese talebeleri hocalarıyla birlikte bâb-ı fetvâya giderek onunla görüştü ve bunun sonucunda sürgüne mahkûm edilenlerin serbest bırakılması kararı alındı. Ancak bu hadiseler ve kendisine karşı oluşan tepkiler yüzünden 27 Ocak 1818'de şeyhülislâmlıktan azledildi (Şânîzâde, II, 807-812). Şeyhülislâmların azlinde meşîhat dairesinin kapısındaki fenerin söndürülmesi âdet olduğundan Zeynelâbidin Efendi'nin azli esnasında, "Softaların mumu bizim feneri söndürdü" dediği nakledilir. Azlinden sonra Üsküdar Sultantepe'deki konağında üç gün kaldı, ardından Bursa'ya sürgün edildi. 1818 Kasımında affedilerek İstanbul'a döndü ve konağına yerleşti. 14 Receb 1239 (15 Mart 1824) tarihinde vefat etti. Cenaze namazı Fâtih Camii'nde kılındıktan sonra Hekimbaşı Kazasker Ömer Efendi tarafından Çapa'da Molla Gürânî'de yaptırılan ve dedesi Çelebizâde İsmâil Âsım Efendi tarafından genişletilen Hekimbaşı Ömer Efendi Külliyesi'nin hazîresine defnedildi. Ancak külliyenin 1918 yangınında tamamen harap olmasının ardından 1956'da cadde genişletilirken hazîrede kalan mezar taşları caddenin karşı tarafına taşınmıştır. Zeynelâbidin Efendi'nin mezar taşı halen Aksaray Fındıkzade'de Özbek Süleyman caddesi başındaki sette, Molla Gürânî Camii karşısında bulunmaktadır.
Kaynaklara göre birçok ilimde maharet sahibi olan Zeynelâbidin Efendi fazilet ve irfanıyla tanınmaktaydı. Aynı zamanda tasavvufa da ilgisi vardı. Beşiktaş'taki Nakşibendî meşâyihinden Neccârzâde Rızâ Efendi'nin oğlu Şeyh Mehmed Sıddık Efendi'ye intisap etmişti. Zarif, cömert, hoşsohbet ve nüktedan olduğu belirtilir. Bazı kaynaklarda azil sebebi olarak hazırcevaplığı gösterilir. Buna göre bir toplantıda devlet görevlilerinin sıkça azledilmesini ima ederek, "Bu mumun fitili uzarsa bizim de fener söner" demişti. Ayrıca II. Mahmud kendisine neden sahilde bir yalı edinmediğini sorunca, "Meşâyih-i İslâmiyye dâîleri yalılarında ancak ba'de'l-azl ikamet ederler. Dâîlerini ise azil buyurdukları dakikada dört yanım deryâ olur" cevabını verdiği ve bu cevabın padişahın çok hoşuna gittiği anlatılır. Zeynelâbidin Efendi'nin ta'lik hattında maharet sahibi olduğu, bundan dolayı ikinci İmâd diye adlandırıldığı kaydedilirse de Osmanlı hattatlarıyla ilgili eserlerde adına rastlanmamaktadır. Üsküdar kadılığı yapan oğlu Seyyid Mehmed Ârif Molla 1824'te veya 1830'da vefat edince babasının yanına defnedilmiştir. Ahmet Süheyl Ünver aynı yerde Zeynelâbidin Efendi'nin kızına ait bir mezarın varlığından da bahseder. Yine ailesinden Çelebizâde Ahmed Şevki Efendi müderrislik yapmış, Bosna ve Beyrut kadılıklarında bulunmuştur.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ