XVI. yüzyılda altın çağını yaşayan Osmanlı medreseleri giderek bozulmaya başlamış ve öğretim sadece dinî ilimlere münhasır kalırken kalitesi de düşmüştür. Her ne kadar daha XVIII. yüzyılda III. Ahmed ve I. Mahmud dönemlerinde medreselerin ıslahı için bazı teşebbüsler yapılmışsa da istenilen sonuç elde edilememiştir. XX. yüzyılın başında medreselerdeki bozulma daha da ileri bir safhaya ulaşmış, hatta medrese hoca ve talebeleri dahi bundan şikâyetçi olmuş, bu durumun düzeltilmesi hususunda bazı tedbirlerin alınmasını isteyen çeşitli neşriyatta da bulunmuşlardı. Nihayet 1908'de II. Meşrutiyet'in ilânından sonra konuya ciddi olarak yaklaşıldı. Tabhâne Medresesi'ndeki açılışın ardından çıkarılan 26 Şubat 1909 tarihli Medâris-i İlmiyye Nizamnâmesi ile medrese tahsili on iki yıl olarak kabul edildi, ayrıca dinî ilimler yanında hesap-hendese-cebir, coğrafya, umumi tarih ile İslâm ve Osmanlı tarihleri, hikmet (fizik), kimya, hey'et (astronomi) ve kozmografya gibi dersler de konuldu. Ancak bu teşebbüs başarıya ulaşamadığından şikâyetler devam etti.
Medreselerdeki esaslı ıslahat, Mustafa Hayri Efendi'nin şeyhülislâmlığı sırasında dört yıllık çalışmalar sonunda gerçekleştirildi. Islahatın ilk olarak İstanbul'da başlatılması uygun görülerek İstanbul medreseleri bir heyet tarafından tek tek dolaşılıp incelendi. Böylece hangi medresenin kullanılabilir, hangisinin harap halde olduğu, sıhhî bakımdan talebe barındırmaya elverişli bulunup bulunmadığı, dershanesinin mevcut olup olmadığı, kaç talebeyi barındırabileceği gibi hususlar tesbit edildi. Bu araştırmaya göre deftere kaydedilen 184 medreseden seksen yedisi kadroya alınırken doksan yedisi kadro dışı bırakıldı (20 Ağustos 1330/2 Eylül 1914). Ancak daha sonra yeni birtakım düzenlemelere gidilerek komisyonun kadro dışı bıraktığı Küçük Ayasofya Medresesi ve Süleymaniye Dârülhadisi kadroya dahil edilirken bu tesbitte yer alan Mehmed Ağa, Rüstem Paşa, Rahîkîzâde, Süleymaniye Tıp medreseleri, Fâtih medreselerinden Karadeniz tarafı Çifteayak Kurşunlu ile Baş Tetimme, Akdeniz tarafı Tetimme-i Sânî medreseleri, ayrıca İsmihan Sultan ve Kariye medreseleri kadro dışı tutuldu. Böylece yeni sisteme dahil olan medrese sayısı seksen bire inmiş oldu. Kadroya alınanlar ise tek bir medrese sayılarak İslâm hilâfetinin merkezinde bulunduğu için Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi adıyla anıldı. Her sınıf için belli bir semtteki medreseler ayrıldı. Tâliye 1. sınıfa Üsküdar, 2. sınıfa Sultanahmet, 3. sınıfa Cağaloğlu-Divanyolu-Küçükayasofya, 4. sınıfa Çarşıkapı, 5. sınıfa Süleymaniye-Saraçhane-Vezneciler, 6. sınıfa Çarşamba, 7. sınıfa Fatih-Haydar, 8. sınıfa Fatih-Malta semtlerindeki medreseler tahsis edildi. Âlî 1. sınıf Beyazıt-Vefa arasındaki medreselerde, 2. sınıf Süleymaniye medreselerinde, 3 ve 4. sınıflar ise Fâtih medreselerinde idi.
Kuruluş nizamnâmesine göre Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi, her biri dörder yıl sürecek üç dönemden ibaret olacaktı. Bunlar tâlî kısm-ı evvel, tâlî kısm-ı sânî ve âlî adlarını taşımaktaydı. Tâlî kısımlarda toplam 2080, âlî kısımda toplam 800 talebe bulunacaktı. Gerek tâlî gerekse âlî kısımdaki sınıfların dörder şubesi olacak, tâlî kısımların her şubesinde altmış beşer, âlî kısımda ise elli talebe okuyacaktı. Her kısımda birer müdîr-i umûmî, sınıf ve şubelerde ise birer müdür bulunacak ve şube müdürleri sınıf müdürlerine, sınıf müdürleri müdîr-i umûmîye, o da Ders Vekâleti'ne bağlanacaktı. Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin kuruluşu sırasında medreselerde okumakta olan talebeler, son verdikleri imtihan göz önünde bulundurularak yeni kurulan medresenin sınıflarına yerleştirilecek; yeni alınacak talebe ise altı yıllık ibtidâî tahsilini tamamlamış olanlar arasından ders vekilinin başkanlığında olmak üzere üyeleri meşihatça seçilen bir komisyon tarafından belirlenecek; talebin fazla olması halinde yine bu heyetçe düzenlenen imtihanda başarılı olanlar alınacaktı. On iki yıllık medrese tahsilini tamamlayanlar icâzetnâme alacaklardı. Sahibinin ders gördüğü müderrislerin adlarının da yazılacağı bu icâzetnâmeler önce Ders Vekâleti, sonra meşihatça tasdik edilecek, böylece âlî kısmı bitirenler müderris sıfatını kazanarak İstanbul ruûsuna kaydedileceklerdi. Fakat âlî kısma herhangi bir sebeple devam edemeyen veya etmek istemeyenlerin tâlî kısımlarda bir miktar bilgi sahibi oldukları göz önünde bulundurularak bu gibilere, tâlî kısımlardan ilk veya ikinci kısmı bitirdiklerini belgeleyen birer şehâdetnâme verilmesi kararlaştırılmıştı. Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'ne alınanlar tesbit edilen medreselerde kalacaklar ve her birine belirli bir tayinat ayrılacak, ancak bu tayinat nakden verilmeyip iâşe ve giyimlerine sarfedilecekti. Her sınıfta okunacak dersler de nizamnâme ile belirlenmişti. 1909'daki teşebbüste olduğu gibi Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nde de dinî bilgilere paralel olarak tarih, coğrafya, riyâziye, astronomi, fizik, kimya gibi diğer derslerle Farsça'ya ve o güne kadar medreselerde okutulması düşünülmeyen Türkçe'ye de yer verilmişti.
Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin kuruluş yılında okutulan derslerin sınıflara göre dağılımı şöyleydi: 1. Tâlî kısm-ı evvelde Kur'ân-ı Kerîm; hadisten ahlâkiyat ve içtimaiyat; fıkıhtan akaid ile nikâh ve talâk; felsefeden ma'lûmât-ı ahlâkıyye ve içtimâiyye; Arapça'dan sarf, nahiv, lugat, mükâleme ve tatbikat; Türkçe'den imlâ, kıraat, tatbikat ve kitâbet; sadece ilk iki yılda okutulan Farsça'dan lugat, kavâid ile Gülistân vb. metinler; tarihten umumi tarih, peygamberler ve halifeler tarihi ile muhtasar Osmanlı tarihi; hesap, tabiat ve fen bilimlerinden ma'lûmât-ı fenniyye, zirâiyye, hikmet ve kimya; maliyeden defter tutma usulü, ayrıca ma'lûmât-ı kānûniyye, hat ve hıfzıssıhha. 2. Tâlî kısm-ı sânîde hadis, tefsir, kelâm, muhtasar felsefe ve mantık ile âdâb; fıkıhtan muâmelât, ukūbât ve ferâiz ile usûl-i fıkıh; Arapça'dan mükâleme, kitâbet, belâgat ve vaz'; Türkçe'den edebiyat; tarihten umumi tarih ve Osmanlı tarihi, İslâm ve dinler tarihi, siyer-i nebî; riyâziyeden cebir, müsellesât, hey'et ve mihanik; tabiat ve fen bilimlerinden hikmet ve kimya, ayrıca hitabet ve mev'iza. 3. Âlî kısımda ise dinî tedrisat ağırlıklı olarak tefsir, hadis, fıkıh, usûl-i fıkıh, kelâm, hilâfiyat, Arap edebiyatı, felsefe, hukuk ve kavânin ile târîh-i ilm-i fıkıh.
Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nin kuruluşunun ikinci yılında ders programında değişiklik yapıldı. Medresede de yabancı dil okutulması gerekli görülerek Almanca, Fransızca, İngilizce veya Rusça'dan birinin seçilmesi mecburiyeti getirildi. Yabancı dil öğretimi tâlî sınıflara mahsus olup haftada ikişer saatten sekiz yıl devam ediyordu. Ayrıca her gün beden eğitimi yapılacaktı. Buna karşılık hitabet, mev'iza ve ma'lûmât-ı kānûniyye programdan çıkarılmış, bazı derslerin sınıfları ve haftalık ders saatlerinde de değişiklik yapılmıştı.
Âlî kısmı bitirenler veya dışarıdan bütün sınıfların imtihanlarını verenler arasından dinî ilimlerde ihtisas yapmak isteyenler için Medresetü'l-mütehassısîn adıyla Sultan Selim Camii bünyesinde yüksek seviyede bir medrese de kuruldu.
Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi, medrese ıslahatında olumlu bir adım olmasına rağmen, kuruluş yılında Osmanlı Devleti'nin I. Dünya Savaşı'na girmesi bu medresenin eleman yetiştirmesi açısından bir talihsizlik oldu. Zira dört yıl süren savaş boyunca on altı yaşındaki gençlerin de cepheye gönderilmesi burada tahsil yapacak talebe bulmayı güçleştirdi ve dolayısıyla Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nden beklenilen sonuç alınamadı. 1917'de ise Mûsâ Kâzım Efendi'nin şeyhülislâmlığı sırasında Dârü'l-hilâfeti'l-aliyye Medresesi'nde bir bakıma eski medrese sistemine dönüş yapıldı. Tâlî kısımlara ibtidâ-i hâric ve ibtidâ-i dâhil, âlî kısma sahn, Medresetü'l-mütehassısîn'e Medrese-i Süleymâniyye adları verilirken dört yıllık devreler üçe indirildi. Süleymaniye ise üç yıla çıkarılıp tefsir, hadis, fıkıh, kelâm-hikmet-edebiyat olmak üzere dört kısma ayrıldı.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi