Daha sonra bunlara, oğlu Sadrazam Fâzıl Ahmed Paşa tarafından 1087 (1676) yılından önce inşa edilen kütüphane ve Vezir Hanı ilâve edilmiştir. Ayrıca türbenin etrafına zamanla eklenen mezarlarla bir de hazîre oluşmuştur. Külliye yapılarından sebil günümüze ulaşmamıştır. Divanyolu caddesinin genişletilmesi esnasında değişikliğe uğrayan külliyenin eski düzeni hakkında tek belge Köprülü Su Yolları Haritası'ndaki görünüştür. Minyatür tekniğine has bir bakış açısı ile çizilmiş olan bu haritadan yapıların durumu ve külliyenin düzeni kısmen anlaşılabilmektedir.
Vakfiyesinde "Dârülkurrâ-i latîfe" olarak bahsedilen yapı medresenin dershanesi olup aynı zamanda dışa açık bir mesciddir. Divanyolu caddesiyle Peykhâne sokağının kesiştiği köşede yer alan yapı kesme küfeki taşından inşa edilmiştir. Sekizgen planlı olan yapı kasnaklı kubbe ile örtülüdür. Çift sıra pencere düzenine sahip yapıda biri kuzeyde caddeye, diğeri güneyde medrese avlusuna açılan iki kapı vardır. Caddenin 1288 (1871) yılında genişletilmesi esnasında kapı önündeki revak kaldırılmış ve iki yıl sonra kapı yenilenmiştir. Bu durum kapı üzerindeki 1290 (1873) tarihli kitâbeden anlaşılmaktadır. Yapıda barok üslûbunda yapılmış olan mermer mihrap bulunmaktadır. Üzeri sıvalı, oval formlu bir kaideye oturan vaaz kürsüsü yarım yuvarlak şekilde olup üstünde ajurlu ahşap korkuluk bulunmaktadır. Yapıda bugün mevcut olan ahşap minber ise yeni olup sade bir işçiliğe sahiptir. Mihrabın karşısında yer alan ahşap mahfil de yine XIX. yüzyılın sonunda eklenmiş olmalıdır. Mahfilin sağında merdivenlerle ulaşılan üst pencere ahşaptan köşk tipi minareye geçit vermektedir. Yapının içi yakın zamanda yenilenmiş olan kalem işleriyle süslenmiştir.
Peykhâne sokağı üzerinde yer alan ve üstte sivri kemerli olarak düzenlenen, altta ise yuvarlak kemerli açıklığa sahip bulunan kapı ile medresenin revaklı avlusuna geçilmektedir. Medrese odaları bu avlunun iki yönünde "L" şeklinde sıralanmıştır. Yapıda bugün dokuzu tam, biri yarım olmak üzere toplam on oda bulunmaktadır. Divanyolu'nun genişletilmesi sırasında caddeye uzanan koldaki odalardan bir bölümü yıkılmıştır. Yıktırılan bu kolda bir oda ve önündeki revak tam ortadan bölünmüş olup cephe XIX. yüzyılın zevkine göre düzenlenmiştir. Medresede revaklardan doğudakiler sivri, güneydekiler ise geç devirde yenilenmiş olup yuvarlak kemerlidir. Mermer sütun ve baklavalı başlıklara sahip revaklarla odalarda birimlerin üzerleri pandantiflerle geçişi sağlanan kubbelerle örtülmüştür. Revaklı avluya küfeki taşından dikdörtgen söveli birer kapı ve pencere ile açılan odaların dışa bakan pencereleri yoktur. Kapı karşısındaki duvarlarında ocak ve dolap nişi bulunmaktadır. İki kolun kesiştiği köşede medrese odaları kesintiye uğramıştır. Arada yer alan basık kemerli kapı ile arkadaki küçük bahçeye geçiş sağlanmaktadır. Burada helâlarla vaktiyle çamaşırhane ve gusülhane olarak kullanılan bir mekân daha vardır. Ayrıca medresenin avlusunda bir kuyu ile mermer su haznesi bulunmaktadır. 1869 yılında faal durumda olduğu anlaşılan medrese 1894 depreminde zarar görmüştür. 2 Eylül 1914 tarihinde yapılan bir tesbitte kısmen tamire ihtiyacı olduğu halde faaliyetine devam ettiği, 1 Ocak 1919 tarihli diğer bir tesbitte ise yangınzedeler tarafından işgal edilmiş olduğu belirtilmektedir. Son yıllarda medrese tamir edilerek Kubbealtı Akademisi Kültür ve Sanat Vakfı'na tahsis edilmiştir.
Türbe Divanyolu caddesi üzerinde dershane-mescidin doğusunda, medrese odaları ile dershane-mescid arasında yer almaktadır. Vaktiyle dershane-mescidin kuzeyine yakın bir yerde olduğu tahmin edilen türbenin eski durumu Köprülü Su Yolları Haritası'ndan öğrenilmektedir. Divanyolu'nun 1288 (1871) yılında genişletilmesi esnasında yıktırılan türbe bugünkü yerinde yeniden inşa edilmiştir. İlk yapının ne şekilde olduğu hakkında ayrıntılı bilgi mevcut olmamakla beraber bugünkü yapıya da pek benzemediği anlaşılmaktadır. Köprülü Su Yolları Haritası'ndaki çizime göre önü revaklı, pencereli kasnak üzerinde kubbeli bir türbe yapısı olduğu düşünülebilir. XIX. yüzyılın zevkine uygun olarak ele alınan bugünkü yapı sekizgen planlı olup mukarnas başlıklı sütunların taşıdığı atnalı biçiminde kemerli cephelere sahip açık bir türbedir. Üzeri sivri kubbe biçiminde düzenlenmiş demir kafesle örtülü olan yapıda sütun başlıklarının hizasında mermer lentolarla cepheler ikiye bölünmüştür. Üstte rûmî, altta geometrik kompozisyonlu metal şebekeler vardır. Medresenin avlusu yönünde çift kanatlı metal şebekeli bir kapısı bulunan türbenin gövdesi üstte palmetli frizle süslenmiştir. Türbede Köprülü Mehmed Paşa, Ayşe Hanım ve Fâzıl Ahmed Paşa medfundur.
Peykhâne sokağı üzerinde dershane-mescidin batı cephesine bitişik olarak yer alan çeşme mermerden yapılmıştır. İki renkli taşın alternatif olarak kullanıldığı sivri kemerli niş şeklinde düzenlenen çeşme iki yanda halat şeklinde sütunçelerle sınırlanmıştır. Niş içindeki alınlıkta rûmîlerden oluşan girift bir kompozisyon görülür. Kemer köşe dolgularında birer iri rozet ve kıvrık dallı süsleme bulunmaktadır. Bunun üzerinde tek satır halinde ta'lik hatla yazılı olan kitâbeden çeşmenin Köprülü Mehmed Paşa'nın hayratı olduğu anlaşılır. Suyu akmayan tek musluklu çeşme iyi durumda olup yol seviyesinin yükselmesiyle teknesi biraz zemine gömülmüştür.
Külliyenin Peykhâne sokağına bakan cephesi üzerinde medrese avlusuna açılan kapının sağında üç, solunda bir olmak üzere toplam dört adet dükkân bulunmaktadır. Sivri kemerlerle dışa açılan dükkânlardan kapının solundaki üç tanesi dikdörtgen planlı olup üzerleri aynalı tonozla örtülmüştür. Girişlerin karşısında vaktiyle birer ocak nişi bulunmaktaydı. Ortadaki birim hariç iki yandaki dükkân, arkada yer alan kare planlı ve kubbeli iki mekânla aralarındaki duvarın kaldırılması ile birbirine bağlanmıştır. Bu iki dükkânın altında birer bodrum katı bulunmaktadır. Medresenin avlu kapısının solunda duvarla dershane-mescid arasında dışa sivri kemerle açılan üçgen bir mekân vardır. Burası da günümüzde dükkân olarak kullanılmaktadır.
Medresenin doğusunda Divanyolu caddesi üzerinde ve II. Mahmud Türbesi'nin karşısında yer alan yapı İstanbul'daki ilk bağımsız kütüphane binasıdır. Külliyenin bânisi Sadrazam Köprülü Mehmed Paşa'nın 1072 (1661) yılında vefatı üzerine oğlu Sadrazam Fâzıl Ahmed Paşa tarafından 1087'de (1676) ölümünden önce yaptırılarak külliyeye dahil edilmiştir. Üç tarafı yolla çevrili bir bahçe içinde yer alan yapının sınırları vakfiyesinde belirtilmiştir. Taş ve tuğla malzeme ile inşa edilen yapı almaşık örgülü duvarlara sahiptir; kare planlı ve üzeri pandantiflerle geçişi sağlanan, dıştan sekizgen kasnaklı kubbe ile örtülmüştür. Batısında yer alan ve dört basamakla çıkılan revaklı bölüm eksende öne alınmış olup "T" şeklinde bir düzenleme gösterir. Altı mermer sütun üzerinde baklavalı başlıklara oturan sivri kemerli revak üçü eliptik olan dört kubbe ile örtülüdür. Eksende yer alan, içten ve dıştan basık kemerli olarak düzenlenen kapı ile kütüphane mekânına geçilir. Yapı yanlarda altta birer, üstte ikişer, kapının karşısında ise altlı üstlü üçer pencere ile aydınlatılmaktadır. Pencereler, tuğladan sivri boşaltma kemerleri altında dikdörtgen açıklıklı olup dıştan küfeki taşı sövelidir. İçte yalnızca alt pencereler mermer söveli olarak düzenlenmiştir. Yapının içinde kubbe ortasında, kubbe eteğinde, pandantiflerde ve kapı üzerinde geç devrin kalem işi süslemeleri vardır. Pandantifteki 1181 (1767) tarihiyle kapı üzerindeki 1289 (1872) ve 1327 (1909) tarihleri yapılan tamirleri gösterir (ayrıca bk. KÖPRÜLÜ KÜTÜPHANESİ).
Çemberlitaş'ta Vezirhanı caddesi üzerinde yer alan han Sadrazam Fâzıl Ahmed Paşa tarafından yaptırılarak külliyeye dahil edilmiştir. İhtilâflı olmasına rağmen kapı üzerindeki ta'lik hatla yazılmış beş satırlık tamir kitâbesinden 1312 (1894) depreminde harap olan yapının 1332 (1914) yılında Odabaşı Mustafa Efendi tarafından tamir edildiği anlaşılmaktadır. Yapı taş ve tuğla malzeme ile inşa edilmiş, iki katlı ve iki avlulu olarak düzenlenmiş olup zaman içinde değişikliğe uğramıştır. Öndeki birinci avlu üçgen bir alana, ikinci avlu ise yaklaşık 70 × 47 ve 65 m. ölçülerinde yamuk dikdörtgen plana sahiptir. İç avlu ile ön cephe arasında arazinin hafif meyilli olması sebebiyle bu cephenin alt sırasına tonozlu bir sıra dükkân yerleştirilmiştir. Son yıllarda yeniden tamir görmüş olan taçkapı büyük sivri kemer altında yuvarlak kemerli bir açıklığa sahiptir. Ön cephede taçkapının üstü ve kuzeyindeki kol yıkıldığından burada önemli değişiklikler olmuş, dolayısıyla eski durumu hakkında kesin bir şey söylemek zorlaşmıştır. Küçük olan ön avluda odalar yalnızca batı yönündeki cephede yer almıştır. Büyük olan iç avlu iki katlı ve revaklı olarak düzenlenmiştir. Kare kesitli taş pâyelere oturan tuğladan sivri kemerli revakların etrafında odalar bulunmaktadır. Bugün alt kattaki revaklar yanlardan ve cepheden kapatılarak arkalarındaki odalarla birleştirilmiş olarak kullanılmaktadır. Bu kattaki odaların dışarıya açılan pencereleri yoktur. Üst kattaki odalar ise birer pencere ile dışa açılmakla beraber birer kapı ve pencere ile de revaklara açılmaktadır. Odalarda iki yanı nişli birer ocak yer almaktadır. Üst kat revakları da yer yer kapatılmıştır. Odalar ve revaklarda birimlerin üzerleri kubbelerle örtülüdür. Yıkılan bölümler ahşap tavanlı ve kiremit örtülü olarak yapılmış olup değişikliğe uğramıştır. Üst kata, iç avluya çıkmadan önce revakların altında yer alan karşılıklı iki yöndeki merdivenlerle çıkılır. Son yıllara kadar kesme taştan yüksek basamaklara sahip olan bu merdivenler bugün beton dökülerek yeniden yapılmıştır. Hanın kuzeydoğu ve güneybatı köşelerinde birer kule bulunmaktadır. Ayrıca kuzeydoğu köşesine ayrı bir birim olarak bitiştirilen ahır, kalın ayaklarla taşınan çapraz tonoz örtülü olup vaktiyle avluya bir rampa ile bağlanmaktaydı. Günümüzde bu rampa kapatılmış, ahıra Gazi Sinan Paşa sokağı üzerinden yeni bir giriş açılmıştır. Hanın avlusunda yer alan ve yakın zamana kadar harap durumda olduğu bilinen mescid ise günümüze ulaşmamıştır. Köprülü Su Yolları Haritası'ndaki basit çizime göre fevkanî olduğu anlaşılan yapının altında bir şadırvan bulunmaktaydı.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ