Kılıç Ali Paşa Medresesi'nin bir odasında tesis edilen kütüphane diğer kütüphanelerde bulunmayan bazı özellikler gösterir. Kuruluşunda Debbağzâde İbrâhim Efendi'nin vakfettiği 753 kitap arasında tefsir ilmine dair eserler büyük bir yekün tutmakta, dolayısıyla kurucusunun müderris kişiliği kütüphane koleksiyonuna yansımaktadır. İbrâhim Efendi, kütüphaneye tayin ettiği dört hâfız-ı kütübün adlarını vakfiyesinde belirttiği gibi bunlardan sonra gelecek hâfız-ı kütüblerin de kendi ailesi fertlerinden olmasını, bu mümkün olmadığı takdirde Tophane ahalisinden ehil olan kimselerin bu göreve getirilmesini istemektedir. Vakfiyesine göre tayin edilen dört hâfız-ı kütüb ikişer ikişer nöbetleşe kütüphanede bulunmakta ve birinci hâfız-ı kütüb 40, ikincisi ve üçüncüsü 20, dördüncüsü 16 akçe ücret almaktaydı. Dört hâfız-ı kütüb yanında belli zamanlarda sayım yapılmasını temin ve bu sayıma nezaret etmekle görevli bir nâzır-ı kütüphane de mevcuttu.
Diğer XVIII-XIX. yüzyıl Osmanlı kütüphanelerinde olduğu gibi Kılıç Ali Paşa Kütüphanesi vakfiyesinde de kesinlikle dışarıya ödünç olarak kitap verilmeyeceğine dair kayıt vardır. Okuyucuya haftada altı gün açık olan kütüphane cuma günleri kapalı idi. Bu devir kütüphanelerinde sıkça rastlanan "kütüphanede ibadet"in Kılıç Ali Paşa Kütüphanesi'nde de oldukça yoğunlaştırıldığı ve hâfız-ı kütüblerin mesailerine kütüphanenin sabahları her açılışında dua etme ve Kur'an okuma gibi görevlerin de ilâve edildiği görülmektedir.
Tamamı bin küsur eserden (999 yazma, 72 basma) oluşan kütüphane koleksiyonu, uzun süre Kılıç Ali Paşa Medresesi'nin bir odasında okuyucuların istifadesine sunulduktan sonra I. Dünya Savaşı sırasında diğer birçok kütüphane ile birlikte Sultan Selim Kütüphanesi'ne (1914), bir süre sonra da (1918) Süleymaniye Kütüphanesi'ne nakledilmiş olup halen orada muhafaza edilmektedir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi