Yapıldığı dönemde cami, mektep, medrese, zâviye, imaret ve tabhâneden (mutfak, kiler, yemekhane, ahır, helâlar, iki ev) meydana geldiği anlaşılan külliyeden bugün yalnızca cami ayaktadır. Caminin 1890, 1910, 1947 ve 1959 yıllarında onarım gördüğü bilinmektedir. Dört satır halindeki sülüs hatla yazılmış kitâbesine göre cami II. Bayezid devrinde 912'de (1506) yaptırılmıştır. Külliyenin kurucusu, aynı şehirde şimdi harabe halinde bir camisi olan Îsâ Fakih'in oğlu İshak Çelebi'dir. Önce Manastır, ardından Selânik kadısı olan İshak Çelebi'nin bu külliyesine ait vakfiye Rebîülevvel 914 (Temmuz 1508) tarihli olup 1972'de yayımlanmıştır (Hasan Kaleši, s. 146-149). Külliye için İshak Çelebi Manastır, Selânik, Filibe ve Tatarcık'ta (Tatarpazarı) birçok dükkân, ev, değirmen ve arsa tahsis etmiştir.
Taş ve tuğla örgülü duvarlara sahip cami, dıştan yaklaşık 18,00 × 18,00 m. (içten 14,50 × 14,60 m.) ölçüsünde kare planlı olup harimini 14,50 m. çapında bir kubbe örter. Kubbeye geçiş, köşelerde istiridye kabuğu şeklindeki dilimli tromplarla sağlanmıştır ve bunların tam köşelerinde yer alan bağlantıyı mukarnaslar doldurur. Dıştan onikigen olan kubbe kasnağının her yüzeyinde birer sivri kemer pencere açıklığı bulunmakta olup içeride tromp kemerlerinin üstünde, konsol çıkmalara oturan demir korkuluklu bir galeriye sahiptir. Buradaki pencere üstlerini, trompları ve kemerleri süsleyen kalem işi nakışlar çok geç tarihlerde yapılmıştır. Caminin cephelerinde üçer sıra pencere yer almaktadır. Birinci sıra pencereler her cephede ikişer adet olmak üzere dikdörtgen açıklıklı, ikinci sıra pencereler ise kuzey cephesi hariç her cephede üçer adet, üçüncü sıra pencerelerde ikişer adet olacak şekilde ve sivri kemerlidir. Cümle kapısının sağ tarafında duvar içinde bulunan bir döner merdiven ahşap mahfile çıkışı sağlar.
Kavsarası mukarnaslı mermer mihrap, sivri bir kemer ve ayrıca dikdörtgen silme ile âhenkli biçimde çerçevelenmiştir. Mermer minberin yan yüzeyleri şebekelidir. Güzel bir işçiliği olmakla beraber son onarımlarda üzerine sürülen boyalar bunları çirkin bir hale getirmiştir. Mahfil kısmı ise ahşaptır ve büyük bir ihtimalle geç dönemlere aittir.
Üstü sivri bir çatı ile örtülü, içinde dört destekle bölünmüş on bölümlü son cemaat yeri de geç dönem inşaatıdır. İki sıra pencere ile aydınlanan ve yan cephelerinde ikişer direğe dayanan birer saçak sundurmasının koruduğu yan girişli bu mekân ahşaptan yapılmış bir tavana sahiptir. Aslında burada klasik dönem mimarisinde usulden olduğu gibi kubbeli, beş bölümlü ve iki yana taşkın, revakla dışarıya açık bir son cemaat yeri mevcut olmalıydı. Aydın Yüksel'in işaret ettiği giriş cephesindeki bir çift küçük mihrap köşelere yakın olduğundan son cemaat yerinin esasında beş kubbeli olduğunu düşündürmektedir. Bilinmeyen bir sebeple bu revak yıkılarak yerine geniş ve her tarafı kapalı olan bugünkü mekân inşa edilmiştir. Caminin orijinalinde dört sütuna oturan üç kubbeli bir son cemaat yeri mevcuttur.
Caminin sağ tarafında yükselen taş minaresinin kısa bir pabuç kısmı vardır. Rumeli'deki benzerlerine göre oldukça yüksek olan minarenin şerefe çıkması üç sıra mukarnaslıdır. Çokgen gövdeli minare yaklaşık 45 m. yükseklikte olup tamamen kesme taştandır.
Heybetli bir dış görünüşü olan İshak Çelebi Camii, dış cepheleri ikiye bölen ve binayı çepeçevre saran bir silmeye sahiptir. Bunun yukarısında da pencereler vardır. Trompların üstlerinde, dışarıda köşeler üçgen biçiminde kesilerek on iki cepheli kubbe kasnağına geçiş sağlanmıştır.
Vakfiyede, on hücreli olduğu ve kurucusu tarafından 275 cilt kitapla üç mushafın bağışlandığı bildirilen medresenin külliyenin güneybatısında bulunduğu sanılmaktadır. Bina I. Dünya Savaşı'nın ardından müftülük ve kütüphane olarak kullanılmıştır. 1945'ten sonra yıktırılan binanın gerçekten söz konusu medrese binası olup olmadığı tesbit edilememiştir. Vakfiyeye göre medrese müderrislerinin maaşı 20 dirhem, öğrencilerin burslarının 10 dirhem olduğu anlaşılmaktadır. Ali Viško'nun verdiği bilgiye göre XIX. yüzyılın ikinci yarısında onarım gören medresede I. Dünya Savaşı'ndan sonra da derslere devam edilmiştir (Sterjoski, X/81 [1996], s. 5).
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi