Topkapı'da Yenibahçe vadisine inen yamaçta bulunmaktadır. Yavuz Sultan Selim'in kızı ve Sadrazam Kara Ahmed Paşa'nın hanımı Fatma Sultan tarafından yaptırılan küçük bir mahalle mescididir. Ahmed Paşa'nın Mimar Sinan tarafından yapılan külliyesi (bk. AHMED PAŞA KÜLLİYESİ) mescidin az yukarısında yer aldığına göre Ahmed Paşa'nın konağı da herhalde bu çevrede bulunuyordu (Fatma Sultan'ın bu mescidi yaptırması sırasında karşılaştığı güçlükler ve bu husustaki bazı kararlar için bk. EDİRNEKAPI CAMİİ ve KÜLLİYESİ).
Dikdörtgen planlı ve üstü ahşap çatılı olan mescid 1940'lı yıllarda yıkılmaya terkedilmiş, zamanla dört duvardan ibaret bir harabe haline gelmişti. Ancak 1971'de mahallî bir dernek bu tarihî eserin yok olmasını önleyerek ihyâsını sağlamıştır; cami günümüzde ibadete açılmış olarak kullanılmaktadır.
Fatma Sultan Mescidi mimari bakımdan dikkate değer bir özelliğe sahip değildir. Esası eski olan minaresi bilinmeyen bir tarihte yıkılmış (belki 1766 zelzelesi), daha sonra gövdesi güdük bir biçimde tamir edilmiştir. Kürsü ve pabuç kısımlarının klasik Osmanlı-Türk mimarisi karakterinde olmasına karşılık çok bodur gövde ve bunun üzerindeki şerefe çıkması geç bir döneme işaret eder. Fatma Sultan Mescidi, sanat bakımından kayda değer bir tarafı olmamakla beraber Yavuz Sultan Selim'in kızının ve Ahmed Paşa'nın zevcesi bir sultan hanımın hayratı olarak İstanbul tarihinde yer almaya lâyık bir eserdir.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi