1128'de (1716) İstanbul'da doğdu. Babası müderris Eyüp Efendi'dir. İlk eğitimini babasından ve onun muhitindeki hocalardan aldı. 1149'da (1736) ruûs imtihanını kazanarak çeşitli medreselerde müderrislik yaptı. 1180'den (1767) itibaren kadılık mesleğine geçti. Önce Selânik, ardından Şam (1187/1773) ve Mekke (1192/1778) kadılığında bulundu. 1199'da (1785) İstanbul pâyesini, ertesi yıl Anadolu kazaskerliği pâyesini aldı, 1201'de (1787) Rumeli kazaskerliği pâyesine nâil oldu. 28 Rebîülevvel 1202'de (7 Ocak 1788) fiilen Rumeli kazaskerliğine getirildiyse de bu görevde üç ay kalabildi. Ertesi yıl III. Selim'in tahta çıkışından hemen sonra 20 Receb 1203'te (16 Nisan 1789) tekrar Rumeli kazaskerliğine tayin edildi. Cülûs münasebetiyle düşürdüğü biri Arapça, diğeri Türkçe iki tarih padişah tarafından memnuniyetle karşılandı. Ancak III. Selim yapmayı düşündüğü reformlar için şeyhülislâmlık makamına Hamîdîzâde Mustafa Efendi'yi getirdi. Muhtemelen, yeni şeyhülislâmın mâzul ulemâyı İstanbul dışındaki arpalıklarına gönderme kararına muhalefet ettiği için 28 Muharrem 1204'te (18 Ekim 1789) görevinden alındı; 28 Cemâziyelâhir 1204'te (15 Mart 1790) nakîbüleşraflığa tayin edildi.
Hamîdîzâde Mustafa Efendi'nin ulemâya yönelik ıslahat faaliyetleri büyük tepkiye yol açınca III. Selim onu azledip yerine reîsülulemâ ve nakîbüleşraf Seyyid Yahyâ Tevfik Efendi'yi getirdi (8 Receb 1205 / 13 Mart 1791). Bazı kaynaklarda Tevfik Efendi'nin şeyhülislâm olmayı çok arzu ettiği, hatta yakınlarına, "Bir gün de olsa şeyhülislâmlık yapmadan Allah canımı almasın" dediği rivayet edilir. III. Selim ona yolladığı hatt-ı hümâyunda daha önce ilmiye mesleği için uygulanan nizama aykırı davranmamasını, şer'î hukuktan ayrılmamasını, sürgüne gönderilenleri geri getirmeye teşebbüs etmemesini tembih etmişti. Aslında III. Selim onu daha uygun birini buluncaya kadar bu makama getirmişti. Yahyâ Tevfik Efendi şeyhülislâm oluşundan on üç gün sonra vefat etti (22 Receb 1205 / 27 Mart 1791), Fatih'te Küçük Karaman'da yaptırdığı medreseye defnedildi (Cevdet, V, 111-112). Ölümüne, "Câh-ı iftâdan geçip Yahyâ Efendi gitti vâh" mısraı tarih düşürülmüştür.
Uşşâkīzâde Seyyid İbrâhim Efendi'nin damadı olan Yahyâ Efendi'nin matematiğe ve kimyaya merakı vardı, bu alanda çeşitli çalışmalar yaptırdığı belirtilir. Türkçe, Arapça, Farsça şiirler kaleme almıştır. İran ve Osmanlı şairlerinden seçtiği beyitleri içeren Müntehab adlı bir derlemesi Topkapı Sarayı Müzesi Kütüphanesi'ndedir (Hazine, nr. 344). İstanbul Sirkeci'de I. Abdülhamid'in 1195'te (1781) inşa ettirdiği medresenin kitâbe metni Tevfik Efendi'ye aittir: "Binde bir ancak düşer Tevfîk ana târîh-i tam / Ehl-i ilme medrese yaptırdı Şeh Abdülhamîd" (Kütükoğlu, s. 52). Yahyâ Tevfik Efendi'nin Fatih'te yaptırdığı medrese geniş bir avlu içinde on sekiz oda ve bir dershaneyi ihtiva etmektedir (Taylesanizâde Hâfız Abdullah Efendi Tarihi, s. 336-337). Medresenin zengin bir kütüphanesi bulunmaktaydı. Yahyâ Efendi'nin torunu Rumeli Kazaskeri İsmâil Efendi bütün kitaplarını 1824'te buraya vakfetmiştir (Erünsal, s. 284). Bu medrese 1918 Fatih yangınında yanmıştır (Kütükoğlu, s. 229-230). Bir süre Râgıb Paşa Kütüphanesi'nde muhafaza edilen kütüphane Cumhuriyet'ten sonra Süleymaniye Kütüphanesi'ne nakledilmiştir.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ