Ardından müderrislik görevine başladı. İlk olarak 978 Ramazanında (Şubat 1571) 40 akçeyle Beşiktaş'ta Hayreddin Paşa Medresesi'ne tayin edildi. Muharrem 984'te (Nisan 1576) Mahmud Paşa Medresesi'ne müderris oldu. Şevval 987'de (Aralık 1579) Zemahşerî'nin Bakara sûresi tefsiri üzerine bir risâle yazdı. Bu risâle muhtemelen, 1580'de Şah Sultan Medresesi'ne tayini için dersiâm olarak hazırlayıp camide takrir ettiği bir deneme dersi mahiyetindeki çalışmasının yazılı şeklidir. Şâban 988'de (Eylül 1580) Hangâh Medresesi, Şâban 990'da (Eylül 1582) Sahn-ı Semân Medresesi müderrisliğine getirildi. Sonuncu görevi üç yıl kadar sürdü. Bu sırada, Kasımpaşa Kulaksız Mezarlığı'nda yahudilerin gürültü yaparak müslümanları rahatsız etmeleri üzerine III. Murad'ın 17 Cemâziyelevvel 993 (17 Mayıs 1585) tarihli fermanıyla açılan tahkikatı Galata kadısı ve Beyazıt mütevellisiyle birlikte yürüttü (BA, MD, nr. LVIII, hk. 111/103). Şevval 993'te (Ekim 1585) Şehzade Medresesi'ne, Şâban 996'da (Temmuz 1588) Üsküdar Vâlide-i Atik Medresesi'ne müderris oldu.
Sun'ullah Efendi bundan sonra geleneğe uygun biçimde kadılık mesleğine geçti. Bursa'da çıkan büyük bir yangın üzerine Ebüssuûdzâde Mustafa Efendi'nin yerine Zilkade 998'de (Eylül 1590) Bursa kadılığına tayin edildi. Ardından süratle ilerleyerek Cemâziyelâhir 999'da (Nisan 1591) Edirne ve 20 Receb 1000'de (2 Mayıs 1592) İstanbul kadılığına getirildi. Aynı yıl içinde 9 Şevval'de (19 Temmuz) Anadolu kazaskeri, 13 Şevval 1001'de (13 Temmuz 1593) Rumeli kazaskeri oldu. Bu görevde iken Rumeli kazaskeri divanında tutulan sicil İstanbul Şer'iyye Sicilleri Arşivi'ndedir (Rumeli Kazaskerliği, nr. 21). III. Mehmed'in cülûsunda padişaha biat eden erkân arasında Rumeli kazaskeri olarak yer aldı. Cülûsu müteakip yapılan görev değişiklikleri sırasında azledildi, ancak emekli ücretinden başka hil'at giydirilerek gönlü alındı. Ayrıca Muharrem 1007'de (Ağustos 1598) emekli ücretine 50 akçe zam yapıldı.
İlmiye mesleğindeki kademeleri tamamladıktan sonra Hoca Sâdeddin Efendi'nin vefatı üzerine 12 Rebîülevvel 1008'de (2 Ekim 1599) şeyhülislâm oldu. Şeyhülislâmlığı döneminde sosyal meseleler yanında siyasî konularda da ağırlığını hissettirdi. Tarihçi Selânikî, dürüstlüğünü çok takdir ettiği Sun'ullah Efendi'nin toplumun nizam ve intizamı için ısrarla üzerinde durduğu hususları etraflıca anlatır. Bunlar arasında vakıfların idaresindeki israfın, kadınların çarşı ve pazarlarda rastgele gezmelerinin önlenmesi, rüşvetin yasaklanması, saraylı kadın ve hadımların idareye müdahalelerine engel olunması, paranın değerinin korunması, bozulmuş olan ilmiye mesleğine çekidüzen verilmesi konuları öne çıkar.
Bu sırada saraya ve özellikle Vâlide Safiye Sultan'a yakınlık peyda eden Kira Kadın'ın (Esparanzo Malchi) iltizam ve gümrükleri ele geçirmesi yüzünden zarara uğrayan sipahilerin çıkardığı hadiselerde onların taraftarı olarak rol oynadı. Sipahilerin başlarını talep ettikleri kimselerin katli için fetva vermediyse de sürgüne yollanabileceklerini bildirdi. Ancak çıkan olayların kontrolünü sağlayamadı, Kira Kadın ile iki oğlu öldürüldü. Bu yüzden vâlide sultan tarafından sipahileri tahrikle suçlandı. Sun'ullah Efendi'nin etkin rol üstlendiği diğer bir konu Eflak voyvodalığı meselesiyle ilgilidir. 1009'da (1601) Eflak Voyvodası Mihal (Mihai Viteazul) ve elçisi Dimo'nun yanlış davranışları ve birçok müslümanın ölümüne sebep olmaları yüzünden haklarında fetva istendiğinde Sun'ullah Efendi, Mihal ve elçisinin ahd ve emanının şer'an makbul olmadığı, katl ve tenkil olunmalarının vâcip olduğu şeklinde sert bir fetva verdi, bunun üzerine elçi öldürüldü. Bu uygulama daha sonra tartışmalara yol açtı, hatta Sadrazam İbrâhim Paşa bu şekildeki uygulamadan çok rahatsız olarak durumu padişaha bildirdi. Sun'ullah Efendi'nin, merkezî idareyi çok meşgul eden Karayazıcı Abdülhalim'in affı, ayrıca ona görev verilmesinde de etkili olduğu bilinmektedir. Karayazıcı daha sonra karışıklıklar çıkarınca Sun'ullah Efendi ağır eleştirilere mâruz kaldı. Sonunda 2 Safer 1010'da (2 Ağustos 1601) görevinden azledildi. Bu azilde yeni sadrazam Yemişçi Hasan Paşa ile aralarındaki ihtilâfın önemli rol oynadığı kaydedilmektedir. Bir yıldan fazla süren mâzuliyet döneminde de Sun'ullah Efendi devlet meselelerinden uzak kalmadı. Meselâ sadâret kaymakamı Damad Halil Paşa'nın rüşvet aldığını III. Mehmed'e arzedince Halil Paşa görevinden alınarak Saatçi Hasan Paşa kaymakamlığa getirildi. Anadolu'da karışıklıkların artması üzerine Hasan Paşa azledilince yine Sun'ullah Efendi ile sıkı temasta olan Güzelce Mahmud Paşa kaymakam oldu.
Sun'ullah Efendi 22 Receb 1011 (5 Ocak 1603) tarihinde ikinci defa şeyhülislâmlığa getirildi, ancak otuz dört gün sonra 25 Şâban'da (7 Şubat) azledildi. Bunun sebebi Sadrazam Yemişçi Hasan Paşa aleyhindeki faaliyetleridir. Bu çekişme sırasında Sun'ullah Efendi ve Güzelce Mahmud Paşa sipahilere, Sadrazam Yemişçi Hasan Paşa yeniçerilere dayandı. Hasan Paşa, fitnenin sebebinin Sun'ullah Efendi olduğunu belirterek onun asıl hedefinin hilâfet makamı olduğuna, yeniçerilerin de onun ortadan kaldırılmasını veya Rodos'a sürülmesini istediklerine dair bir telhis hazırladı. Gelen hatt-ı hümâyunda görevden alınıp Rodos'a sürülmesi emredildi. Durumu önceden haber alan Sun'ullah Efendi gizlendi, bu arada hakkında saltanata geçmek istediği şeklinde dedikodular yayılmaya başladı. Bununla birlikte sipahi isyanını bastıran Yemişçi Hasan Paşa'nın bir süre sonra azledilmesi ve idamı üzerine önemli bir rakibi ortadan kalkan Sun'ullah Efendi yeniden güç kazandı ve III. Mehmed'in vefatı, yerine oğlu I. Ahmed'in cülûsunun (Aralık 1603) ardından 10 Muharrem 1013'te (8 Haziran 1604) üçüncü defa şeyhülislâm oldu. Bu dönemde yine çeşitli idarî ve askerî kararlarda, toplanan meşveret meclislerinde etkin rol oynadı. Özellikle Sadrazam Derviş Paşa ile karşı karşıya geldi. Hatta 1015 Saferinde (Haziran 1606) yapılan bir meşverette I. Ahmed ile tartıştı. Sefer için hazırlanan ordunun hareket etmesi gerektiğini, ayrıca erzak temini için geliri doğrudan padişahın şahsî masraflarına ait olan Mısır hazinesinden para takviyesini istedi; padişah ise bunu reddetti. Muhtemelen bu olaydan dolayı şeyhülislâma karşı olan kırgınlığını da aynı meşverette ordu ile sefere gitmesi için kendi aleyhine davrandığı kanaatindeki yeni sadrazam Derviş Paşa'nın devreye girmesi sonucu onu azletmekle gösterdi (22 Rebîülevvel 1015 / 28 Temmuz 1606). Fakat bu mâzuliyet dönemi kısa sürdü. Ebülmeyâmin Mustafa Efendi'nin vefatı üzerine 22 Receb 1015'te (23 Kasım 1606) yeniden şeyhülislâm oldu. Bu tercihte I. Ahmed'in Derviş Paşa'ya karşı olan tavrı etkili oldu. I. Ahmed onunla yaptığı görüşmede Derviş Paşa'nın icraatının yetersizliğinden yakındı ve yerine kimin getirilmesi gerektiği konusunda ona danıştı. Sonuçta sadrazamlığa Sun'ullah Efendi'nin etkisiyle Kuyucu Murad Paşa getirildi. Fakat bir süre sonra Sun'ullah Efendi, Kırım hanlığına tayin meselesine karışması ve devlet adamlarıyla ters düşmesi yüzünden I. Ahmed tarafından tekrar azledildi (20 Safer 1017 / 5 Haziran 1608). Bundan sonra inzivaya çekilen Sun'ullah Efendi 1020'de (1611) hacca gitti. Döndükten bir süre sonra 8 Safer 1021'de (10 Nisan 1612) vefat etti. Fâtih Camii'nde Aziz Mahmud Hüdâyî'nin kıldırdığı cenaze namazının ardından Kırkçeşme'de Hüsam Bey Mescidi'nde yol kenarına, daha önce vefat eden büyük oğlu Mehmed Çelebi'nin mezarı yanına defnedildi.
Sun'ullah Efendi'nin içinde bulunduğu bu hadiseler ilmiye teşkilâtı kadar Osmanlı siyasî ve askerî tarihini de etkilemiş, özellikle yeniçerilerle sipahiler arasında düşmanlığın artmasında rol oynamıştır. Onun saltanata alternatif biri gibi gösterilmiş olması da siyasî gücü hakkında fikir verir. Kaynaklarda dürüst, samimi, azli pahasına da olsa doğruyu söylemekten çekinmeyen bir âlim olduğu belirtilir. Döneminin ricâlini şiddetle eleştirmesiyle meşhur Âlî Mustafa Efendi, Sun'ullah Efendi'den hep takdirle bahsetmiştir. Selânikî, Atâî, şair Cinânî, Koçi Bey de ondan sitayişle söz etmiş, Hasanbeyzâde, Naîmâ gibi bazı tarihçiler Sun'ullah Efendi'nin etrafındakilere çabuk inandığını, bu yüzden Karayazıcı ve Kırım Hanlığı meselelerinde hata ettiğini belirtmiştir. Sun'ullah Efendi'nin çeşitli konularda verdiği fetvaları içeren standart, tertipli, henüz basılmamış bir fetva mecmuası bulunmaktadır (Süleymaniye Ktp., Hasan Hüsnü Paşa, nr. 502). Ayrıca yer yer fetvalarının asıllarına da rastlanmaktadır (İpşirli, sy. 13 [1987], s. 228-256). Sun'ullah Efendi'nin münşeat mecmualarında çeşitli mektupları yanında şiirleri de bulunmaktadır.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ