Külliyeye ait her ikisi de orijinal defterden istinsah edilmiş iki vakfiye bulunmaktadır. Bunlardan birincisi 23 Safer 1089 (16 Nisan 1678) tarihli olup Vakıflar Genel Müdürlüğü Arşivi'ndedir (VGMA, Vakfiye Defteri, nr. 641). İkincisi, Tapu Kadastro Genel Müdürlüğü Arşivi'nde Kayseri tahrir defterleri arasında bulunmaktadır (TK, TD, nr. 136). Vakfiyede Kara Mustafa Paşa'nın Merzifon dışında (İstanbul, Kayseri, Edirne, Kamaniçe, Çorum, Tokat, İzmir, Halep, Cidde) yaptırdığı vakıf binalar da kayıtlıdır. Vakfiyenin ayrıntılarında görevlilerin listesi, görevlilerde olması gereken nitelikler ve alacakları ücretler, Kara Mustafa Paşa'nın soyundan gelenlerle mütevellilere ödenecek ücretler, külliyenin fizikî durumu, talebe tedrisi, kütüphanede bulundurulan kitapların listesi yer almaktadır.
Kara Mustafa Paşa şehirde had safhada olan su sıkıntısı için Tavşan (Taşan) dağından kanallarla su getirtmiş ve yaptırdığı otuz kadar çeşme ile mahallelere dağıtmıştır. Yakın zamana kadar kullanılan bu kanallar, mahzen ve maksemlerle çeşmeler bugün metruk vaziyettedir. Bu imar hareketi sırasında şehrin kanalizasyon problemiyle de uğraşılmış, halen kullanılmakta olan ve külliye merkez olmak üzere şehrin tamamını kapsayan kanalizasyon sistemleri yapılmıştır.
Cami, taşhan ve bedesten orijinal özelliklerini büyük ölçüde koruyarak günümüze kadar gelmiştir. Caminin son cemaat mahalli, şadırvan, muvakkithâne, sıbyan mektebi ve Paşa Hamamı geçirdikleri onarımlarla özelliklerini önemli ölçüde yitirmiştir. Onarımlarla ilişkili olduğu anlaşılan üç ayrı kitâbe cami içinde süslemeler arasında ve güneydoğu köşedeki çeşme üzerinde bulunmaktadır.
Kara Mustafa Paşa Külliyesi eğimli bir arazide inşa edilmiştir. Bu sebeple caminin doğu yönüne kuzey-güney doğrultusunda oldukça yüksek bir istinat duvarı çekilerek teras oluşturulmuş ve terasın üzerine avlusu ile birlikte cami inşa edilmiştir. Taşhan ve bedesten terasın aşağısında düzlükte yer almaktadır. Külliye binalarını çepeçevre kuşatan bir ihata duvarı olmamasına rağmen binalar arasındaki yakınlık bir külliye bütünlüğü meydana getirmektedir. Binaların dış cephelerine karşılıklı yerleştirilen dükkânlarla da üzeri açık bir arasta elde edilmiştir.
Cami. Külliyeye ve çevreye hâkim bir konumda olan caminin planı, tek kubbeli hacmin kuzeye doğru üç birimle genişletildiği dikdörtgen bir şema gösterir. 14 m. çapındaki orta kubbe sekizgen bir kasnağa oturur, kasnağın etrafında sekizgen ağırlık kuleleri yerleştirilmiştir. Orijinal olan mihrap, minber, duvara gömme vaaz kürsüsüyle kuzey duvarındaki mükebbire kürsüsü yekpâre blok taştan yapılmış olup kaba bir işçilik göstermekteydi. 1997 Ağustos ayından önce cami derneğinin gerçekleştirdiği bilinçsiz bir tamirde mihrap alçı ile sıvanmış, taş minber sökülerek yerine ahşap bir minber konmuş, mükebbire de sökülmüş ve buradaki pencere büyütülmüştür. Bu arada XIX. yüzyıl tamirine ait ahşap mahfil sökülüp tamamen yenilenmiş, tıraşlanan pencere söveleri içte alçı ile sıvanmıştır. Tek şerefeli minare, ana mekânın son cemaat mahalli ile birleştiği yerde kuzeybatı köşesine yerleştirilmiştir. Tamamen kesme taştan inşa edilen minarenin gövdesi silindirik olup şerefe dahil yukarısı 1975 yılı Vakıflar Genel Müdürlüğü onarımlarında yenilenmiştir. Yapının önünde XIX. yüzyıl özellikleri gösteren bir son cemaat yeri vardır. Vaktiyle üç birimli olduğu tahmin edilen son cemaat yerinde bugün ortada büyük kemerli bir açıklıkla yanlarda çift sıra pencereler bulunmaktadır. Caminin kuzeyinde etrafı çevre duvarı ile kuşatılmış, doğu, batı ve kuzeyden basık kemerli kapılarla girilebilen avlu yer almaktadır. Avlunun kuzeybatı köşesinde sıbyan mektebi (dergâh), doğu girişi üzerinde de kütüphane vardır. Avlunun tam ortasında mevcut onaltıgen mermer şadırvanın üzeri içten bağdâdî tarzda kubbe, dıştan sivri piramidal bir külâhla örtülüdür. Kubbe içini süsleyen resim ve nakışlar Zileli Emin Usta imzasını ve 1292 (1875) tarihini taşımaktadır. Bu ustanın cami içerisindeki süslemelerde ve Amasya, Tokat yöresinde birçok eserde çalıştığı bilinmektedir. Resimlerde daha çok İstanbul ve Anadolu'dan manzaralar zengin bir hayal gücü ve ustalıkla işlenmiştir. Bunlar Türk resim sanatının nâdir örneklerindendir. Cami içinde 1842 ve 1875 tarihlerini veren bu süslemeler yakın tarihteki bilinçsiz bir tamirde tahrip edilmiş, üzerlerine alçı çekilerek yeni desenlerde süslemeler yapılmıştır. Caminin inşasında kullanılan malzeme, külliyenin tamamında kullanılan ve Kara Mustafa Paşa'nın Merzifon'da inşa ettirdiği bütün eserlerde de görülen sarımtırak renkli kesme taştır.
Kütüphane. Cami avlusunun derin bir dehliz oluşturan eyvan biçimindeki doğu girişi üzerinde ikinci kat olarak inşa edilmiştir. 5,30 × 5,30 m. boyutlarında kare planlı, üstü düz ahşap tavan ve kırma çatı ile örtülü bir oda şeklindedir. Cami son cemaat yerinin doğu duvarı üzerindeki tamamen yenilenmiş olan bir kapı ile ulaşılan yapıda ahşap tavan göbeği dışında önemli bir süs unsuru yoktur. Malzeme, süsleme ve teknik özellikler bakımından XIX. yüzyıl sonu hususiyetleri gösterir. Vakfiye kayıtlarında söz konusu edilen küçük bir kütüphanenin yerini ve içerisindeki kitapların âkıbetini bugün için tesbit etmek zordur. Halk arasında ve yayınlarda bu yapı "muvakkithâne" olarak adlandırılmaktadır. Belki bina daha sonra muvakkithâne fonksiyonunu da yerine getirmiştir.
Sıbyan Mektebi. Cami avlusunun kuzeybatı köşesinde kuzey ve batıda avlu duvarlarına bitişik olarak inşa edilmiştir. Cumhuriyet döneminde uzun yıllar müftülük binası olarak kullanıldığı için halk arasında "fetvahâne", bazan da "dergâh" şeklinde adlandırılmaktadır. Yayınlarda ise sıbyan mektebi kanaati yaygındır. Vakfiye kayıtlarında bugün için yeri belirlenemeyen bir mektepten söz edilmesi buranın sıbyan mektebi olabileceği ihtimalini kuvvetlendirmektedir. Yapıya doğu duvarı üzerindeki ahşap bir kapıdan girilmektedir. Doğu ve güney duvarlarının buluştuğu köşe yumuşatılarak dairemsi bir form verilmiş, böylece avluda yer alan şadırvanla uyum sağlanmıştır. İç mekânda dairevî profilli ahşap sütunların birbirine yine ahşap olan kaş kemerlerle bağlanmasıyla meydana gelen sekizgen plan dikkati çekmektedir. Ahşap olan örtü, duvarlardan kubbe eğimi şeklinde başlayıp sekizgen orta bölümde düz tavan şekline dönüşmektedir. Tavan göbeğinde yer alan üçgen, dörtgen, altıgen, sekizgen, yıldız ve baklava dilimleri biçimindeki geçme süs unsurları XIX. yüzyıl sonlarına işaret etmektedir.
Dükkânlar. Vakfiyede konu edilen fizikî tanımlamaya göre cami çevresinde bugün olması gereken kırk adet dükkânın yerine yirmi sekiz dükkân mevcuttur, on iki dükkân zamanla ortadan kalkmıştır. Bunlardan bazılarının tonoz izlerini tesbit etmek mümkündür. Caminin batısındaki yolun yapımı sırasında dükkânlar zemin seviyesinin altında kaldığından içleri toprakla doldurulmuştur.
Taşhan. Gösterdiği özellikler, mimari tasarımı ve yerine getirdiği fonksiyonlar açısından sadece XVII. yüzyıl hanları içinde değil bütün Osmanlı han mimarisi içinde önemli bir yere sahiptir. Üçüncü kat uygulaması ilk olarak burada denenmiştir. Alt katta depolar ve ahır, üst katta tüccar ve konaklama odaları bulunmaktadır. Plan bakımından şehir içi hanlar grubunun tek avlu etrafında üç katlı, cephelerinde dükkânların sıralandığı hanlar grubuna dahildir. Üst katlarda güney ve kuzey bölümlerinde görülen orta koridor uygulaması Amasya'daki taşhanı hatırlatmaktadır. Kuzeybatı köşesinde yer alan gusülhane ve helâ üniteleriyle yine kuzey bölümünün üçüncü katındaki mescid ünitesi bu yapıyı diğer hanlardan ayırmaktadır. Binada her kat kendi içinde ele alındığında kuzey-güney ve doğu-batı doğrultusunda simetrik bir düzen söz konusudur. Ancak batı duvarının kuzeye doğru geniş açı yapması simetrinin bozulmasına sebep olmuştur. Hanın birinci kat seviyesine kadar olan duvarları tamamen sarımtırak kesme taş malzeme ile, ikinci ve üçüncü katlar bir sıra kesme taş, üç sıra tuğla ile inşa edilmiştir. Kubbe ve tonozlar tuğla ile örülmüş ve sonraki yıllarda sıvanmıştır. Vakfiye kaydında hanın fizikî konumu ve oda sayısı ile çevresini kuşatan dükkân sayısı bildirilmektedir. Bu bilgilere göre bazı küçük değişiklikler dışında yapıda önemli bir onarım gerçekleştirilmemiştir.
Bedesten. Caminin doğusunda hanın güneyinde inşa edilmiştir. 30 × 28 m. boyutlarıyla kareye yakın bir sahayı kaplar. Plan bakımından Osmanlı bedestenleri içerisinde orta büyüklükte, dokuz kubbeli, içeride mahzen veya dükkân bölümlemeleri bulunmayan (vakfiyeye göre içeride ahşap bölümlemelerden meydana gelen dükkânlar olmalıdır), dört cephesi sıra dükkânlarla kuşatılmış bedestenler grubuna dahil edilmektedir. İç mekânın ortasına yerleştirilen dört kalın pâye ile burası birbirine eşit dokuz bölüme ayrılmış ve her bölümün üzeri kubbe ile kapatılmıştır. Pâyeler birbirine ve duvarlara sivri askı kemerleriyle bağlanmış, ayrıca duvarlar tahfif kemerleriyle kuvvetlendirilmiştir. Kubbe tepeliklerine açılan aydınlık fenerleriyle duvarların ikinci kat seviyelerine açılan pencereler içeriye yeterli ışık sağlamaktadır. Cephelerin tam ortasında bulunan tonozlu birimlerin içinde dikdörtgen profilli ve basık kemerli kapılar vardır. Doğu-batı ve kuzey-güney eksenlerine göre yapıda tam bir simetrik düzen görülür. Birinci kat seviyesinde sarımtırak kesme taş, ikinci kat seviyesinde bir sıra kesme taş, üç sıra tuğla, örtü sistemlerinde tamamen tuğla malzeme kullanılmıştır. Yakın zamana kadar Tekel tarafından tütün deposu olarak kullanılan yapının özellikle içi tahribata uğramıştır; bugün metruk vaziyettedir.
Paşa Hamamı. Külliyenin kuzeyinde ve külliye binalarından oldukça uzakta, Hacı Bâlî mahallesinde eski surların bitişiğinde inşa edilmiştir. Halk arasında Paşa Hamamı olarak bilinmektedir. Üzerinde yer alan 1090 (1679) tarihi külliyenin tamamlanma tarihi olmalıdır. Buna göre hamamın inşası vakfiyenin düzenlendiği 23 Safer 1089'dan (16 Nisan 1678) sonra bitirilmiştir. Planı geleneksel Türk hamamlarının bir tekrarı şeklindedir. Eski surlara bitişik olarak inşa edildiği için sıcaklık ve külhan üniteleri batıya kaydırılmış ve "L" şekilli bir plan elde edilmiştir. Yapı orta büyüklükte, sıcaklık ünitesi dört eyvanlı, köşeleri halvet hücreli hamamlar grubuna dahildir. Alt yapısı tam bir kare oluşturan soyunmalık ünitesini 11 m. çapında tromplu bir kubbe örtmektedir. Soğukluk, ılıklık, sıcaklık ve külhan üniteleri alışılmış düzenlemeleri tekrarlamaktadır. Soğukluk ve ılıklık ünitelerinde bulunan geniş ve yüksek sekiler hamamda keçe imalâtı yapıldığını düşündürmektedir.
Hakkında hiçbir belge ve kayıt bulunmayan, ancak araştırmacılar tarafından Kara Mustafa Paşa Vakfı'ndan olduğu ve 1087'de (1676) yaptırıldığı ileri sürülen Tuzpazarı Hamamı külliyenin yaklaşık 100 m. güneyinde yer almaktadır. Kullanılan malzeme, inşa tekniği, plan ve yapı özellikleriyle tasarımı bakımından Paşa Hamamı ve külliyenin diğer binaları ile benzerlik gösterir. Hamam orta büyüklükte ve klasik düzenlemeye sahiptir. Halen suyu Kara Mustafa Paşa Vakfı'ndan karşılanmakta ve Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün mülkiyetinde kiracı tarafından işletilmektedir.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ