Bazı kaynaklarda, bugünkü şehrin bir kısım mahallelerinde ortaya çıkan antik harabelerin ilk yerleşmeye ait olduğu ve Dardan adı verilen kabilelerin burada yerleştiği belirtilir. Romalılar da şehrin bulunduğu bölgeye sonradan Dardania eyaleti adını vermişlerdi. Roma hâkimiyeti altında iken gelişen şehirde bir Roma Lejyonu mevcuttu. Üsküp'ün bulunduğu yerin bilinen iskân tarihi Roma dönemine kadar iner. Batlamyus'un eserinde burası Skupi şeklinde kaydedilmiştir. Bölge 518'de meydana gelen depremde büyük zarar gördü, vilâyetin merkezi Üsküp tamamen yıkıldı. Yeniden imar edilen şehir Doğu Roma İmparatoru I. Iustinianos zamanında (527-565) hızla gelişti. 696'da Güney Slavları'nın eline geçince adı Skoplje'ye (Skopie, Skopje) dönüştürüldü. Bulgar Çarı Samuil zamanında (976-1014) Üsküp önemli bir ticaret merkezi haline geldi. Samuil'in iktidarının sonlarına doğru Bizans İmparatoru II. Basileios'un (976-1025) hâkimiyetine girdi. Bu arada 1050'den itibaren Tuna'yı geçip Bizans'ın müttefiki olarak Balkanlar'a yayılan Peçenekler'le 1065'e doğru gelen Uzlar bölgede baskı kurdu ve derin izler bıraktı. XII. yüzyıl Arap coğrafyacı Şerîf el-İdrîsî burayı İşkubya şeklinde anmıştır. Üsküp, Bizans idaresinde iken müstakil bir devlet kuran Sırplar'ın hedefi oldu. Sırp Kralı II. Milutin (1282-1321) Üsküp şehrini ele geçirerek devletinin merkezi yaptı. Böylece Üsküp'te 110 yıl devam edecek Sırp hâkimiyeti başladı. Sırp Çarı Stefan Duşan 16 Nisan 1346'da imparator unvanını alıp Üsküp'te taç giydi. Duşan'ın ölümünün ardından karışıklıklar başlayınca şehir eski önemini kaybetti. Bu sırada Türkler, Makedonya'ya akınlarını sıklaştırarak bölgede hâkimiyet kurdular ve Üsküp şehrini tehdide başladılar.
Yıldırım Bayezid 1390'da Timurtaş Paşa, Evrenos ve Paşa Yiğit beyleri Sırbistan'ın fethine gönderdi. Üsküp, Osmanlı uç beylerinden Paşa Yiğit'in akınlarına hedef oldu ve onun tarafından ele geçirildi. İlk Osmanlı kronikleri fetih tarihini vermemektedir. Buna karşılık Batılı müellifler şehrin 6 Ocak 1392'de Osmanlı idaresine girdiğini kaydederler. Fetihten sonra Paşa Yiğit Bey, Saruhan bölgesinden getirtilen Türkmenler'i Üsküp ve yöresine yerleştirdi. Burasını Balkanlar'da Osmanlı Devleti'nin en önemli uç merkezlerinden biri haline getirdi. Osmanlı fetihleri Üsküp merkezli olarak Sırbistan'a ve Bosna'ya uzandı. Bu stratejik önemi Belgrad'ın fethine kadar sürdü (927/1521). Türk iskânı Üsküp ve çevresinin demografik yapısını derinden etkiledi. Bir taraftan yeni yerleşim yerleri kurulurken diğer taraftan bölgedeki Katolikler'in çoğu müslüman oldu. Aynı durum Kırçova, Gostivar ve Kalkandelen civarında da gerçekleşti. Türk yerleşmesinin sonucunda şehirde kısa sürede han, hamam, cami ve mescid gibi eserler inşa edildi ve Üsküp'ün görünümü tamamen değişti.
Şehrin en önemli mimari yapısı olan kalesi, Vardar nehrinin sol kıyısında yahudi mahallesiyle pazar meydanı arasında bulunmaktaydı. Kale Roma devri eserlerindendi ve tahminen VI. yüzyılda inşa edilmişti. XVI. yüzyılda kalede bir dizdar, yirmi beş muhafız bulunmakta iken XVII. yüzyılda muhafızların sayısı 300'e kadar çıktı. Kale Osmanlılar tarafından birçok defa tamir edilerek genişletildi. XVII. yüzyılın ortalarında Evliya Çelebi kalenin iki katlı, sağlam, metin ve güvenli olduğunu, kapı ve duvarının parlak taşla yapıldığını, Üsküp şehrinin ortasında beşgen şeklinde yüksek ve dayanıklı bir kale olup yetmiş kadar burcu bulunduğunu belirtir. Osmanlılar'ın bölgeden çekilmesinin ardından bir müddet askerî amaçla kullanılan kalenin daha sonra büyük bir kısmı yıkıldı ve bugüne ancak sur kalıntıları ulaştı.
Üsküp'ün bir Osmanlı şehri haline gelişinin temel fizikî göstergesi burada yaptırılan cami, mescid ve medreselerdir. 859'da (1455) Üsküp'te iki büyük cami, medrese ve imarethâne vardı. 935'te (1529) altı cami, kırk iki mescid, iki medrese ve sekiz hamam mevcuttu. XVI. yüzyıl Osmanlı tarihçisi Kemalpaşazâde burayı cennet bahçesine benzeterek Rumeli'nin Bursa'sı diye anar. Üsküp'e gelen seyyah Gaspare Erizzo şehirde dört cami, su kemerleri ve içinde Türk askerleri olan bir kale bulunduğunu, 1573'te gelen seyyah Philippe du Fresne-Canaye ise şato, kilise ve Hünkâr Camii yanında büyük saat kulesinin yer aldığını belirtir. XVII. yüzyılın ortalarında Evliya Çelebi burayı tam bir müslüman şehri diye tasvir eder, kırk beş camiden, birçok mescid, mektep, hamam ve tekkeden söz eder. Üsküp'te fizikî gelişmeyi Osmanlı döneminde inşa edilen tarihî eserler açık şekilde gösterir. Bunların içinde Paşa Yiğit Bey Camii, Alaca İshak Bey Camii ve Medresesi, Îsâ Bey Camii ve Medresesi, II. Murad tarafından 1436'da yaptırılan Sultan Murad Camii (Hünkâr Camii), Mustafa Paşa Camii ve İmareti, Yahyâ Paşa Camii ve İmareti, uç beyi Îsâ Bey'in oğlu Mehmed Bey'in inşa ettirdiği Kebîrî Mehmed Bey Camii, Kaçanikli Mehmed Paşa Camii, Gazi Menteş Camii, Hacı Muhyiddin Mescidi, Paşa Bey Mescidi, İbn Kocacık Mescidi, İbn Muhtesib Mescidi, Hüdâverdi Camii, Yoğurt Pazarı Camii, Hoca Şemseddin Mescidi ve Zeynel Paşa Camii en önemlileridir. Dâvud Paşa Hamamı, Îsâ Bey Çifte Hamamı ve Şengül Hamamı da şehrin önemli mimari eserlerindendir. Şehirde on beş zâviye, ayrıca Rifâî Tekkesi ve Mevlevîler'e ait bir mevlevîhâne vardı.
Şehir XV-XVII. yüzyıllardaki bu fizikî yapısına paralel şekilde yoğun bir yerleşmeye sahne oldu. 859 (1455) tarihli tahrir kayıtlarına göre yirmi üçü müslümanlara, sekizi gayri müslimlere ait otuz bir mahallesi bulunuyordu. Bu durum, fethinden sonra geçen yarım asırlık bir zaman diliminde şehrin nasıl bir iskâna sahne olduğunu ortaya koyar. Mahalle sayısı 1468'de otuz üçü müslümanlara, on ikisi gayri müslimlere ait kırk beşe, 1528'de elli birinde müslümanların oturduğu altmış dörde, 954'te (1547) altmış yediye yükseldi. 1569'da bu altmış yedi mahallenin elli yedisinde müslümanlar oturuyordu. Bu durumun bir göstergesi olarak nüfus yapısında da ciddi artışlar meydana geldi. 1455'te ve 1468'de müslüman erkek nüfusu 2500'ü geçmişti, müslümanlar şehir nüfusunun % 63'ünü teşkil ediyordu. XVI. yüzyıl ortalarında bu oran % 76'ya ulaştı. Makedon, Arnavut ve az sayıda yahudiden oluşan gayri müslim erkek nüfusu 859'da (1455) 1507 iken 1569'da 2445'e yükseldi. Hem müslüman hem de gayri müslim nüfustaki artışlar şehre dışarıdan önemli ölçüde göç geldiğini göstermektedir. Şehrin toplam nüfusu 1455'te 12.000, 1498'de 15.000, 1544'te 18.000, 1569'da 30.000'i bulmuştu. Nüfusun XVII. yüzyılda daha da arttığı açıktır. Ancak bu yüzyılın sonlarında şehir askerî bir tehdit altına girdi.
II. Viyana Kuşatması'ndan sonra başlayan savaşlarda Avusturyalı General Piccolomini 25-27 Ekim 1689'da Üsküp şehrini işgal etti. Avusturya kuvvetlerinin bölgedeki işgali pek çok müslüman ve gayri müslim halkın Sofya ve Belgrad'a göç etmesine yol açtı. Müslüman Türk ahalinin bir bölümü İstanbul'a giderek Eyüp civarına yerleşti ve burada Üsküp mahallesi kuruldu. 1101'de (1690) Mora Seraskeri Koca Halil Paşa ile Kırım Hanı Selim Giray, Kaçanik Boğazı'nda ve Kosova'da Avusturyalılar'ı mağlûp ederek Üsküp'ü tekrar Osmanlı hâkimiyetine aldı. Bu yıllarda Üsküp ciddi anlamda geriledi ve nüfusunun çoğunu kaybetti. XIX. yüzyıla ait kayıtlar nüfusun XVI. yüzyıldaki sayılara ancak söz konusu asrın sonlarında eriştiğine işaret eder. Nitekim şehirde 1831'de toplam 22.260, 1870'te 13.000'i müslüman, 7000'i hıristiyan ve 800'ü yahudi 20.800 kişi tesbit edilmişti. 1877'de 16.462 müslüman, 14.586 hıristiyan ve 160 yahudi olmak üzere 31.208, 1882'de ise 34.152 kişi meskûndu.
Ticaret yolları üzerinde bulunmasından dolayı önemli bir ticaret merkezi olan şehirde Eski Han, Îsâ Bey Hanı, Kurşunlu Han, Sulu Han ve Kapan Han gibi çok sayıda ticaret hanı mevcuttu. XVI. yüzyılda kalenin kuzey kesimiyle Vardar nehri arasında büyük bir pazar meydanı vardı. Bu dönemde şehirde 133 meslek kolu faaliyetteydi. Şehirde yabancı tüccarların da faaliyet gösterdiğine dair bilgiler vardır. Özellikle yahudi ve Raguzalı tüccarlar burada ticarî koloni kurmuşlardı. XIX. yüzyılda Üsküp'ün bu fizikî gelişmesini salnâmelerden takip mümkündür. Kosova Vilâyeti Salnâmesi'ne göre 1898'de Üsküp şehrinde dokuz karakol, otuz iki cami, on yedi mescid, sekiz medrese, on dokuz tekke, yedi türbe, dört kilise, bir havra, iki metropolit, on yedisi müslümanlara, on yedisi gayri müslimlere ait okul binası, bir matbaa, dört hamam, yirmi altı değirmen, sekiz otel, bir saat kulesi, yetmiş beş lokanta ve meyhâne, kırk dört han, otuz iki kahve ve kıraathane, altmış dokuz fırın, otuz iki çeşme, 1410 dükkân vardı. Şehrin XIX. yüzyıldaki dikkat çekici gelişmesinde Belgrad-Selânik demir yolunun işletmeye açılması ve Üsküp'ün bu hat üzerinde bulunmasının rolü büyüktür.
Şehrin merkez olduğu Üsküp bölgesi Rumeli beylerbeyiliğine bağlıydı ve Paşa livâsı içindeydi. 1580'den sonra Rumeli eyaletinin müstakil livâsı/sancağı oldu. Bu durumunu Tanzimat'a kadar sürdürdü. 1831'de Rumeli eyaletine bağlı on beş sancaktan biri iken 1847 yılına doğru Üsküp eyaleti kuruldu. 1868'de yapılan idarî taksimata göre Üsküp sancağı Manastır vilâyetine, 1877'de yeni kurulan Kosova vilâyetine bağlandı. Bu dönemde Üsküp sancağının Üsküp, Kalkandelen, Kırçova, Köprülü, Pirlepe, Kıvırcık, Kırnık ve Kaçanik adlarında sekiz kazası mevcuttu. 1908 yılında Üsküp sancağının on kazası, beş nahiyesi ve 795 köyü vardı.
XX. yüzyıl başlarına kadar Osmanlı idaresinde kalan şehir 23-24 Ekim 1912'de Sırplar tarafından işgal edildi. 10 Ağustos 1913'te yapılan Bükreş Antlaşması ile de Üsküp, Manastır, Priştine ve İştip gibi Türk şehirleri Sırbistan'a verildi. Sırplar'ın hâkimiyetine geçtikten sonra 27 Ocak 1913'te müslüman Türk ahaliden 752 aile Üsküp'ten göç etti. 1915'te Bulgarlar'ın eline geçen şehir müttefikler tarafından 11 Eylül 1918'de tekrar Sırplar'a verildi. Bu dönemde şehirde önemli bir nüfus azalması oldu. 1913'te Sırplar tarafından yapılan sayımda nüfusun 37.000 olduğu belirlendi. Şehrin nüfusu 1921'de 41.006'ya, 1931'de 68.344'e, 1935'te 70.716, 1941'de 80.000'e çıktı; ancak II. Dünya Savaşı'nın olumsuz etkileri yüzünden 1944'te 76.000'e geriledi. 1961'de nüfusu 172.000, 1963'te meydana gelen büyük depremde 2000'in üstünde ölü bulunmasına ve nüfusun azalmasına rağmen Üsküp'ün nüfusu 1971'de 312.300, 1981'de 408.143, 1994'te 448.200, 2002'de 506.926 ve 2006'da 668.518'e ulaştı. II. Dünya Savaşı'ndan sonra Yugoslavya Sosyalist Federal Cumhuriyeti'nin önemli bir şehri olan Üsküp Yugoslavya'nın dağılmasından sonra Makedonya Cumhuriyeti'nin başşehri yapıldı. Vardar nehrinin her iki yakasında gelişen şehrin kültürel merkez kesimiyle meclis binası sol yakada bulunur. Ticaret fonksiyonu ırmağın iki yakasında da belirgindir. Üsküp şehri 2004'ten itibaren on belediyeden oluşmaktadır: Aerodrom, Butel, Čair, Centar, Gazi Baba, Gjorče Petrov, Karpoš, Kisela Voda, Saraj, Šuto Orizari.
1994'teki resmî kaynaklara göre Üsküp nüfusunun % 73'ü Makedon, % 13'ü Arnavut, % 2,1'i Türk, % 3,6'sı Sırp, % 4,5'i Roman, % 0,4'ü Ulah'tır; 14.089 kişinin millî kimlik beyanında bulunmadığı kaydedilmektedir (Popovski – Panov, s. 432, 438). 2002'deki nüfus sayımı sonrası verilen resmî bilgilere göre nüfusun % 66,75'i Makedon, % 20,49'u Arnavut, % 1,7'si Türk, % 2,82'si Sırp, % 4,63'ü Roman, % 1,5'i Boşnak, 10.724 kişinin de çeşitli kimliklere sahip olduğu belirtilmektedir. Üsküp'teki Arnavut, Türk, Boşnak ve Romanlar'ın müslüman nüfusu teşkil ettiği düşünülürse resmî kaynaklara göre buradaki müslümanların toplam nüfusun % 28,32'sini teşkil ettiği anlaşılır. Ancak bu tür resmî istatistiklerin doğru olmadığını tesbit eden müslüman kesime göre Üsküp'ün % 40 ile % 45 arasındaki nüfusu müslümandır. Bugün Üsküp'teki müslüman varlığının çoğunluğunu Arnavutlar meydana getirmektedir.
Şehrin simgesi haline gelen ve Sultan Murat Camii avlusunda bulunan, 1566-1573 tarihli, 40 metreye yakın yükseklikteki saat kulesi birçok seyyah tarafından görülmüş ve hakkında bilgi verilmiştir. Evliya Çelebi bu kule için, "Hünkâr Camii yanında minare gibi bir saat kulesi vardır. Saat çanının sesi bir konak yerden duyulur. Kulesi de görülecek şeydir" der. Batı kaynaklarında kilise mimarisine benzetilen ve çan kulesi olarak kullanıldığı belirtilen kule 1689'daki yangından sonra tamir edilmiştir. 1904 ve 1963 yıllarında bazı yerleri yıkıldığından yeniden onarım görmüştür ve bugün hâlâ ayaktadır. Şehrin bir başka simgesi olan Vardar nehri üzerindeki Taşköprü'nün ne zaman inşa edildiği hususunda ihtilâflar vardır. Arşiv kayıtlarında ve tamirle ilgili yazılan hükümlerde köprüden Fâtih Sultan Mehmed Köprüsü diye bahsedilir. Sultan Mehmed Reşad'ın Kosova ziyareti sırasında 1909'da önemli bir onarım yapılarak buna ait bir kitâbe konmuştu. 1963'teki depremde hasar gören köprü yeniden tamir edilmiştir ve bugün şehrin en güzel tarihî eserlerinden biridir (bk. TAŞKÖPRÜ).
Osmanlı döneminde Üsküp ve civarındaki pek çok mimari eserin bir kısmı tahrip edilmiş olmakla birlikte halen bölgede çok sayıda Osmanlı eseri ayaktadır. Bunların büyük bir kısmı komünist rejimi esnasında (1945-1990) imar planları iddiasıyla yıktırılmıştır. Bunun en açık örneklerinden biri Üsküp'teki Yelenkapan Camii'dir. Caminin bânisi hakkında bilgi yoktur. 25 Şâban 1313 (10 Şubat 1896) tarihinde düzenlenmiş vakfiyede cami isminin Yelenkapan, evkaf defterinde ise Ceylan Çavuş şeklinde kaydı mevcuttur. Halk arasında ve arşiv kayıtlarında Yelenkapan, Yılan Kapan Çavuş, Cılan veya Ceylan Çavuş şeklinde adlandırılan cami 1963 depreminde kısmen hasar görmüş, daha sonra Mart 1975'te yıktırılmıştır. Ayrıca II. Bayezid'in kızlarından birinin oğlu olduğu tahmin edilen Mehmed Bey'in yaptırdığı, Üsküp Taşköprüsü'nün batı yanında yer alan Burmalı Cami (Karlı-ili Beyi Mehmed Bey Külliyesi) 1925'te yıktırılmış, yerine orduevi ve posta binası inşa edilmiştir. 1963 depreminin çok sayıda tarihî eserin yok olmasına sebebiyet verdiği Üsküp'te pek çok mimari eser arasında cami, medrese, han, hamam, tekke, köprü vb. görülmektedir. Bunların bir kısmı UNESCO tarafından koruma altına alınmıştır. Camilerin meşhurları Gazi Îsâ Bey (XV. yüzyıl), Sultan Murad (1436), Mustafa Paşa (1492), (Malkoçoğlu) Yahyâ Paşa (1503-1504), Alaca İshak Bey (1438-1439), Murad Paşa (XV. yüzyılın ilk yarısı), Köse Kadı (XVII. yüzyıl), Dükkâncık (1548) ve Hüseyin Şah (1554) camileri gibi eserlerdir (Elezović, I/1 [1925], s. 135-176; V/2 [1929], s. 243-261; VII-VIII/3-4 [1930], s. 177-192; Kumbaradži-Bogoević, Osmanliski Spomenici, s. 16-120). Tekkeler içinde en meşhuru Üsküp'teki Rifâî Tekkesi'dir. Yine Üsküp'te galeriye dönüştürülen Dâvud Paşa Hamamı, Kurşunlu Han ve Sulu Han da sayılabilir. 2003'te Üsküp Büyükşehir Belediyesi tarafından Üsküp Taşköprüsü'ne yapılan restorasyonda kitâbesi ve mihrâbiyesi yıktırılmıştır.
Osmanlı döneminden sonra Üsküp'teki müslümanların dinî hayatıyla ilgilenen, doğrudan Saraybosna'ya bağlı Vakufska Direkcija ve ardından Makedonya İslâm Birliği Meşihatı adı altındaki dinî kuruluş Üsküp'te İslâm Dini Birliği (Makedonya Diyanet İşleri Başkanlığı) ismiyle faaliyetini sürdürmektedir. Günümüzde söz konusu birliğin idaresinde Üsküp'te faaliyet gösteren Îsâ Bey Medresesi İmam-Hatip Lisesi ve bir İlâhiyat Fakültesi mevcuttur. 1987'den itibaren Makedonca, Arnavutça ve Türkçe neşredilen aylık el-Hilâl adlı gazete Üsküp'teki İslâm Dini Birliği'ne bağlıdır. Ayrıca her üç dilde dinî neşriyat yapılmaktadır. Üsküp'te 1918-1945 yılları arasında Osmanlı usulünde çalışan Meddah, Kral Aleksandr ve Îsâ Bey medreseleri faaliyet gösteriyordu (Aruçi, s. 344-361). II. Dünya Savaşı esnasında ve sonrasında etkinlikte bulunan Yücel Teşkilâtı, Makedonya'daki Türkler'in millî sorunlarını dile getirmiş ve mensuplarının büyük bir kısmı komünist rejimi tarafından idam edilmiştir.
1945 yılından günümüze kadar Osmanlı dönemine ait Makedonca yazılmış büyük bir literatür meydana gelmiştir. Üsküp'te kurulan Millî Tarih Enstitüsü'nde yapılan Osmanlı dönemiyle ilgili çalışmalarla Makedon milletinin tarihi yazılmaya başlanmış ve çok sayıda eser kaleme alınmıştır. Buna benzer çalışmalar Makedonya İlimler Akademisi ve Makedonya Arşivi tarafından da gerçekleştirilmektedir. Osmanlılar'ın son döneminde ve özellikle XX. yüzyılın başlarında Üsküp'te Türkçe neşriyat arasında Birlik, Üsküp-Shkupi, Yeni Vakit - Novoe Vremya gibi gazete ve dergiler mevcuttu. II. Dünya Savaşı'nın ardından komünist rejimi esnasında ve zamanımıza kadar Birlik, Sevinç, Sesler, Tomurcuk, son yıllarda da Köprü ve Yeni Balkan gibi dergi ve gazetelerle Üsküp Üniversitesi'nde Türkoloji Kürsüsü de faaldir. Ayrıca Üsküp'te yerli halka yönelik kurulan, Türkçe eğitim veren, sekiz yıllık bir ilkokul olan Tefeyyüz Okulu da günümüze kadar varlığını sürdürmüştür (Eren, XIV-XV [1969], s. 371-386, 388-392).
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ