Şehrin kuruluş tarihi kesin olarak bilinmemekle birlikte Muğla'nın çevresinin tarihi arkeolojik verilere göre Helenistik dönem öncesine kadar iner. Şehrin bulunduğu Karya bölgesi, Anadolu kıyılarındaki bütün İyon şehirleriyle birlikte milâttan önce VI. yüzyılda Lidya Krallığı'nın, ardından Persler'in hâkimiyeti altına girdi. Pers hâkimiyeti Büyük İskender'in Karya'yı işgaliyle sona erdi. Milâttan önce 129'da Bergama Krallığı'nın vârisi olarak Anadolu'ya giren Romalılar'ın eline geçti ve Asya eyaletine bağlandı. 395'te Roma İmparatorluğu'nun ikiye ayrılması üzerine Karya Doğu Roma-Bizans sınırları içinde kaldı. Hıristiyanlığın resmî din olarak kabul edilmesinin ardından metropolitlik oldu. 732'den önce İmparator III. Leon zamanında Bizans eyalet sınırlarının yeniden belirlenmesi sırasında Muğla'nın da içinde bulunduğu bölge Kibiraioton deniz "tema"sına dahil edildi. 802'de Hârûnürreşîd devrinde Abbâsîler Likya ve Karya'yı zaptetti. 862 yılına kadar müslümanların elinde kalan bu bölgeler daha sonra Bizans tarafından tekrar geri alındı.
Karya bölgesine karşı yapılan Türk akınları, XI. yüzyıldan başlayarak XIII. yüzyılın son çeyreğinde bölgenin kesin biçimde fethine kadar aralıklarla sürdü. 1079'da Türk kuvvetleri Muğla ve civarına kadar geldiler. 1103'te Karya'nın güneybatı sahilleri Türk akınlarıyla yıpratıldı. İmparator Manuel Komnenos zamanında (1143-1180) bu akınlara karşı özel bir sınır bölgesi oluşturuldu. Moğollar'ın önünden kaçan Türkmen grupları 1220'den sonra Anadolu'ya girdiler ve batıdaki sınırlara yerleştiler. Ardından Türk akınları yoğun bir şekilde arttı. 1259'dan itibaren Bizans sınır savunmasının bozulması ve Bizans dış politikasındaki bazı değişiklikler sebebiyle Karya bölgesi 1261 yılından itibaren Menteşeoğulları'nın hâkimiyetine girdi. 1296'da General Phlanthrop Alexios kumandasındaki ordu bölgenin bir kısmını geri aldıysa da onun imparatora baş kaldırıp bertaraf edilmesinden sonra aldığı yerler tekrar Türkler'in eline geçti. 1302'de ancak Manisa'ya kadar uzanabilen son bir Bizans saldırısının ardından Karya bölgesi kesin biçimde Menteşeoğulları'nın elinde kaldı.
Menteşe Beyi Orhan Bey, 720-721'de (1320-1321) Rodos'a karşı gerçekleştirdiği başarısız seferden sonra güvenlik açısından beyliğin başşehrini bir müddet için Milas'tan ülkenin daha iç taraflarında bulunan Muğla'ya nakletti. İbn Battûta'nın 733 (1333) yılında Muğla'yı ziyareti sırasında burada idareci olarak Orhan Bey'in oğlu İbrâhim Bey bulunuyordu. Babasının yerine sultan olan İbrâhim Bey'in ölümünün ardından beylik toprakları oğulları arasında taksim edilince Muğla ve Çine bölgesi Mehmed Bey'in payına düştü (761/1360). Osmanlı Sultanı Yıldırım Bayezid'in 791-792'de (1389-1390) Anadolu beyliklerine karşı yaptığı seferde Menteşe Beyliği'nin Balat ve Muğla kolları zaptedildi. Yıldırım Bayezid'in 1402'de Ankara Savaşı'nda Timur'a yenilmesi üzerine bağımsızlığını kazanan Anadolu beylikleri arasında Menteşe Beyliği de bulunuyordu. Ancak bu durum kısa sürdü ve Muğla dahil beylik toprakları 827 (1424) yılında kesin şekilde Osmanlılar'ın eline geçti.
Muğla'da ilk yerleşimin bugün şehrin hemen kuzeyinde yer alan kalede başlamış olduğu kabul edilir. Kalenin fizikî yetersizliği, yerleşmenin ilk devirlerden itibaren kuzey kapısının önündeki düzlüğe veya güney istikametinde dağın ovaya bakan eteklerine doğru yayılmasına yol açtı. Muğla Kalesi'nin yapılış tarihi kesin olarak tesbit edilememekle birlikte antik dönemden beri varlığı bilinmektedir. Şehrin kuzeyinde dik ve yalçın bir kayalığın üzerindeki düzlüğü çevreleyen dört köşe planlı kalenin içinde, güneye bakan yamacın üst kısmında ovaya nâzır bir iç kale daha vardır.
Şehirde XIV. yüzyılın ilk yarısından itibaren başlayan yerleşim Menteşe Beyliği'nin siyasî gücü nisbetinde kaleden aşağılara doğru gelişti ve Muğla artık bir kalenin savunmasına ihtiyacı olmayacak şekilde açık şehir konumuna dönüştü. Bu yerleşmenin kalenin bulunduğu dağın iki yanından inen derelerin çevresinde genişlediği anlaşılmaktadır. Ârızalı topografya iskânın kuzeye ve batıya daha fazla yayılmasını engellemiş, şehir tedrîcen güneydeki ovaya doğru yayılma eğilimi göstermiştir. Fizikî doku içerisinde Türk dönemine ait olarak tarihi bilinen en eski yapı 1344 yılında İbrâhim Bey'in Menteşe beyi iken yaptırdığı ulucamidir. Fakat bu tarih Muğla'da şehirleşmenin belirli bir seviyeye geldiği bir dönemdir. Bundan daha önce şehirde ilk yerleşmeden itibaren Türkler'e ait fizikî doku unsurlarının oluşmaya başladığı bilinmektedir. Nitekim ulucaminin inşasından yaklaşık on bir yıl önce Muğla'yı ziyaret eden İbn Battûta şehirde misafir olarak kaldığı bir zâviyeden söz etmektedir. Bu dönemde şehir henüz ulucamisi bulunmayan, zâviye ve mescidler çevresinde belirli bir mahalle teşkilâtının oluşmaya başladığı bir fizikî dokuya sahiptir. Ulucaminin inşası bir dönüm noktası kabul edilebilir. Caminin çarşı pazar faaliyetlerinin görüldüğü ve bazı sınaî tesislerin bulunduğu bir mevkide yapılması bu tip yapılar topluluğuna merkezlik etme işlevini yüklemiştir. Nitekim zamanla ulucami çevresinde gelişen fizikî doku arasında pazarın kurulduğu, çeşmesi olan bir meydanın ortaya çıktığı anlaşılmaktadır.
Fizikî yapının bu gelişimine uygun biçimde XV. yüzyılın sonlarına doğru şehrin güney ucunda ikinci bir merkez daha teşekkül etmiştir. 898'de (1493) Hacı Muslihuddin tarafından yaptırılan ve cami, medrese, muallimhâne, çeşme gibi unsurlardan meydana gelen külliye tepelerden aşağılara doğru yayılan şehrin güney sınırını belirlemektedir. Şehrin kuzeyindeki ulucamiden güneydeki Hacı Muslihuddin Camii'ne kadar Tabakhane deresinin iki yanında uzanan çarşıda XVI. yüzyılda 250-300 dükkân vardı. Ayrıca belgelerde "kârhâne" olarak geçen ve kira bedellerinden bir dükkânın iki üç misli büyüklüğünde olduğu anlaşılan muhtemelen atölye mahiyetinde yapılar da bulunuyordu. Diğer bir ticarî kurum olan kervansaraylardan XVI. yüzyılda Muğla'da iki tane mevcuttu. Kadı Hacı Ali tarafından yaptırılan bu kervansaraylar, Hacı Muslihuddin Külliyesi'nin inşasıyla şehrin güneyinde teşekkül eden ikinci merkezle kuzeydeki ulucamiye endeksli ilk merkez arasındaki mevkide idi.
Şehrin fizikî yapısı hakkında daha sağlam bilgilere XVI. yüzyıla ait tahrir kayıtlarından ulaşılabilmektedir. 923 (1517) tarihli tahrire göre şehir on iki mahalleye sahipti (BA, TD, nr. 61, s. 167-172). Câmi-i Kebîr, Mescid-i Hacı Rüstem, Kadı Mescidi (Şeyh), Hacı Bayezid, Bâlî Hâce, Mescid-i Bâzergânlar (Kerâmeddin), Mescid-i Kızılcadere, Mescid-i Deksikli, Mescid-i Sûfî Hüseyin, Hacı Timurhan, Yenicami (Emîr-i Küçük, Pisili Hâce) ve Mescid-i Hacı Mustafa isimlerini taşıyan mahalleler arasında bu tarihte nüfus açısından en kalabalık olanları Câmi-i Kebîr (yetmiş yedi hâne), Mescid-i Kadı (yetmiş beş hâne), Mescid-i Deksikli (yetmiş üç hâne), [Mescid-i] Hacı Timurhan (altmış üç hâne) ve Yenicami (elli altı hâne) mahalleleriydi. Mescid-i Kızılcadere mahallesinde sadece bir hâne ikamet etmekteydi. Bu tarihte şehrin toplam nüfusu 2950-3000 dolayında idi. 970 (1562) yılında aynı mahalleler şehrin yine en kalabalık mahalleleri olmakla birlikte Câmi-i Kebîr mahallesinin dışında diğerlerinin nüfusunda azalma görülmektedir. Bu tahririn sonuçlarına göre Muğla'nın nüfusu 2900 civarında idi (BA, TD, nr. 337, vr. 84a-85b). 991'deki (1583) sayımda nüfusu 3600'e yükselen şehrin (TK, TD, nr. 110, vr. 81a-83b) en kalabalık mahallesi Kadı Mescidi mahallesi olmuştur. Ardından sırasıyla Câmi-i Kebîr, Mescid-i Deksikli ve Yenicami mahalleleri gelmektedir. Câmi-i Kebîr mahallesinin yüzyıl boyunca demografik durumunu muhafaza etmesinin en önemli sebebi şehrin sosyoekonomik merkezinde bulunmasına bağlıdır. Nüfusun, Câmi-i Kebîr mahallesinden Kadı Mescidi mahallesini geçerek şehrin güney ucundaki Yenicami mahallesine uzanan ekonomik hat boyunca yoğunlaştığı farkedilmektedir. Hacı Muslihuddin'in 898 (1493) yılında inşa ettirdiği külliye, şehrin kuzeyindeki ulucaminin bulunduğu mevkiye alternatif ikinci bir sosyokültürel merkez olmasına rağmen nüfus yoğunluğu açısından şehrin eski merkezini pek fazla etkileyememiştir. Nüfusa ait rakamlardan yüzyıl boyunca şehirde bir durağanlık yaşandığı söylenebilir. Bu zaman diliminde Muğla civarında görülen dört veba salgınından şehir nüfusunun ne şekilde etkilendiği hakkında bilgi yoktur. XVI. yüzyıla ait üç tahrir defterinden anlaşıldığına göre Muğla mahallelerinde hiçbir gayri müslim nüfus bulunmuyordu. Bu da şehrin Türkler'in eline geçmesinden itibaren yaşadığı etnik ve dinî dönüşümü açıkça göstermektedir.
Muğla'da XVI. yüzyılda mevcut on iki mahallenin isimlerini cami ve mescidlerden aldığı görülmektedir. Hacı Muslihuddin Camii'ne nisbetle Yenicami olarak anılan mahalle şehrin güneyinde XV. yüzyılın sonlarından itibaren teşekkül etmiştir. Kerâmeddin, Hacı Rüstem, Bâlî Hâce, Hacı Bayezid ve Kadı Mescidi mahallelerinin mevkileri bilinmektedir. Şehrin kuzeyindeki Kızıldağ ile Hisardağ arasından çıkan ve günümüzde Basmacı olarak adlandırılan dere şehrin fizikî dokusunun şekillenmesinde önemli rol oynamıştır. Yerleşim, bu derenin kuzey-güney doğrultusunda olan güzergâhına bağlı bir gelişme göstermiştir. Mahalleler derenin iki kenarında oluşmuş, çarşı güneye doğru uzamıştır. XVI. yüzyılda yerleşimin, şehrin doğusunda bulunan Karamuğla deresinin bugün Karşıyaka olarak anılan doğu yakasına geçmediği, Hacı Rüstem mahallesinin de bu dereye varmadan şehrin doğudaki en uç sınırını teşkil ettiği anlaşılmaktadır.
XVI. yüzyılda Muğla'nın sosyal yapısı çok çeşitlilik gösteriyordu. Şehirde ikamet eden şehzadeler ve sancak beylerinin emrinde kalabalık bir görevli topluluğu bulunuyordu. Bu yönetici kadronun varlığı Muğla'nın sosyal ve kültürel yapısını olumlu yönde etkiledi ve belli başlı şahsiyetlerin ön plana çıkmasına yol açtı. Özellikle İbrâhim Şâhidî Muğla'da Mevlevîliği canlandırmış, bugün Şâhidî Camii diye anılan Seyyid Kemal Zâviyesi'ni mevlevîhâne yaparak halk arasında büyük şöhret kazanmıştır. Bir başka mutasavvıf ise Kadı Mahallesi Mescidi'ni kendisine merkez yapan Şeyh Bedreddin idi. Diğer zâviyelerle birlikte Muğla XVI. yüzyılda âdeta bir tasavvuf merkezi haline gelmiştir. 1583 tarihli tahrir defterine göre Muğla'da altı kadı ikamet etmekteydi. Şehir sakinleri arasında iki müderrisle üç mülâzım, dört dânişmend ve on üç talebe bulunuyordu. Aynı tarihlerde yedi imam, iki hatip ve üç müezzin mevcuttu. Defterlerdeki kayıtlara göre adalet, eğitim ve din kurumlarındaki görevlilerin çoğu Muğla'nın yerli ailelerine mensuptu. Bu zümrelerin yanında şehir halkı içinde şeyh, hâce, çelebi ve fakih unvanlarına sahip kişilere sıkça rastlanması XVI. yüzyılda Muğla'da ilim ve kültür seviyesini göstermesi açısından önemlidir.
Muğla XVII. yüzyılda zaman zaman Celâlî eşkıyasının hedefi olduysa da şehirde ciddi bir hadise meydana gelmedi. Bu yüzyılda şehrin fizikî ve nüfus yapısında da önemli değişmeler olmadı. 1033 (1624) tarihli bir avârız tahririne göre Muğla'da on bir mahalle vardı. Bunların içinde Kara Memi, Hacı Muslihuddin ve Ahmed Hoca mahalleleri muhtemelen daha önceki dönemde adına rastlanan diğer bazı mahallelerin yerini almıştır. Kızılcadere, Hacı Timurhan ve Hacı Mustafa mahalleleri de ortadan kalkmış veya isimleri değişmiştir. Bu tarihte şehrin en kalabalık mahalleleri Câmi-i Kebîr, Deksid, Hacı Muslihuddin ve Şeyh mahalleleridir (BA, KK, Mevkūfat, nr. 2620, s. 9-10). 1082'de (1671) Muğla'ya gelen Evliya Çelebi şehirde 2000 ev bulunduğunu ve nüfusun 10.000 civarında tahmin edildiğini kaydetmektedir. Yine bu kaynağa göre bir yüzyıl içinde cami ve mescid sayısı yetmişe, medrese sayısı yediye, sıbyan mektebi sayısı on bire yükselmişti. Ancak bu rakamların abartılı olduğu anlaşılmaktadır. Bu tarihte Evliya Çelebi'nin "şehrin ortası" olarak andığı, Menteşe paşasının kâgir sarayının da yakınında yer aldığını bildirdiği Hacı Muslihuddin Camii'nin bulunduğu mevki, söz konusu külliyenin geçen süre içinde fizikî dokuya işlev açısından yapmış olduğu katkıyı göstermektedir. Yapılar topluluğu zamanla bu mevkinin şehrin ikinci merkezi haline gelmesine yol açmıştır. Bu tarihten itibaren şehrin ovaya ve doğuya doğru yayıldığı anlaşılmaktadır. Aynı tarihlerde çarşı içinden geçen derenin üzerinde yedisi ağaçtan, altısı taştan yapılmış on üç köprü vardı. 1087 (1676) yılında yapılan diğer bir avârız tahririnde ise şehirde hâlâ on bir mahalle bulunmasına rağmen Sûfî Hüseyin mahallesi ortadan kalkmış, Emîr-i Küçük mahallesi müstakil olarak kaydedilmiştir (a.g.e., nr. 2670, vr. 4b; nr. 2672, vr. 1b-2b). Bu tarihte şehrin en kalabalık mahalleleri Deksid (doksan dokuz hâne), Câmi-i Kebîr (altmış üç hâne) ve Şeyh (kırk altı hâne) mahalleleriydi. Şehrin toplam nüfusu 1855 dolayındaydı. Muğla'nın 1167 (1754) yılından önceki bir tarihte meydana gelen depremden etkilendiği anlaşılmaktadır. Nitekim deprem bugün Şâhidî Camii olarak bilinen Hacı Süleyman Camii'nin bir kısmını harap etmişti (BA, Cevdet-Evkaf, nr. 8988).
XIX. yüzyılda Muğla'da yeni birtakım imar hareketlerine girişildi. 1830'da Şeyh Bedreddin (Kadı) Mescidi tamir edildi. 1829'da Abdi Ağa tarafından mescid olarak inşa ettirilen Konakaltı Camii'ni Zorbaz Hacı Mehmed Ağa 1863 yılında yıktırarak yeniden yaptırdı. XIX. yüzyılda şehrin doğusunda kurulan Rum mahallesi Saburhâne'deki camiyi Hacı Osman Ağa 1848'de inşa ettirdi. Çarşı merkezindeki Yağcılar Hanı ile Kocahan, 1890 yılından önce Muğla belediye reisliği yapan Süleyman Efendi tarafından yaptırıldı. Şâhidî Camii'ni 1848'de Hacı Osman Ağa genişleterek tamir ettirdi. 1866 yılında açılan Muğla Rüşdiyesi'nden 1876-1888 yılları arasında 130 öğrenci mezun olmuştu. Sekibaşı, Küçük Hoca, Saburhâne ve Kurşunlu ilkokullarında 1883'te 440 öğrenci mevcuttu. Bir yıl sonra öğretime başlayan kız ilkokulundaki öğrenci sayısı ise 110 idi. Muğla'da 1870'te Hoca Mustafa Efendi tarafından bir kütüphane yaptırıldı. 1871 yılında belediye teşkilâtı kuruldu, 1884'te Ticaret Odası faaliyete geçti.
1890'da Muğla'nın nüfusu 9655 idi. Bu tarihte şehirde 2383 ev, 342 dükkân, altmış yedi mağaza, otuz üç kahvehane, altı han, yirmi dört fırın, üç otel (oda), 327 Rum evi, üç hamam, yirmi altı değirmen, sekiz müslüman okulu, bir Rum okulu, bir Rum kilisesi, iki kütüphane, on iki türbe, hükümet konağı, kışla, hapishane, telgrafhane, mezbaha, kırk yedi çeşme ve sebil, altı meyhâne, üç kiremithâne, iki gazino, iki karakolhâne, bir Mevlevî tekkesi, bir Rifâî tekkesi, altı cami, yirmi dokuz mescid vardı. Şehir merkezinde peştemal, havlu, ipek gömleklik bez ve astarlık dokuyan birçok tezgâh bulunuyordu. XIX. yüzyılda Muğla'da terzilik, demircilik, tabaklık, kalaycılık, semercilik, sapancılık, kaşıkçılık, sandıkçılık gibi zanaat kolları oldukça gelişmişti. 1895'te on beş mahallesi bulunan Muğla şehrinin nüfusu 15.941'e ulaşmıştı. Bu tarihte şehirde 3370 ev mevcuttu. 1902 yılında ise toplam nüfus 17.498 idi.
Osmanlılar döneminde Menteşe sancağına bağlı aynı isimli kazanın merkezi olan Muğla, bazı belge ve kaynaklardan anlaşıldığına göre XV. yüzyılın son çeyreğinde sancak merkeziydi. Bu tarihlerden sonra Muğla'da yönetici olarak Osmanlı hânedan üyeleri görülmektedir. Fâtih Sultan Mehmed'in oğlu Şehzade Cem ile II. Bayezid'in oğulları Şehzade Şehinşah ve Alemşah Muğla'da sancak beyi olarak bulunmuşlardır. XVI. yüzyılın sonlarına kadar merkezden gönderilen sancak beyleri tarafından yönetilen Muğla bu tarihten itibaren emekli paşalara arpalık olarak verilmeye başlandı. Ardından uzun süre mütesellimler tarafından yönetildi. Âyanlar idaresine son verilince merkezden yönetici olarak muhassıl denilen görevliler tayin edildi. Ancak mütesellim ailelerinin bölgedeki ağırlıkları 1858 Arazi Kanunnâmesi'nin neşrine kadar devam etti. Muğla, 1867'de çıkarılan Vilâyet Nizamnâmesi'ne göre Aydın eyaletine bağlı Menteşe sancağının merkez kazası içindeydi.
906'da (1500-1501) Muğla kazasına bağlı otuz altı köy bulunuyordu. 923 (1517), 970 (1562) ve 991 (1583) tahrirlerinde sayı değişmedi. Bu tarihten sonra civardaki göçebe aşiretlerin iskân edilmesiyle ortaya yeni köyler çıkmaya başladı. 1030 (1621) tarihli avârız tahririnde Muğla'ya bağlı Yerkesik, Dadya (Datça) ve Tarahya köyleriyle Ula kasabası kaza olarak kaydedilmiştir (BA, MAD, nr. 2447, s. 47-51; nr. 2751, s. 51-55). 1622'de Gökova köyü Muğla kazasından ayrılıp kaza haline getirildi (BA, D.MKF, nr. 27433, s. 18; BA, KK, Mevkūfat, nr. 2564, s. 9; BA, MAD, nr. 3399, s. 26). Bu idarî değişikliklerin ardından 1087 (1676) yılında Muğla merkez kazasına bağlı sadece Yeniköy, Düğrek, Kozağaç ve Bayır köyleri kalmıştı (BA, KK, Mevkūfat, nr. 2672, vr. 2b-3a). 1885'te Muğla merkez kazasına bağlı bir nahiye ve elli yedi köy vardı. 1890'da ise Ula ve Bozöyük isimli iki nahiyesiyle altmış sekiz köyü bulunuyordu.
23 Temmuz 1919'da İtalyan işgaline uğrayan ve 5 Temmuz 1921'de kurtarılan Muğla Cumhuriyet'in ilânından sonra il merkezi durumuna getirildi. Muğla şehrinin ilk nüfus sayımında (1927) 10.090 olan nüfusu uzun süre belirgin bir artış göstermedi (1950'de 10.612). İlk defa 1975'te 20.000'i (24.178), 1990 sayımında 35.000'i (35.605) aştı. 2000 yılında 45.000 nüfusa yaklaşmıştı (44.823).
Günümüzde dar ve dolambaçlı sokaklarıyla eğimli yüzey üzerinde yayılan eski kesimle ovaya doğru yayılan yeni kesim belirgin şekilde birbirinden ayrılır. Şehrin başlıca ticaret merkezi de eski kesimle yeni kesimi birbirinden ayıran alanda yer alır. Şehir son yıllarda Marmaris yolu boyunca ovaya doğru (Muğla Üniversitesi de bu kesimdedir), Aydın yolu boyunca da batıya doğru büyüme eğilimindedir.
Muğla şehrinin merkez olduğu Muğla ili Aydın, Denizli, Burdur ve Antalya illeriyle çevrilmiştir. Batıda Ege denizi, güneyde Akdeniz ile kıyısı vardır. Merkez ilçeden başka Bodrum, Dalaman, Datça, Fethiye, Kavaklıdere, Köyceğiz, Marmaris, Milas, Ortaca, Ula ve Yatağan adlı on bir ilçeye ayrılır. 13.338 km2 genişliğindeki Muğla ilinin sınırları içinde 2000 yılı nüfus sayımına göre 717.384 kişi yaşıyordu, nüfus yoğunluğu ise 54 idi.
Diyanet İşleri Başkanlığı'na ait 2003 yılı istatistiklerine göre Muğla'da il ve ilçe merkezlerinde 155, kasabalarda 164 ve köylerde 685 olmak üzere toplam 1004 cami bulunmaktadır. İl merkezindeki cami sayısı otuz dörttür.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ