Onun vefatının ardından yerine geçen büyük oğlu Şeyh Ahmed Hâlis Efendi'ye biatını yeniledi. İcâzet aldıktan sonra Konya'ya gitti ve Mevlevî Âsitânesi postnişini Çelebi IV. Mehmed Ârif tarafından Mevlânâ Türbesi'nin perdedarlık hizmetine getirildi. 1159 (1746) yılında Mehmed Ârif'in yerine geçen Ebûbekir Çelebi tarafından Yenikapı Mevlevîhânesi şeyhliğine tayin edilince kardeşi Osman Efendi ile beraber İstanbul'a gitti. Ardından diğer kardeşi Ömer Efendi oğlu Sahih Ahmed'i yanına alarak Kütahya'dan İstanbul'a geldi. Bu tarihten itibaren İstanbul Mevlevî dergâhlarında Kütahyalı şeyhler dönemi başlamış oldu. Ebûbekir Dede, 1161'de (1748) evlendiği Âtike Hanım'ın üç yıl sonra vefatı üzerine Galata Mevlevîhânesi postnişini Sırrî Abdülbâki Dede'nin küçük kızı Saîde Hanım ile ikinci evliliğini yaptı, böylece iki mevlevîhâne arasında bir bağ kuruldu. Yenikapı Mevlevîhânesi'nde yaklaşık otuz yıl şeyhlik yapan Ebûbekir Dede 3 Receb 1189 (30 Ağustos 1775) tarihinde vefat etti ve Yenikapı Mevlevîhânesi hazîresine defnedildi. "Zâtı gibi bir adîmü'l-mesel târîh oldu bu / Eyleyip tekmîl devrin geçti Bûbekr-i azîz" beyti vefatına tarih düşürülmüştür (a.g.e., s. 216-217). Ebûbekir Dede'nin Merâtib-i İnsâniyye ve Menâkıb-ı Kudsiyye adlı bir eseri olduğu kaydedilmektedir (Mehmed Süreyyâ, II, 428).
Seyyid Ebû Bekir Dede'nin Yenikapı Mevlevîhânesi'ne postnişin tayin edilmesinden tekkelerin kapatıldığı tarihe kadar (1925) yaklaşık 180 yıl bu dergâhın şeyhliği onun soyundan gelenler tarafından yürütülmüştür. Oğulları Ali Nutkî, Abdülbâki Nâsır ve Abdürrahim Künhî dedeler sırasıyla Yenikapı Mevlevîhânesi'ne şeyh olmuş; Abdülbâki Nâsır Dede neslinden Osman Selâhaddin Dede, Mehmed Celâleddin Dede ve Abdülbâki (Baykara) Dede aynı dergâhta meşihat makamını üstlenmiştir. Ebûbekir Dede'nin kardeşleri Seyyid Ömer ve Osman dedelerin neslinden de aynı kültür ve irfan dairesine mensup önemli şahsiyetler yetişmiştir. Seyyid Ömer Dede'nin oğlu ve Mecmûatü't-tevârîhi'l-Mevleviyye müellifi Sahih Ahmed Dede, Yenikapı Mevlevîhânesi'nde aşçı dede olmuş, Ali Nutkî, Abdülbâki Nâsır ve Şeyh Galib'in terbiyesinde önemli katkılarda bulunmuştur. Sahih Ahmed Dede'nin oğlu Kudretullah Dede ile torunu Atâullah Dede, Galata Mevlevîhânesi'nde postnişinlik yapmıştır. Seyyid Ebûbekir Dede'nin küçük kardeşi Osman Dede'nin üç oğlundan Tarikatçı Mehmed Dede, Yenikapı Mevlevîhânesi'nde neyzenbaşı olmuş, Şükûfeci Hüseyin Dede ve âyinhan Râif Dede çeşitli görevler üstlenmiştir (Ali Nutkî Dede – Abdülbâki Nâsır Dede, s. 28-29). Ebûbekir ve Osman Dede neslinin Yenikapı Mevlevîhânesi'nde, Ömer Dede neslinin Galata Mevlevîhânesi'nde postnişin olmasıyla Kütahyalı Mevlevî ailesi her iki dergâha da hâkim olmuştur. Ebûbekir Dede ailesi birçok bürokratın Mevlevîliğe intisabını temin etmiş, bu sayede Mevlevîlik devlet tarafından desteklenen itibarlı bir kurum olma özelliğini son dönemlere kadar sürdürmüştür.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ