1836'da yeni başhoca İshak Efendi'nin görevle gittiği Medine'den dönerken vefat etmesi ve onun yerine vekâlet eden Abdülhalim Efendi'nin aynı yıl içinde ölmesi üzerine tekrar başhocalığa getirildi. Mirlivâ rütbesini taşıyan Seyyid Ali Paşa ömrünün son yıllarında bu görevinden ayrıldı ve tayin edildiği müstakil nâzırlık kadrosunda iken vefat etti; kabri Sütlüce Mezarlığı'ndadır.
Batılılaşma'nın bilim boyutu çerçevesinde dikkat çekici bir isim olan Seyyid Ali Paşa, Batı eğitim tarzına göre kurulan bir okulda okumasına ve büyük oranda Batı'nın bilim ve teknoloji kavramlarıyla yetişen bir nesle mensup olmasına rağmen telif ve tercüme ettiği eserlerde kendi kültür ve medeniyetinin ilmî birikimini birinci planda tutmuştur. Bu bağlamda başhoca olduğu dönemde ikinci hoca Yahyâ Nâci, üçüncü hoca Seyyid Mehmed, dördüncü hoca Seyyid Abdülhalim ve diğer hocalar Seyyid Ömer ve Mahmud Efendi ile birlike Masdariyecizâde Hüseyin Efendi'nin risâlesine "Osmanlı Mühendishânesi'nde bulunmuş olan ilmî bir ispatın Avrupalılar'ca kendilerine mal edilmemesi için..." şehâdet etmiş ve onay vermiştir (Masdariyecizâde Seyyid Hüseyin, Teslîs-i Zâviye ve Kavs: Bir Zâviyeyi yâhud Bir Kavsi Mütesâviyen Üç Kısma Taksim Etmek Tariki, İstanbul 1238).
Seyyid Ali Paşa'nın milliyetçi tavrı geometriye dair önemli kitabı Usûl-i Kutû-i Mahrûtiyyât'ta da açıkça görülmektedir. Türkçe kaleme aldığı bu çalışmasında kendi tesbitleri yanında Apollonios'tan Nasîrüddîn-i Tûsî'ye kadar olan gelişmelerle Avrupa'da bu sahada telif edilen eserleri dikkate almış ve incelemesinde ispatlarını cebir işlemine başvurmadan sadece hendese ile yapmıştır. Onun kitabın mukaddimesinde verdiği bilgiler Osmanlı ilim tarihi için ayrı bir önem taşımaktadır. Osmanlı coğrafyasında koni kesitlerinden bahseden pek çok kitabın varlığına rağmen bunların çoğunun Arap yahut Frenk dillerinde yazıldığını, ayrıca çoğu cebire dayalı ispat yaptığından cebir bilinmeden bu kitaplardan faydalanılamadığını, ancak koni kesitlerinin pek çok yerde kullanılmasından dolayı savaş tekniğinin gelişmesi için gerekli olduğunu, dolayısıyla bu ilmin Mühendishâne-i Berrî-i Hümâyun'da okutulması şartının getirildiğini, kendisinin de bu gerekçelerden dolayı böyle bir eseri kaleme aldığını belirtmektedir. 1841 yılında İstanbul'da basılan kitap Sultan Abdülmecid'e takdim edilmiştir.
Ali Paşa'nın içinde yetiştiği medeniyetin ilmî geleneğine bağlılığının en iyi örneği, Ali Kuşçu'nun Fâtih Sultan Mehmed'e sunduğu el-Fetḥiyye fî ʿilmi'l-heyʾe adlı eserini Mir'ât-ı Âlem adı altında özetleyerek Türkçe'ye yaptığı çeviride görülür (İstanbul 1239; Yavuz Unat tarafından sadeleştirilerek tekrar yayımlanmıştır: Seyyid Ali Paşa, Miratü'l-Alem [Evrenin Aynası], Ali Kuşçu'nun Fethiyye Adlı Eserinin Çevirisi, Ankara 2001). Ali Kuşçu'nun bu eseri İbnü'l-Heysem'in riyâzî ve tabiî yaklaşımların senteziyle ortaya koyduğu, daha sonra özellikle Merâga matematik-astronomi okulu ile Ömer Çağmînî tarafından sürdürülen fizik muhtevalı astronomi anlayışını tasfiye ettiği saf riyâzî yaklaşımı esas alan bir çalışmadır. Aynı şekilde Seyyid Ali Paşa da çevirisinin mukaddimesinde Aristo-Batlamyus, Pisagor-Eflâtun-Copernicus ve Tyhco Brahe'e ait evren tasavvurlarıyla ilgili bilgileri verdikten sonra kendisinin İslâm ülkelerinde câri olan Batlamyus sistemini tercih ettiğini belirtmektedir. Bu tercih, modern tarzda eğitim veren bir kurumda yetişip orada başhocalık yapan bir kişiye ait olması bakımından dikkat çekicidir ve onun meselenin daha çok riyâzî yönüyle ilgilendiğini, tercümesinin mukaddimesinde riyâziyyât ile alt dalı olarak gördüğü astronomiyi klasik ilim tasnifi çerçevesinde ele alması da riyâzî yönelimini ve ilimden ne anladığını açıkça ortaya koymaktadır. Seyyid Ali Paşa'nın bunlardan başka harp sanatına dair İstihkâmât-ı Cesîme adlı bir eseriyle (İstanbul 1259) 1797'de öğrenciliği sırasında tercüme ve telif ettiği Resmü'l-acîb (San'at-ı Kitâbet) adlı basılmamış Fransızca dil bilgisi kitabı (Askerî Müze Ktp., nr. 3026) bulunmaktadır.
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ