Zwemer 1905 yılında Amerika'ya döndü, zamanını konferans ve ders vermek, misyonerlere yol gösterecek kitaplar kaleme almak ve en önemlisi misyoner yetiştirmekle geçirdi. 1912'de Kahire'ye çağrılan Zwemer, Ezher Üniversitesi'nde öğrencilere misyonerlik broşürleri dağıttığı gerekçesiyle sınır dışı edildiyse de Kıbrıs'a geçip iki hafta kaldıktan sonra aynı gemiyle Kahire'ye döndü. 1922 yılının Mayıs ve Haziran aylarında Kuzey Afrika'da Cezayir, Tunus ve Sûs'ta, Mağrib ve Kazablanka'da konferanslar verdi. Artık "İslâm üzerine yetkin bir hıristiyan bilim adamı olarak" müslüman dünyasının hemen her yerini (Endonezya, Kudüs, Bağdat, Tahran, Bombay, Çin) ziyaret etti ve oralardaki misyonerlere destek sağladı. Bu gezilerin ardından 1929'da Across the World of Islam adlı kitabı basıldı. Yetmiş bir yaşında karısını kaybetti. Ardından "aktif göreve başlamak için" Princeton Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi'nden emekli oldu ve iki yıl sonra 1939'da New York'a yerleşti. 1949'da uzun bir yolculuğun arkasından ulaştığı Küveyt'ten Amerika'ya döndü ve ertesi yıl ikinci eşi de öldü; kendisi de birkaç ay sonra 2 Nisan 1952'de öldü.
Yale Üniversitesi'nde misyonerlik ve Doğu tarihi dersleri veren Kenneth Scott ve Latourette Samuel, Zwemer'i "apostle to Islam" (İslâm'a gönderilen elçi) diye nitelendirmiş ve bu kuşak sayesinde bütün dünyanın İncil ile tanıştığını söylemiştir (Wilson, Apostle to Islam, s. 5). Flemenkçe, İngilizce, Almanca ve Arapça bilen Zwemer, yoğun misyonerlik faaliyetlerinden sonra Princeton Üniversitesi İlâhiyat Fakültesi'nde misyonerlik dersleri vermiş, elliden fazla kitap yazmış, The Moslem World adlı derginin kuruculuğunu ve editörlüğünü üstlenmiştir. Kitaplarının çoğu Arapça, Çince, Felemenkçe, Almanca, Fransızca, Danca, Farsça, İspanyolca, İsveççe ve Urduca'ya tercüme edilmiştir. Zwemer'in misyonunu devam ettirmek ve çalıştığı konulardaki araştırmaları desteklemek amacıyla 1979'da U. S. Center for World Mission (Pasadena/California) bünyesinde Zwemer Enstitüsü kurulmuş, bu enstitü daha sonra Concordia Theological Seminary'de (Ft. Nayue / Indiana) ve nihayet 2003'ten itibaren Columbia International University'de Zwemer Center for Muslim Studies adıyla faaliyetini sürdürmüştür. Bu merkez tarafından The Zwemer Journal for Muslim Studies adıyla bir dergi çıkarılmaktadır.
Zwemer'in İslâm dünyası ve misyonerlikle ilgili bazı eserleri şunlardır: Arabia: The Cradle of Islam (New York 1900); Raymond Lull: First Missionary to the Moslems (New York 1902); The Moslem Doctrine of God (New York 1905); The Mohammedan World Today (New York 1906); Islam: a Challenge to Faith (New York 1907); The Moslem Christ (London 1912); Mohammed or Christ (London 1915); Childhood in the Moslem World (New York 1915); The Disintegration of Islam (New York 1916); A Moslem Seeker after God: Showing Islam at Its Best in the Life and Teaching of Al-Ghazali, Mystic and Theologian of the Eleventh Century (New York 1920); The Influence of Animism on Islam (New York 1921); The Law of Apostasy in Islam (London 1923); The Glory of the Cross (London 1928); Across the World of Islam (New York 1929); Thinking Missions with Christ (Grand Rapids, Mich. 1934); The Origin of Religion (Nashville, Tenn. 1935); The Cross above the Crescent (Grand Rapids, Mich. 1941); Into All the World (Grand Rapids, Mich. 1943); Evangelism Today (New York 1944); Heirs of the Prophets (Chicago 1946); A Factual Survey of the Moslem World (New York 1946); Sons of Adam (Grand Rapids, Mich. 1951).
Zwemer, 1911'de kurduğu The Moslem World adlı derginin editörlüğünü 1938 yılına kadar tek başına, 1938-1947 arasında Edwin E. Calverley ile birlikte yürütmüştür (otuz yedi cilt). Derginin adı 1948'de The Muslim World şeklinde değiştirilmiş olup yayımı sürmektedir. Zwemer'in yönetimindeki dergide İslâmiyet objektif bir bakışla ele alınıp tarihî yanlışların düzeltilmesi yerine sübjektif bir bakış açısıyla basmakalıp ve popüler olumsuz yargılar dile getirilmiş, Hıristiyanlık gerçek din kabul edilmiş, İslâmiyet buna aykırı yanlış bir inanç, düşman ve problemli bir din olarak gösterilmiştir (bu konuda Howard F. Streit, A Critical Analysis of The Moslem World 1911-1947 adıyla yüksek lisans tezi [Concordia University, Dept of Religion 1990] ve Abdullah O. Al-Abdulkareem de Images of Islam in Samuel M. Zwemer's The Moslem World Quarterly 1911-1947 ismiyle doktora tezi [Lancaster University, 2001] hazırlamıştır).
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ