Burada medrese öğrenimine başladı; ancak basmakalıp ders verme usulünden dolayı bir şey anlamadığını farkedince köyüne döndü. Okumak istemediğini söyleyip 1865'te evlendi. Fakat yine babasının ısrarı ile Tanta'ya döndü. Yolu üzerindeki Küneyse kasabasında babasının yakınlarından Şeyh Dervîş Hızır'la görüşmesi ilim sevgisi açısından hayatında bir dönüm noktası teşkil etti. Hâtıralarında yaşadığı bütün mânevî hazzı ve içindeki ilim aşkını bu zata borçlu olduğunu belirtir.
Tanta'da yoğun ders faaliyetine başlayan Abduh meczup görünüşlü bir zatın sözünden esinlenerek ilim arayışı için Kahire'ye gitti. Ezher Medresesi'nde öğrenim görmeye başladı, ayrıca yaz aylarında memleketinde Şeyh Dervîş'le irtibatını devam ettirdi. Onun teşvikiyle, Ezher'de okutulmayan mantık ve matematik gibi dersleri veren hocalar aradı. İstediği nitelikte hoca bulamayınca kitapları kendi başına okumaya karar verdi. O sırada Mısır'a gelen Cemâleddîn-i Efgānî'den 1871 yılından itibaren riyâziye, felsefe ve kelâm dersleri aldı. Aradığı her şeyi kendisinde bulduğunu söylediği Efgānî'nin yönlendirmesiyle sosyal ve siyasal konularla da ilgilenmeye, güncel meseleler üzerinde yazılar yazıp konuşmalar yapmaya başladı. Daha öğrenciyken verdiği derslerde Mu'tezile'yi Eş'arî mezhebine tercih ettiği yolundaki suçlamalar yüzünden mezuniyeti tehlikeye girdi ve imtihanda başarılı olmasına rağmen 1877'de orta dereceyle mezun olabildi.
Ertesi yıl Ezher'e hoca olarak tayin edilen Muhammed Abduh, ayrıca Kahire Dârülulûmu'nda tarih, Dârü'l-elsüni'l-Hidîviyye'de Arap dili ve edebiyatı dersleri verdi. Hidiv İsmâil Paşa'ya karşı desteklediği Tevfik Paşa'nın yönetime gelmesi üzerine idarî reformlar yapmasını istedi. Fakat Tevfik Paşa başlangıçta gösterdiği yakınlığa rağmen Abduh'u köyünde ikamete mecbur etti. Ancak Riyad Paşa'nın araya girmesiyle Kahire'ye dönebildi ve yeni çıkan el-Veḳāyiʿu'l-Mıṣriyye'nin yazarlarından biri oldu. Bu arada kendisine bürokratların uygulamalarını ve mahkeme kararlarını inceleyip eleştirme yetkisi verildi. Ayrıca ülkedeki eğitim faaliyetlerini denetlemek üzere kurulan yüksek meclise üye tayin edildi.
Urâbî Paşa'nın Hidiv İsmâil Paşa ve İngiliz sömürge yönetimine karşı başlattığı direniş hareketini desteklediği gerekçesiyle 1882 yılında üç yıl sürgün cezasına çarptırılarak Beyrut'a gönderildi. Burada ders okuttu. 1883 sonlarında Efgānî'nin daveti üzerine Paris'e gitti ve onunla el-ʿUrvetü'l-vüs̱ḳā dergisini çıkarmaya başladı. İngilizler'in Sudan ve Mısır'dan çekilmesini sağlamak için aralarında Muhammed Ahmed el-Mehdî ve İngiliz Savunma bakanının bulunduğu bazı kişiler ve yöneticilerle görüşmeler yaptı. Dergi kapatılıp Avrupa'daki siyasî girişimleri başarısızlıkla sonuçlanınca Abduh'un, Mısır ve İslâm dünyasının kısa vadeli gayretlerle kurtarılamayacağı yönündeki kanaati pekişti ve bu konuda Efgānî'den farklı bir yol izlemeye karar verdi. 1884 yılının sonlarında Tunus'a, oradan Beyrut'a geçti. Daha çok eğitim, kültür ve düşünce konularına vurgu yapmaya ve dinler arası diyalog çalışmalarına önem vermeye başladı. Beyrut'taki evinde ve Mescidü'l-Ömerî'de siyer ve tefsir dersleri okuttu, Sultâniye Medresesi'ni ıslah edip orada hocalık yaptı, bu arada telif çalışmalarına hız verdi. Beyrut'ta ikamet ederken eşi vefat edince ikinci evliliğini yaptı. Mısır'daki dostlarına mektup göndererek memleketine dönmenin yollarını aradı. Sa'd Zağlûl ve Ahmed Muhtar Paşa gibi şahsiyetlerin aracılığıyla ve siyasete bulaşmaması şartıyla affedildi.
1889'da Mısır'a dönen Muhammed Abduh siyasî faaliyetlerden ümidini kesip idarecilere karşı yumuşak bir tavır takındı ve Efgānî ile yaptığı iş birliğini azalttı. Önce taşrada, ardından merkezde hâkimlik görevleri aldı. II. Abbas Hilmi hidiv olunca yönetimle arası düzeldi ve başta Ezher olmak üzere ülkedeki eğitim ve yargı kurumlarının yeniden yapılandırılması için üst makamları ikna etti. Yabancı hukuk kitaplarını okumak amacıyla Fransızca öğrendi. Yaz aylarında Fransa ve İsviçre'ye yaptığı kısa seyahatlerde Fransızca'sını ilerletti. 1895 yılında kurulan Ezher İdare Meclisi'ne üye tayin edildi. Yaptığı teklifler ve hazırladığı programlar yönetimin ilgisini çekti ve 1899'da Mısır müftülüğüne getirildi. Hayatının sonuna kadar devam eden bu görevi sırasında bütün mesaisini ıslah çalışmalarına ayırdı. Şer'iyye mahkemeleri ve vakıfların idaresiyle ilgili yeni düzenlemeler yaptı. Meclisü'ş-şûra'l-kavânîn üyeliğinin yanı sıra el-Cem'iyyetü'l-hayriyye ile Cem'iyyetü ihyâi'l-ulûmi'l-Arabiyye'nin başkanlığını üstlendi; çeşitli kaynak kitapların basılmasını sağladı. 1903 yılında gittiği İngiltere'de filozof Herbert Spencer'le görüştü. Sidney Cockerell ve Edward Granville Browne eşliğinde Oxford ve Cambridge üniversitelerini de ziyaret edip incelemelerde bulundu. Bu gözlemleri ışığında birçok konuda reform niteliğindeki yoğun çalışmalarını sürdürürken Hidiv Abbas'ın Ezher ıslahat programını sekteye uğratan bazı girişimlerinden dolayı 1905 yılında Ezher İdare Meclisi üyeliğinden ayrıldı. Aynı yıl hastalandı ve hava değişimi için gittiği İskenderiye'de 11 Temmuz 1905 tarihinde vefat etti. Cenaze namazı İskenderiye'de kılındıktan sonra naaşı devlet töreniyle Kahire'ye getirilerek 13 Temmuz'da Karâfetü'l-mücâvirîn Mezarlığı'na defnedildi. Erken yaşta ölümü onun zehirlendiği yolunda bazı spekülasyonlara yol açmıştır (Blunt, My Diaries, s. 533, 764).
Dinî Düşüncesi. Muhammed Abduh, özellikle hayatının son döneminde İslâmî ilimler ve uzun vadeli hedefler üzerinde yoğunlaşmıştır. Kısa otobiyografisinde, sıraladığı temel hedeflerinin başında düşüncenin taklit zincirinden kurtarılması ve dinin henüz ihtilâfların çıkmadığı dönemde Selef'in anladığı metotla ve ilk kaynaklarından hareketle anlaşılması gereğine vurgu yapar. Bu arada dinle akıl ve ilim arasındaki yakın ilişkiye temas eder (Reşîd Rızâ, Târîḫu'l-üstâẕ, I, 11). İtikadı Asr-ı saâdet'te olduğu gibi saf hale getirmenin yanında akıl ve ilimle ilişkisini güçlendirerek değişen dünya şartlarında dinin rolünü tekrar etkinleştirmeyi amaçlayan Abduh, kelâm ekolleri arasındaki teolojik ihtilâflar ve teorik tartışmalar üzerinde durmanın gereksiz olduğunu, Allah'ın zâtı yerine O'nun mahlûkatı üzerinde düşünmenin hem dinin emrine hem de insanın ihtiyacına daha uygun düştüğünü belirtir (Risâletü't-tevḥîd, s. 48-58). Buna karşılık peygamberlere ve vahye olan ihtiyaca geniş yer verir ve bunu bütün büyük dinler ve filozoflar tarafından insanda bulunduğu kabul edilen sonsuzluk (bekā) isteğiyle insanların cemiyet halinde yaşayabilmesi için ahlâk, fazilet ve yüksek değerlere muhtaç olmaları gibi gerekçelere dayandırır. Duyular dışında herhangi bir bilgi kaynağı bulunmadığını söyleyen veya bu konuda mütereddit davranan kişileri cehaletle suçlayan Abduh'a göre vahye karşı olumsuz tavır sergilemenin sebebi sorumluluktan kaçma isteğidir. Dinî emirler insanları birtakım nefsânî arzulardan mahrum bıraktığı ve aşırılıklardan alıkoyduğu için bazıları dine cephe almaktadır. Halbuki fert ve toplumun ruh ve beden dengesini gözeten bu emirlere ihtiyaç bulunduğu aklıselim sahibi herkes tarafından kabul edilmektedir (a.g.e., s. 89-114).
Muhammed Abduh kader konusunda tartışmalara girilmesini tasvip etmemekle birlikte bir kısım ulemânın, kulların fiilleri hakkında kesb kavramına yer verilmesini Allah'a şirk koşma şeklinde değerlendirmesini de doğru bulmaz. Ona göre ameller her durumda kesb ve ihtiyarla gerçekleşir ve Allah'ın ilminin değişmezliği insanların kendi iradelerini kullanmalarına engel teşkil etmez (a.g.e., s. 61-65). Abduh'un insana atfettiği kesb klasik Eş'arî anlayışından çok daha geniş bir yetki ve hürriyet içermekte, Mâtürîdî'nin fikirlerine daha yakın görünmektedir.
Tefrikayı önleyip müslümanları daha gerekli işlere yönelteceği düşüncesiyle Selef metoduna uygun bir akîdeye öncelik verse de birçok konuda yaptığı yorumlar ve akılcı yaklaşımları dikkate alındığında Abduh'un klasik anlamda bir Selefî olarak değerlendirilmesi isabetli olmaz. M. Reşîd Rızâ onun, kelâmullahın kadîm oluşunu okunan lafzî Kur'an'a da teşmil eden Hanbelî / Selefî görüşe yaptığı eleştiriyi Risâletü't-tevḥîd'in ikinci baskısından çıkarmak istediğini söylemekle beraber (a.g.e., s. 47, dipnot) başka bir yazısında bu görüşe muhalefetinde ısrar ettiği görülmektedir (Reşîd Rızâ, Târîḫu'l-üstâẕ, I, 965-966). Nitekim akla yaptığı vurgu ve farklı yorumları sebebiyle bazı şarkiyatçılar onu Yeni Mu'tezile akımının temsilcisi diye kabul etmiştir (Caspar, IV [1957], s. 141-202; Detlev, VIII/4 [1969], s. 319-347). Ancak Mu'tezile'ye yönelttiği eleştiriler yanında düşüncesi bir bütün olarak göz önüne alındığında böyle bir değerlendirmenin doğru olmadığı anlaşılır (krş. Hildebrandt, XLII/2 [2002], s. 258-262).
Muhammed Abduh'un itikadî meselelerde bazı tartışmalara sınır getirip bunların bilinemeyeceğini belirtmesi ve âlemin kıdemi gibi konularda filozofları tekfir etmemesi, İngiliz sömürge valisi ve bazı Batılı yazarlar tarafından agnostik veya inançsız olarak nitelenmesine yol açmışsa da (Blunt, My Diaries, s. 346; Cromer, II, 179-180; Kedourie, s. 2, 11-13) onun inkârcı düşünceler hakkındaki görüşü reddiyelerinde açıkça bellidir ve söz konusu yorumların sübjektif olduğu sonraki araştırmalarda ortaya konmuştur (Asad, sy. 2 [1976], s. 13-22; Jansen, Acta Orientalia, s. 71-74).
Tefsir kitaplarında Kur'an'ın ruhuna uymayan yorumların ve yanlış bilgilerin yer aldığını, vahyin mesajının gramer kuralları ve müfessirlerin görüşleri arasında kaybolduğunu, bu yüzden Kur'an'ın toplum hayatından uzaklaştırılıp ölülere ve hastalara okunan bir metin haline getirildiğini, halbuki Kur'ân-ı Kerîm'in birinci önceliğinin insanların ilmî ve ahlâkî seviyelerini yükseltip içtimaî durumlarını düzeltmek olduğunu belirtir ve fıkhî meselelere az yer verilmesini de Kur'an'ın bu özelliğine bağlar. Ona göre müteşâbih âyetlerin varlığı insanların düşünce alanını genişletme gayesine mâtuftur; kâinatı ve canlı varlıkları araştırma çağrısı İslâm dininde hiçbir kayıt ve şarta bağlı değildir (Risâletü't-tevḥîd, s. 7-8). Öte yandan Abduh, bütün bir tefsir yerine günün ihtiyaçları doğrultusunda kısmî tefsirlere ihtiyaç bulunduğunu söyler (el-Aʿmâlü'l-kâmile, IV, 11, 16-17, 20).
Abduh'a göre Kur'an'a ve içindeki amelî hükümlere inanan, fakat diğer bazı gaybî konuları kavramakta güçlük çeken entelektüellerin bunlar hakkında kendi ilmî kapasitelerini tatmin edecek te'viller yapması imanlarına zarar vermez. Müslümanların da ilmen sabit olmuş konularda uzmanlarla çekişmesi veya bazı haber-i vâhid rivayetleri doğrulamak için ilimde delili bulunmayan şeyleri savunması doğru olmaz. Bu yaklaşımıyla Kur'an ve ilim arasında uzlaştırma çabalarına büyük önem verir ve bazı âyetleri kendi zamanındaki bilim anlayışına ve bilimsel verilere göre yorumlamaya çalışır. Nitekim Tefsîrü'l-Menâr'da Abduh'a atfen tabiat üstü varlıkların ve mûcizelerin izahıyla ilgili farklı te'villere yer verilmiştir. Bunlar arasında cinlerin mikropların bir cinsi olabileceği, Ebrehe ordusunu taşlarla helâk eden kuşların hastalık taşıyan sinekler şeklinde anlaşılabileceği, insanların sadece Hz. Âdem'den değil ırklarına göre çeşitli insan orijinlerinden geldiklerinin düşünülebileceği, Hz. Meryem'in Îsâ'ya babasız hamile kalmasının çocuk sahibi olacağına dair ilâhî habere kuvvetli imanının oluşturduğu psikolojiyle izah edilebileceği şeklinde yorumlar bulunmaktadır (Reşîd Rızâ, III, 96, 309; IV, 323-326; VII, 319; Abduh, Tefsîru Cüzʾi ʿAmme, s. 158; Jansen, The Interpretation, s. 34; Abduh'un Fil Vak'ası'yla ilgili yorumunun sert bir eleştirisi için bk. Elmalılı, VIII, 6126-6143).
Muhammed Abduh ictihad ruhundan uzaklaşmanın, nasların hikmet ve maksatlarından çok lafız ve şekil unsuruna önem verilmesinin olumsuz sonuçları üzerinde ısrarla durur; fıkhın otoritesinin ve müslümanlar arasındaki bilimsel iş birliği anlayışının yeniden tesis edilmesini sağlayacak kolektif çalışmalar yapılması gerektiğini savunur (el-Aʿmâlü'l-kâmile, III, 194). Mısır müftüsü iken verdiği fetvalarda tek bir mezhebin sınırları içinde kalmayıp maslahat prensibine özel önem atfeden Abduh'a göre sigorta ve tasarruf sandıkları mudârebe akdi çerçevesinde câizdir. Uzun süreli hapis, kaybolma, geçimsizlik, hastalık gibi durumlarda mahkeme kararıyla kadına boşanma hakkı doğar. Birden fazla kadınla evlenme izni yöneticiler tarafından kaldırılabilir. Kutsama ve yüceltme vesilesi kılınmamak şartıyla resim ve heykel yapılabilir. Kabirlerin üzerine bina, kubbe ve türbe inşa ederek bunları ziyaretgâh haline getirmek câiz değildir. Muhammed Abduh, "Transvalya" adıyla meşhur olan fetvasında da şapka vb. kıyafetleri giymenin, kesim şekli kendi dinlerine uygun olduğu sürece Ehl-i kitabın kestiklerini yemenin ve farklı mezhebe mensup imamın arkasında namaz kılmanın câiz olduğunu ifade eder (el-Fetâvâ, tür.yer.; el-Aʿmâlü'l-kâmile, II, 78-99, 107-132). Abduh'un bu tür fetvalarında mezhepler üstü veya onları uzlaştıran bir yaklaşım ortaya koyması zamanındaki bazı muhafazakâr âlimlerin tepkisini çekmiştir.
Şeyh Dervîş ile yaşadığı tecrübenin etkisiyle tasavvufun mâneviyatı güçlendirme ve nefsi terbiye etmedeki rolünün farkında olan Abduh sûfîlerin fukaha tarafından takibata uğratılıp sindirilmesini yanlış bulur. Kendisi de Şâzeliyye tarikatına intisap etmekle birlikte çeşitli tarikat mensupları arasında yaygınlaşan Allah ile kul arasında tevessül, hulûl veya şeyhten el alma gibi anlayışları tenkit etmiş, Sa'diyye gibi tarikatların çalgılı ve yüksek sesli zikir meclislerine karşı çıkmış, bunların naslarda bir delilinin ve Asr-ı saâdet'te uygulamasının bulunmadığını söylemiştir. Ayrıca felsefî tasavvuf görüşlerinin halka ulaşmasını da uygun bulmamış, bu sebeple basın yayın kontrolünden sorumlu olduğu yıllarda İbnü'l-Arabî'nin el-Fütûḥâtü'l-Mekkiyye gibi eserlerinin basılmasına sadece ehli tarafından okunabileceği gerekçesiyle izin vermemiştir (el-Aʿmâlü'l-kâmile, II, 23-26; III, 511-527; IV, 226; Reşîd Rızâ, Târîḫu'l-üstâẕ, I, 26, 106-130).
Muhammed Abduh İslâm filozoflarının, Kur'an ve Sünnet'in teşvikleri doğrultusunda sanatı geliştirip kâinatın sırlarını ve mutluluğa giden yolları keşfetme konusunda diğer din mensuplarına göre daha özgürce hareket edebildikleri, ancak Yunan düşüncesine ve özellikle Eflâtun ve Aristo'ya hayranlık ve taklit derecesinde bağlılık gösterip din âlimlerinin tepkisini çekecek kadar ilâhiyat sahasındaki tartışmalara girmekle hataya düştükleri, böylece ilim ve medeniyetin gelişmesine yapabilecekleri katkıyı azalttıkları kanaatindedir (Risâletü't-tevḥîd, s. 19-20).
Islahatçılığı ve Siyasî Görüşleri. Muhammed Abduh, müslümanların daha önce sahip oldukları ve başkalarına da kazandırdıkları yüksek medeniyet seviyesini yeniden yakalamak için gerekli azim ve gayreti göstermeleri gerektiği tezinden hareketle (a.g.e., s. 199-200) değişik alanlarda bir dizi ıslahat önerisi ortaya koymuş ve bazıları için bilfiil katkı sağlamıştır. Her şeyden önce taklit zihniyetinin İslâmî ilimlerin öğretimine de hâkim olduğunu söyleyen Abduh'a göre artık Kitap ve Sünnet'le ve ilk döneme ait eserlerle doğrudan iletişim içinde bulunan, delillere dayalı muhâkeme yapan, ilmî eleştiri ve tartışmaya açık, mezhep taassubundan uzak âlimlerin yetiştirilmesi âcil bir ihtiyaç haline gelmiştir; bu husus, hurafelerin İslâm'a mal edilmesini önleme açısından da önemlidir (a.g.e., s. 22-23; el-İslâm ve'n-Naṣrâniyye, s. 113-115, 138-139; el-Aʿmâlü'l-kâmile, III, 321-324). Abduh, ilk asırlardaki saf İslâm anlayışının temel alınması gerektiğini savunmakla birlikte bugüne hitap edecek yeni bir inşa faaliyetinin gerekliliğini de kabul eder ve bunun siyasî bir devrimle değil eğitim ve kültür yoluyla, İslâm toplumunu geleceğe taşıyacak hem iyi din eğitimi almış hem çağın gerektirdiği bilgilerle donatılmış sağlam bir neslin yetişmesiyle mümkün olabileceğine inanır. Ayrıca toplumun değişik katmanlarına yönelik bir eğitim modeli önerir. Muhammed Abduh, Ezher Üniversitesi'nde uygulanan klasik eğitimin yenilenmesi ve seviyesinin yükseltilmesi için büyük çaba göstermiş, ders programına matematik, coğrafya gibi aklî ilimlerin dahil edilmesini sağlamıştır (el-Aʿmâlü'l-kâmile, III, 71-86; krş. Ahmad Bazli Shafie, IV/2 [1999], s. 199-230). Vakıflar ve yargı düzeni konusunda da ıslahata ihtiyaç olduğuna inanan Abduh şer'î mahkemelerin tamamen lağvedilmesi fikrine karşı çıkar ve bunların işleyişindeki aksaklıkların giderilmesi için bazı önerilerde bulunur (Taḳrîr fî ıṣlâḥi meḥâkimi'ş-şerʿiyye, tür.yer.). Davaların Fransızca değil Arapça görülmesini, bu arada Kıptîler'e ikinci sınıf insan muamelesi yapılmamasını ister.
Muhammed Abduh, çağdaş bir İslâm düşüncesi kurabilmek için modern Batı medeniyetiyle ilişkilerin önemli olduğunu düşünüyor, ancak Batı'nın bilim ve teknolojisinin alınmasını teşvik ederken dine uymayan taraflarından uzak durulmasını istiyordu. İngiliz filozofu Herbert Spencer'le diyalogunda, Doğulu aydınları sorgulamaksızın Avrupalılar'ı taklide sevkeden âmilin Batı'nın zâhirî gücü olduğunu, halbuki Batı'nın maddî gücüne rağmen insanları mânen geliştiremediğini, aksine daha da aşağı seviyeye düşürdüğünü ifade eder. Öte yandan modern Batı felsefesinde özellikle ahlâk, eğitim ve toplum felsefesiyle ilgili eserlere ilgi duyuyordu. Bazı Avrupalı yazar ve düşünürlerle şahsî temaslar kurmuş, Tolstoy'a mektup yazdığı gibi dostu Wilfrid Scawen Blunt'ın aracılığıyla Londra'da Spencer'le görüşüp fikir alışverişinde bulunmuştur (Blunt, My Diaries, s. 480-481, 851-852; Reşîd Rızâ, Târîḫu'l-üstâẕ, I, 105, 865-869).
Abduh, siyaset alanında adalet ilkesinin önemine vurgu yaparak yöneten ve yönetilen arasındaki ilişkinin sadece itaat esasına bağlanmasının doğru olmayacağını savunur. Ayrıca meşruiyetin temelinde hukuka uygunluğun yattığına ve bunun denetlenmesi için yönetenlerin toplum tarafından sözlü veya fiilî uyarılara açık olması gereğine dikkat çeker. Ona göre İslâm toplumundaki hilâfeti Batılılar'ın teokrasi dedikleri, yetkiyi halktan değil Tanrı'dan aldığını iddia eden sistemle karıştırmamak gerekir (el-İslâm ve'n-Naṣrâniyye, s. 56-61; el-Aʿmâlü'l-kâmile, II, 319).
Halifeliğin Osmanlılar'ın şahsında müslümanların hâmiliği gibi mânevî ve sembolik rolüne işaret eden Abduh'a göre ittihâd-ı İslâm kavramı siyasî bir birlik yerine müslüman toplumlar arasında yakınlık, dayanışma ve yardımlaşmaya dayalı dinî-içtimaî birlik şeklinde anlaşılmalıdır. Müslümanlar içinde farklı etnik ve idarî devletlerin varlığı bir realite olduğundan merkeziyetçi olmayan sistem daha yararlıdır. Bir yandan hilâfetin ümmet için taşıdığı önemin farkında bulunması, öte yandan Mısır'ın kendine has özelliği dolayısıyla müstakil bir devlet olmasını desteklemesi Abduh'u bu konularda çelişkili yazılar yazmaya sevketmiştir (el-İslâm dînü'l-ʿilm ve'l-medeniyye, s. 95-99; el-Aʿmâlü'l-kâmile, I, 331-335, 393-395).
Muhammed Abduh'un Mısır'daki İngiliz sömürge idaresiyle ilişkisi de dönemlere göre farklılık arzetmiştir. Özellikle Urâbî Paşa hareketi gibi siyasî olaylara aktif olarak katıldığı dönemlerde Cemâleddîn-i Efgānî'nin antiemperyalist çizgisinden tâviz vermeyen Abduh, sürgünden dönüp ıslahat faaliyetlerine öncelik verdiği devrede İngilizler'le iyi ilişkiler kurmaya ve bazı hedeflerine ulaşmada onların desteğini almaya çalışmıştır. Aynı yaklaşımla istibdat rejimlerine karşı mücadeledeki faaliyetlerinden yararlanmak, eğitim ve ıslahat konusunda nüfuzlarını kullanmak maksadıyla hocası Efgānî gibi o da bir ara amaçları o dönemde fazla bilinmeyen mason locasına girmiş, ancak sömürgeciliğe karşı çıkmadıkları için kısa zamanda onlardan ayrılmıştır (el-Aʿmâlü'l-kâmile, neşredenin girişi, I, 35-36). Siyasî yazılarında istibdat rejimlerine karşı şûra ve kanun hâkimiyetini savunurken son dönemlerinde toplumu hürriyet ortamına hazır hale getirecek eğitimin gerekliliğini öne çıkarmıştır.
Tesiri. Muhammed Abduh'un görüşleri ve ıslahatçı düşünce çizgisi kendinden sonra Mısır'da ve İslâm dünyasında birbirinden farklı yönelişler halinde devam etmiştir. En yakın takipçisi M. Reşîd Rızâ, onun hayatında kurduğu el-Menâr dergisi ve yayınevinde Abduh'un makale ve eserlerini neşrederek görüşlerinin yayılmasına katkıda bulunmuştur. Reşîd Rızâ'nın Menâr ekolü, hocasının ölümünün ardından I. Dünya Savaşı'nın İslâm dünyasındaki sonuçlarının da tesiriyle giderek daha katı bir Selefîliğe ve Batıcı modernleşme karşıtı radikal bir çizgiye kaymıştır. Bu çizgi İhvân-ı Müslimîn hareketinin doğmasını etkilemiştir. Abduh'un ıslahatçılığı ve İslâm düşüncesiyle Batı modernleşmesi arasında sentez yapmayı öngören akılcı yorumları, talebelerinden Muhammed Ferîd Vecdî ile sonraki Ezher şeyhlerinden Mustafa el-Merâgī, Mustafa Abdürrâzık ve Mahmûd Şeltût tarafından devam ettirilmiştir. Abduh'tan etkilenenler arasında Ahmed Lutfî es-Seyyid ve Muhammed Kürd Ali gibi milliyetçi aydınlar yanında onun ılımlı yenilikçiliğini radikal laik bir modernizme dönüştüren Kāsım Emîn ve Ali Abdürrâzık gibi düşünürler de vardır. Muhammed Abduh'un düşüncesi, Osmanlı Türkiyesi'nde Mehmed Âkif başta olmak üzere Sırât-ı Müstakîm ve Sebîlürreşâd çevresinde yer alan İslâmcı ekolün yanı sıra Ziya Gökalp ve İslâm Mecmuası etrafındaki modernistler üzerinde etkili olmuş, hatta İctihad grubundaki Abdullah Cevdet ve Celâl Nuri gibi laik Batıcı kesimler tarafından bile kendi görüşleri doğrultusunda kullanılmıştır. Abduh'un izlerini kısa ziyaretlerde bulunduğu Tunus ve Cezayir ulemâsının faaliyetlerinde, ayrıca Mahmûd Şükrî el-Âlûsî'nin Irak'ta ve Cemâleddin el-Kāsımî'nin Suriye'de öncülük ettiği Selefî ıslahat hareketlerinde de görmek mümkündür.
Eserleri. 1. Şerḥu Maḳāmâti Bedîʿuz-zamân el-Hemedânî (Kahire, ts.; Beyrut 1306, 1908). Eserdeki kelimeleri açıklayan tahkik ve ta'lik tarzında bir çalışmadır. 2. Risâletü't-tevḥîd*. Muhammed Abduh'un en meşhur eseridir. Beyrut Sultâniye Medresesi'nde okuttuğu ilmü't-tevhîd dersinin kardeşi Hammûde Bek Abduh tarafından tutulan notlarının geliştirilmiş şeklidir. Selef akaidi tarzında yazılan kitap M. Reşîd Rızâ'nın ta'likleriyle basılmış (1316; Kahire 1324) ve birçok dile çevrilmiştir. 3. Taʿlîḳāt ʿalâ Beṣâʾiri'n-Naṣîriyye (Bulak 1316). Ömer b. Sehlân es-Sâvî'nin mantık eseri üzerine yazılmıştır. 4. Taḳrîru müfti'd-diyâri'l-Mıṣriyye fî ıṣlâḥi'l-meḥâkimi'ş-şerʿiyye. Mısır müftülüğü yaptığı sırada şer'î mahkemelerin ıslahı hakkında Adalet Bakanlığı'na verdiği rapor olup Reşîd Rızâ tarafından neşredilmiştir (Kahire 1317). 5. el-İslâm ve'n-Naṣrâniyye maʿa'l-ʿilm ve'l-medeniyye. Fransız materyalistlerinden Ernest Renan'ın takipçisi Lübnan asıllı hıristiyan yazar Ferah Antûn'un el-Câmiʿa dergisinde yayımlanan, İslâm'da dinî ve siyasî otoritenin aynı şahısta toplanmış olması dolayısıyla farklı görüş ve inançlara müsamaha gösterilmediği iddialarını içeren makalesine cevaptır. 1901 yılında el-Menâr'da tefrika edilen eser Reşîd Rızâ tarafından kitap haline getirilerek birçok baskısı yapılmıştır (Kahire 1320, 1341, 1373). 6. Tefsîru sûreti'l-ʿAṣr (Kahire 1321). Abduh'un Cezayir'de verdiği tefsir dersinden oluşan eseri Mehmed Âkif (Ersoy) Türkçe'ye tercüme etmiştir (SM, III/73-77 [1325]). 7. Şerḥu Nehci'l-belâġa (Kahire 1321; Beyrut 1412/1992). Şerîf er-Radî'nin eserine düşülen kısa notlardan ibarettir. 8. Tefsîru cüzʾi ʿAmme (Kahire 1322). Eserdeki bazı sûreler Sebîlürreşâd'ın muhtelif sayılarında Türkçe'ye çevrilmiştir. 9. Tefsîrü'l-Fâtiḥa. M. Reşîd Rızâ tarafından bir mukaddime ve bazı ilâvelerle birlikte basılan eseri (Kahire 1323) Abdülkadir Şener ve Mustafa Fayda Türkçe'ye tercüme etmiştir (AÜİFD, XVI [1968], s. 1-16). 10. el-İslâm ve'r-red ʿalâ münteḳıdîh. Tarihçi Gabriel Hanotaux'nun Ârî ırkın Sâmî ırktan üstünlüğü iddiasından hareketle İslâm ve Hıristiyanlık arasında mukayeseler yapan makalesine reddiyedir. Abduh, Le Journal du Paris gazetesinde çıkan ve Arapça'ya çevrilip el-Müʾeyyed gazetesinde yayımlanan bu makaleye aynı gazetede bir yazı dizisiyle cevap vermiş, makaleleri daha sonra bir araya getirilip neşredilmiş (Kahire 1327), ayrıca Hanotaux'nun yazılarıyla birlikte el-İslâm dînü'l-ʿilm ve'l-medeniyye başlığıyla birçok defa basılmıştır (Kahire 1964; Beyrut 1409/1989). Eseri Talât Harb l'Europe et Islam adıyla Fransızca'ya (Le Caire 1905), Mehmed Âkif Hanoto'nun Hücûmuna Karşı Şeyh Muhammed Abduh'un İslâm'ı Müdafaası başlığıyla Türkçe'ye (İstanbul 1331) çevirmiştir.
Muhammed Abduh'un bütün eserleriyle dergilerdeki makalelerini Muhammed İmâre el-Aʿmâlü'l-kâmile li'l-İmâm Muḥammed ʿAbduh adıyla, diğer bazı yazılarını ise Ali Şeleş Silsiletü'l-aʿmâli'l-mechûle başlığıyla bir araya getirmiştir (bk. bibl.). Öte yandan Tefsîrü'l-Menâr'ın Nisâ sûresinin 125. âyete kadar olan kısmı, Reşîd Rızâ'nın Abduh'un derslerinde tuttuğu notlar olup onun görüşlerini ihtiva etmektedir. Ancak Reşîd Rızâ'nın ilâve ve değerlendirmelerini bunlardan ayırmak zordur. Muhammed İmâre, bazı ayıklamalar yaparak Abduh'a ait kısmı el-Aʿmâlü'l-kâmile'nin IV ve V. ciltleri içinde neşretmiştir. Muhammed Abduh, Cemâleddîn-i Efgānî'nin el-ʿUrvetü'l-vüs̱ḳā adıyla çıkardığı, daha sonra kitap haline gelen derginin (Beyrut 1328, 1389/1970) yazılarına da katkıda bulunmuş, onun Ḥaḳīḳat-i Meẕheb-i Neyçerî risâlesini de er-Red ʿale'd-Dehriyyîn ismiyle Arapça'ya çevirmiştir (Beyrut 1886; Kahire 1354).
Risâletü'l-vâridât fî sırri't-tecelliyât (Kahire 1344) ve Ḥâşiye (Taʿlîḳāt) ʿalâ Şerḥi ʿAḳīdeti'l-ʿAḍuḍiyye (Kahire 1322, 1377/1958) adlı eserler Abduh'a nisbet edilerek basılmışsa da bunların Abduh'a mı yoksa Efgānî'ye mi ait olduğu tartışmalıdır (el-Aʿmâlü'l-kâmile, neşredenin girişi, I, 206-219; Muhammed el-Haddâd, Muḥammed ʿAbduh: Ḳırâʾe cedîde, s. 68-72). Bu eserler, Abduh'un Efgānî'den aldığı dersler sırasında tuttuğu notlardan hareketle yazdığı ilk dönem çalışmaları olmalıdır (Abduh'un eserleri ve onun hakkında yapılan çalışmaların bir listesi için bk. Taşpınar, VII/2 [2003], s. 261-289).
Kaynak: TÜRKİYE DİYANET VAKFI İSLAM ANSİKLOPEDİSİ