Buhara'da doğdu. Hayatıyla ilgili bilgiler, geniş ölçüde müridi Lâmiî Çelebi'nin Nefehât Tercümesi'ne dayanmaktadır. Taşköprizâde'nin eş-Şekāʾiḳ'teki ifadeleri, Lâmiî Çelebi'nin eserindeki bilgilerin tekrarından ibarettir. 922'de (1516) yetmiş üç yaşlarında vefat ettiğine göre 849 (1445) yılında doğmuş olmalıdır. Nakşibendiyye silsilesinin büyük şahsiyetlerinden Mahmûd-ı Fağnevî'nin torunu olan Emîr Ahmed-i Buhârî, ilk tahsilini Buhara'da tamamladıktan sonra Semerkant'ta dönemin en meşhur mutasavvıfı Ubeydullah Ahrâr'a intisap etti. Ahrâr'ın dergâhında Anadolu'dan buraya gelmiş olan Abdullah-ı İlâhî ile tanıştı. Seyyid ve Fağnevî'nin torunu olması sebebiyle mürşidinin kendisine özel ilgi göstermesinden rahatsız olduğu için, sülûkünü tamamlayıp Anadolu'ya dönme hazırlığı yapan Abdullah-ı İlâhî ile birlikte gitmek üzere şeyhi Ahrâr'dan izin aldı. Abdullah-ı İlâhî memleketi olan Kütahya'nın Simav ilçesine yerleşince Emîr Buhârî onun yanından ayrılmadı. Abdullah-ı İlâhî'nin burada açtığı Anadolu'daki ilk Nakşibendî tekkesinde kendisine intisap etti. Sülûkünü tamamlamaya çalıştığı bu dönemde tekkenin imamlığını yaptı. Bir müddet sonra hacca gitmek üzere Abdullah-ı İlâhî'den izin alarak yola çıktı. Kudüs'te Mescid-i Aksâ'nın yanındaki odalardan birinde otururken vakıf imkânlarından faydalanmayı kabul etmeyip kitap istinsah ederek geçimini sağladı. Kutsal beldelerin feyizli ortamından ayrılamayan Emîr Buhârî, Mekke'de kaldığı sürece her gün yedi tavaf yedi sa'y yaptı. Bir yıl sonra Abdullah-ı İlâhî'nin daveti üzerine Simav'a döndü. Ardından İstanbul'u görmek istediğini şeyhine arzedince şehrin dinî ve tasavvufî durumunu bildirmesi şartıyla kendisine izin verildi. Esasen Anadolu'da şöhreti hızla yayılan Abdullah-ı İlâhî de ısrarlı bir şekilde İstanbul'a davet ediliyordu. Orta Asya, Hicaz bölgesi ve Anadolu'yu yakından tanıyan Emîr Buhârî'nin İstanbul'da arayıp bulduğu ilk yer Şeyh Vefâ Tekkesi'ydi. Şeyh Vefâ ile görüşen ve bir süre onun misafiri olan Emîr Buhârî birkaç ay sonra şeyhine Farsça bir beyit gönderdi. Bu beyitte gönül rahatlığından, sevgilinin eteğine yapışmaktan ve bir köşeye çekilmekten söz ediliyordu. Lâmiî Çelebi'nin ifadesine göre Abdullah-i İlâhî bu beyti okuduktan uzun bir müddet sonra İstanbul'a geldi. Emîr Buhârî'ye hilâfet vererek ardından Evrenoszâde Ahmed Bey'in daveti üzerine Vardar Yenicesi'ne gitti. 1477'den itibaren irşad faaliyetine başlayan (Abdullah-ı İlâhî, vr. 66a) Emîr Buhârî, böylece Nakşibendiyye tarikatını İstanbul'da yayan ilk mutasavvıf olma özelliğini kazanmış bulunuyordu.
Muslihuddin Tavîl, Âbid Çelebi, Bedreddin Baba gibi birçok sûfî de Abdullah-ı İlâhî'nin yanında başladıkları sülûklerini Emîr Buhârî'nin tekkesinde tamamlamışlardır (Abdülmecîd el-Hânî, s. 174). Bu yıllarda Fâtih Camii'nin batısında (bugün Fevzipaşa caddesinin Malta kesiminde Emîrbuhârî sokağında) oturan Emîr Buhârî'nin taliplerinin artması üzerine II. Bayezid bir mescidle dervişler için hücreler yaptırarak burasını Nakşibendî tekkesine dönüştürdü. Mensupları giderek çoğalınca daha sonra Ayvansaray ve Edirnekapı'da birer tekke daha açılmıştır (bk. EMÎR BUHÂRÎ TEKKESİ).
Emîr Buhârî vefat edince müridlerinden Bursa Kaplıca Medresesi müderrisi Hızır Bey Çelebi "Vâh Şeyh", Lâmiî Çelebi ise "Ey Seyyid Buhârî âh vâh" ifadelerini tarih düşürmüşlerdir. Abdürrezzâk Efendi adlı bir kişi onun hakkında bir menâkıbnâme kaleme almıştır (bk. bibl.). Lâmiî Çelebi, mürşidinin özellikle üzerinde durduğu, esasen Nakşibendiyye'nin prensipleri olan konuları şöyle sıralamaktadır: Sohbet, uzlet, tevekkül, sünnete bağlılık, zikr-i hafîye devam, az yemek, az konuşmak, az uyumak, şekil ve surete önem vermemek, bid'atlardan kaçınmak, teheccüd namazı kılmak, ibadetlerde azîmet yolunu tercih etmek.
Mecdî, Emîr Buhârî'nin Mevlânâ'ya ait bazı gazelleri şerhettiğini, tasavvufı muhitlerde çok yaygın olan dünyayı, âhireti, varlığı ve terki terk olarak bilinen dört çeşit terk konusunu işleyen Farsça beytin ona ait olduğunu söyler. Hüseyin Vassâf, Risâle-i Hazret-i Sünbül Sinân (Atıf Efendi Ktp., Tasavvuf, nr. 1398) adlı eserin sonunda onun divançesini gördüğünü söyleyerek buradan bir şiiri iktibas etmiştir (Sefîne, II, 33).
Emîr Buhârî'nin, şeyhi Abdullah-ı İlâhî'nin Nakşibendiyye'nin Anadolu'daki ilk büyük temsilcisi olması sebebiyle bu tarikatın silsilesinde önemli bir yeri vardır. Hatta onun için "pîr-i sânî" unvanı da kullanılmıştır. Nakşibendiyye silsilesi, bu tarikatın Müceddidiyye ve Hâlidiyye kolları Anadolu'ya girene kadar Ubeydullah Ahrâr, Abdullah-ı İlâhî ve Emîr Buhârî şeklinde yürümüş (Hüsâmeddin Bursevî, vr. 308b), daha sonra Hâlid el-Bağdâdî ile (ö. 1242/1827) başlayan Nakşibendî-Hâlidî silsilesinin yaygınlaşmasıyla bu silsile terkedilerek Ahrâr'dan sonra diğer halifesi Muhammed Zâhid ile devam ettirilmiştir.
Emîr Buhârî vefat ettiğinde Fatih'teki tekkenin bahçesine gömülmesini, buradaki defne ağacının kesilmemesini vasiyet ederek ima yoluyla kendisine türbe yapılmamasını söylemişse de sonraki yıllarda ağacın kesilerek orada bir türbe yapılması dervişler arasında bazı sıkıntılar meydana getirmiştir. Emîr Buhârî'den sonra damadı Mahmud Efendi (ö. 938/1531) Fatih ve Edirnekapı'daki tekkelerde şeyhlik görevini sürdürmüştür.
Emîr Buhârî'nin halifelerinden Hekim Çelebi (ö. 974/1566), Fatih Halıcılar'da kendi adıyla anılan bir dergâh açarak irşad faaliyetini sürdürmüş, Lâmiî Çelebi de (ö. 938/1531) Bursa'da Nakkaş Ali Tekkesi'nde hizmet etmiştir.
Emîr Ahmed-i Buhârî ile Bursa'da medfun Emîr Sultan (ö. 833/1429) ve İstanbul Unkapanı'nda dergâhı olan diğer bir Nakşî şeyhi Ahmed Buhârî (ö. 994/1586) zaman zaman birbirine karıştırılmıştır.
Kaynak: Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi