FETÖ'nün, 1990'lı yıllar itibarıyla dev bir yapıya dönüşmesiyle örgüt, özellikle 2000'li yıllarda gerçekleştirdiği kumpas soruşturma ve davalarıyla devleti tamamen ele geçirmeye odaklandı. 1999'da hakkında soruşturma açılır açılmaz ABD'ye firar eden Gülen'e karşılık üst akıl tarafından aynı süre zarfında PKK elebaşı Abdullah Öcalan Türkiye'ye teslim edildi. Bu tarihten itibaren Ergenekon, Balyoz, Askeri Casusluk soruşturmalarıyla özellikle TSK'da kendi örgütü üyelerine alan açan FETÖ, 15 Temmuz 2016'ya kadar olan süreçte bu örgüt üyelerini sahaya sürerek sonunda mağlup olacağı açık bir savaşa girişti.
FETÖ yapılanmasıyla ilgili ilk adım, Ankara İl Emniyet Müdürü Cevdet Saral'ın 1999'da örgüte ilişkin hazırladığı raporlarla geldi. Saral'ın raporunda, özellikle emniyetin örgütün ilgi alanına girdiğine dikkat çekildi. Raporda yer alan isimler önümüzdeki süreçte FETÖ'nün emniyetteki kumpaslarında aktif rol alacak olan eski Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Ramazan Akyürek, Basri Aktepe, Yakup Saygılı gibi polis müdürlerini içeriyordu.
3 Ağustos 2000'de Savcı Nuh Mete Yüksel, Gülen'in tutuklanmasını isterken, mahkeme talebi kabul etti. Savcı Nuh Mete Yüksel'le ilgili 21 Ekim 2002'de mütalaasını hazırlayıp mahkemeye sunduktan bir gün sonra 'Bir gecelik zevk uğruna' başlığı ile kaset kumpası medyada yer aldı. Raporu hazırlayan Saral ile Yardımcısı Osman Ak raporlarını tamamlayamadan görevlerinden uzaklaştırıldı.
Örgütün devlete karşı açtığı savaşın ilk hamlesi 7 Şubat 2012'de MİT'in hedef alınması oldu. Örgüt, yargı ve emniyetteki yapılanması vasıtasıyla dönemin MİT Başkanı Hakan Fidan'ı ve MİT yöneticilerini gözaltına almak isteyerek adeta o dönem Başbakan olan Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'a gözdağı vermek istedi, ancak başarılı olamadı.
