Danıştay resmen Ayasofya kararını verdi ve camii olarak ibadete açılmasına karar verdi. Kararın sonuç bölümünde şunların kaydedilmesi dikkat çekti: "Dava konusu Bakanlar Kurulu Kararı, yukarıda yer verilen mevzuat, Anayasa Mahkemesi, Yargıtay, Danıştay ve AİHM kararları kapsamında değerlendirildiğinde; Ayasofya'nın, statüsü muhafaza edilerek hukuk düzenimizle güvence altına alınan, özel hukuk tüzel kişiliğini haiz mazbut vakıf niteliğindeki Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı'nın mülkiyetinde olduğu,
Ayasofya'nın, vakfedenin iradesi gereği sürekli şekilde cami olarak kullanılması için toplumun hizmetine sunulduğu, bedelsiz olarak kamunun istifadesine terk edilmesi yönüyle hayrat taşınmaz niteliği taşıdığı, tapu belgesinde de cami vasfı ile tescilli bulunduğu,
Vakıf senedinin, hukuk kuralı etki, değer ve gücünde olduğu, vakfedilen taşınmazın vakıf senedindeki niteliğinin ve kullanım amacının değiştirilemeyeceği, bu hususun tüm gerçek ve tüzel kişilerle birlikte davalı idare için de bağlayıcı olduğu,
Devletin, vakıf varlığının, vakfedenin iradesine uygun olarak kullanılmasını sağlama yönünde pozitif yükümlülüğü, vakıf mal ve hakları ile ilgili olarak vakfedenin iradesini ortadan kaldıracak şekilde müdahalede bulunmama yönünde de negatif yükümlülüğünün bulunduğu, kuşkusuzdur.
Bu durumda, Türk hukuk sisteminde kadimden beri korunarak yaşatılan Vakfa ait taşınmaz ve hakların vakfiyesi doğrultusunda istifadesine bırakıldığı toplum tarafından kullanılmasına engel olunamayacağı, vakıf senedinde sürekli olarak tahsis edildiği cami vasfı dışında kullanımının ve başka bir amaca özgülenmesinin hukuken mümkün olmadığı sonucuna varıldığından, bu hususlar dikkate alınmaksızın Ayasofya'nın cami olarak kullanımının sonlandırılarak müzeye çevrilmesi yönünde tesis edilen dava konusu Bakanlar Kurulu Kararında hukuka uygunluk görülmemiştir."
