Tekirdağ 2. Ağır Ceza Mahkemesindeki duruşmaya, tutuklu sanık Mustafa K. ve avukatı katıldı. Sanık Mustafa K. savunmasında üniversitede görev yaptığı sürede kimseden emir almadığını ve kimsenin talimatı ile bir yerlere gelmediğini savundu. Sanığın avukatı da müvekkilinin suçunun olmadığı yönünde savunma yaptı.
Cumhuriyet savcısı mütalaasında, sanığın cezalandırılması için delillerin yeterli olduğunu belirterek, cezalandırılmasını istedi. Mahkeme heyeti, Mustafa K'nin "Suç işlemek için örgüt kurmak ve yönetmek" suçundan 6 yıl 3 ay hapisle cezalandırılmasına karar verdi.