Başarısız darbe girişiminin hemen ardından askeri yargıda temizlik yapıldı. Bu temizlik sonucunda 390 askeri hâkim ve savcıdan 280'i açığa alındı. Bu rakama göre askeri hâkimlerden FETÖ mensubu diye atılanların oranı yüzde 72. Atılanlardan 220'si teğmen ve üsteğmen. Son 9 yılda alınan askeri hakim sayısı 270. Bunların 220'si, yani yüzde 83'ü FETÖ'cü diye atıldı. Son 2 yılda Genelkurmay'a giren askeri hakimlerin ise tamamı FETÖ'cü çıktı. Darbe girişiminin İstanbul ve Ankara ayağını planladığı açıklanan hâkim albay Muharrem Köse, darbe teşebbüsünden 3 ay 10 gün önce, 5 yıldır yürüttüğü Genelkurmay Adli Müşavirliği görevinden alınmıştı. FETÖ'nün askeri yargıyı ele geçirmesi, yine sınav sistemini kullanarak, soru çalma yöntemiyle gerçekleşti. Eski Hava Kuvvetleri başsavcısı Ahmet Zeki Üçok şunları söyledi: "TSK'da en güçlü oldukları yer askeri yargı. Sadece TSK içinde değil, sivil savcılıkların, mahkemelerin FETÖ davalarında müzekkerelere cevap vermeyip, soruşturmaları aksattılar. Ergenekon, Balyoz ve Askeri Casusluk gibi kumpas davalarında yönlendirme yaptılar. Askeri yargı derhal kapatılmalı. Sadece disiplin mahkemeleri kalır. Bunlar askeri disiplin suçlarına bakmaya devam eder".
