İrtica ile Mücadele Eylem Planı'nı 2009'da uygulamaya koydukları iddiasıyla dönemin Erzincan Cumhuriyet Başsavcısı olan CHP Milletvekili İlhan Cihaner ve eski 3. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Saldıray Berk ile CHP Milletvekili Dursun Çiçek'in de aralarında bulunduğu 14 sanık hakkında Erzurum 2. Ağır Ceza Mahkemesi'nde açılan "Ergenekon" davasında gizli tanık olarak ifade verenler hakkında dava açılmış, sanıklar Serkan Zirek'e 20 yıl, Ahmet Koç'a ise 6 yıl 3 ay hapis cezası verilmişti. 16 Haziran'da verilen söz konusu kararın gerekçesinde, örgütün tüm devlet birimlerinde, özellikle adalet ve emniyet kurumlarıyla TSK'da örgütlenme yoluna gittiğine dikkat çekilerek, şu ifadelere yer verildi:
1990'lardan itibaren örgüt evlerinde yetişen elemanlar hâkim ve savcılığa yönlendirildi. Emniyet ve yargıya yerleştirdiği örgüt üyeleri ile ülkenin yargı sistemini tamamen kendisine hizmet eder hale getirdi Adeta devlet içinde paralel bir yargı ve polis teşkilatı kurdu. İş adamlarını sahte soruşturmalarla sindirdi, askerleri ve bürokratları tutuklandı, insanların özel görüntüleri ve konuşmalarını usulsüz olarak elde etti ve örgütün medya kanallarında servis ederek bir korku imparatorluğu kurduğu bilinen bir gerçek.
Örgüt çok büyük bir camiaya sahip olduğu düşüncesi ile artık önünde kimsenin duramayacağı fikrine kapılıp, yaşadığı öz güven patlamasının neticesi olarak 2007'den beri devletin güvenliğinin teminatı olan Türk Silahlı Kuvvetleri'nde kendisine muhalif olan subayları pasivize edebilmek için uydurduğu delillerle operasyon yaptı. Bu şekilde yüzlerce subayın hayatını kararttı.
Emrindeki yargı ve emniyet mensuplarını kullanarak zorla himmet toplandı, örgütün taleplerine karşı gelen kişiler bir suç veya terör örgütü ile ilişkili gösterildi, elindeki silahlı kamu gücünü kullanarak tutuklamalar yaptı.
Örgütün kurulum aşamasından günümüze kadar devletin askeri ve stratejik olarak etkin kurumlarına sızma suretiyle, soruların çalınması, önemli makamlarda bulunan kişilerin hukuka aykırı şekilde şantaj ve tehditle uzaklaştırılması, görev verilirken kişinin liyakatından ziyade örgüte yakınlığının gözetilmesi gibi, devleti ele geçirmeye yönelik faaliyetleri, özellikle 2008 ve sonrasındasüreklilik unsurunun da gerçekleştiği sonucuna varıldı.
Erzincan ili Çatalarmut mevkisinde silah mermilerinin bulunduğu yerin jandarma bölgesinde olmasına rağmen, o dönem özellikle emniyete ihbarda bulunulduğu ve gizli tanıkların bu şekilde yönlendirildiği, bu nedenle yerleştirilen silah ve mermilerin örgütün kullanımında olan silah ve mermiler olduğu, dolayısıyla örgütün silahlı örgüt olarak kabul edilmesi gerektiği, kaldı ki Yargıtay 9. Ceza Dairesi'nin 2013/9298 karar sayılı ilamında da belirtildiği üzere, benimsediği yöntemler nazara alındığında silahlı terör örgütü olarak kabulünde zorunluluk bulunduğu kanaati oluşmuştur.
