Cumhuriyet Savcısı Hasan Karagöz tarafından hazırlanan ve 2. Ağır Ceza Mahkemesince kabul edilen 887 sayfalık iddianamede 7'si tutuklu 89 sanığın, "Silahlı terör örgütü yöneticiliği yapmak", "silahlı terör örgütüne üye olmak", "silahlı terör örgütüne bilerek ve isteyerek yardım etmek", "özel belgede sahtecilik", "dernekler kanununa muhalefet", "güveni kötüye kullanma" ve "6136 sayılı yasaya muhalefet" suçlarından cezalandırılmaları isteniyor.
İddianamede, FETÖ/PDY isimli yapılanmanın 3713 Sayılı Terörle Mücadele Kanunu 1 ve 7'inci maddelerinde ifade edilen, Anayasada belirtilen, "Cumhuriyetin niteliklerini, siyasi, hukuki, sosyal, laik, ekonomik düzeni değiştirmek, devletin ve cumhuriyetin varlığını tehlikeye düşürmek, devlet otoritesini zaafa uğratmak veya yıkmak veya ele geçirmek, devletin iç ve dış güvenliğini kamu düzenini veya genel sağlığı bozmak amacıyla kurulmuş terör örgütü niteliğinde örgütlü yapıya sahip silahlı bir terör örgütü olduğunun Emniyet Genel Müdürlüğü Terörle Mücadele Daire Başkanlığı yazısı ve tüm dosya kapsamından sabit olduğu bildirildi.
Örgütün, Eskişehir'de bir yapılanmasının mevcut olduğunun da belirlendiğine yer verilen iddianamede, bu yapılanmanın hiyerarşik olarak birbirlerine bağlı olduğu belirtildi. İddianamede örgütün amacı ise şöyle ifade edildi:
"Kentte, gizliliğe riayet etmek şartı ile kurban, deri toplayarak paraya çevirmek ve 'himmet' adı altında paralar toplayarak FETÖ/PDY Eskişehir örgütünün sorumlu olduğu ülkelerden gelen kuryelere teslim etmek ve kentte bulunan ışık evlerine öğrenci yerleştirerek ihtiyaçlarını karşılamak suretiyle eleman kazandırmak olduğu, öğrenci seçme ekipleri ile köy ve semtlerden topladığı gençleri, bünyesindeki vakıf, ışık evleri, okul ve dershaneleri marifetiyle ideoloji doğrultusunda yetiştirerek, bu gençleri, devlet modeline uygun bir paralel örgütlenme ile gizlice başta siyaset, mülkiye, adliye, maliye, askeriye ve emniyet olmak üzere devletin tüm kılcal damarlarına sızmaya çalıştıkları, devlet dışında kendisine bağlı bir ekonomik sistem kurma, şirket birlikleri ve konfederasyonlar kurarak zenginler kulübü oluşturmak, böylelikle ulusal ve uluslararası ticarette söz sahibi olma neticesinde, devlet yönetimini ele geçirerek yönetimde tek söz sahibi olmaya çalıştıkları anlaşılmıştır."
Sanıkların görüşme fotoğraflarının da yer aldığı ve mahkemeye delil olarak sunulduğu iddianamede, Eskişehir Yöneticiler Derneğinin (ESYÖNDER) uzun süre başkanlığını yapan şüpheli Halil Ç'nin Eskişehir Gıda, Tarım ve Hayvancılık İl Müdürü olduğu dönemlerde, görev ve yetkilerini kötüye kullanarak FETÖ/PDY'ye verdikleri himmeti, Bank Asya ile irtibatını kesen, FETÖ/PDY'nin toplantılarına katılmayan, ya da Zaman gazetesi ve Sızıntı dergisi gibi bazı gazete ve dergilere olan aboneliklerine son veren bazı esnaflara idari para cezası uyguladığı yer aldı.
İddianamede, FETÖ/PDY silahlı terör örgütünün, Eskişehir'de "il imamı", "eyalet imamı", "büyük bölge imamları", "küçük bölge imamları" ve "ev imamları" şeklinde yapılandığı, soruşturma evrakı kapsamına göre, örgütün Eskişehir'de, "il imamı''nın Mehmet M, "eyalet imamı''nın Selçuk G, "örgütün kasası''nın İsmail Ö, "büyük bölge imamları"nın Mehmet Sadık Ç, Abdülkadir M, Fatih G. ve Ahmet Ç, "küçük bölge İmamları"nın ise Ahmet İ, Ahmet E, Serdar Ü, Mehmet H, Emrah T, Cabir Ş, Adem A, Mahmut B. ile Enes Ruhi Ç. olduğu belirtildi.
İddianamenin kabul edilmesinin ardından dava açılan 7'si tutuklu 89 şüphelinin yargılanmasına 18 Temmuz'da başlanacak.
Öte yandan, söz konusu örgütün üyesi olduğu ve yurt dışına kaçtıkları belirlenen Mustafa E, Mehmet A. ile Selçuk G'nin yakalanması için çalışmaların sürdüğü belirtildi.
Eskişehir merkezli 6 ilde 10 Kasım 2015'te FETÖ/PDY'ye yönelik operasyonda gözaltına alınan kişilerden "Eskişehir il imamı" olduğu iddia edilen Mehmet M. tutuklanmış, diğerleri serbest bırakılmıştı. Soruşturma kapsamında sonraki günlerde gözaltına alınan kişilerden 6'sı daha tutuklanmıştı.