İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'nın FETÖ/PDY soruşturmaları kapsamında İzmir Nöbetçi Asliye Hukuk Mahkemesi'ne yaptığı başvuru üzerine Vakfın FETÖ ile irtibatına ilişkin delilleri değerlendirerek savcılığın başvurusunu yerinde gördü. İzmir 1. Asliye Hukuk Mahkemesi, vakfın yönetimine 4 kayyum görevlendirdi. Bütün yönetim organları bu kayyumlara devredildi.
Türkiye Tabipler Vakfı bünyesinde bulunan Şifa Üniversitesi'ne bağlı 9 hastane izinsiz çalıştığı iddiasıyla geçtiğimiz günlerde önce çalışma izinleri iptal edilmiş ardından da hastanelerin kapatılmasına karar verilmişti. Şifa Üniversitesi Rektörü de geçtiği günlerde FETÖ operasyonu kapsamında tutuklanarak cezaevine konulmuştu.
İzmir'de FETÖ-PDY'ye yasa dışı para aktarıldığı iddiasıyla Türk Tabipler Vakfı'na geçtiğimiz haziran ayında polis baskını yapılmıştı. Operasyon kapsamında Türkiye Tabipler Vakfı'nın kurucusu olduğu Şifa Üniversitesi ve Şifa Üniversitesi Tıp Fükültesi hastanesinde de arama yapılmış, 21 saat süren arama sonucunda 200 klasör evrak ile bilgisayarlara el konulmuştu.