Zaman gazetesine kayyum atanması talebinde bulunan İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekili Fuzuli Aydoğdu iki yıl boyunca delil topladı. Birçok tanığın ifadelerine başvuran Aydoğdu, binlerce belgeye de ulaştı. Tanıklar, Zaman gazetesinin FETÖ/PDY örgütünün yayın organı olduğu, gerçek sahibinin örgüt lideri Fetullah Gülen olduğu, Gülen'in gazete baskıya girmeden sayfalarını gözden geçirdiği, gazeteye çeşitli talimatlar verdiği, talimatların da harfiyen yerine getirildiğini anlattı. Gazetenin FETÖ /PDY'ye yapılan operasyonları boşa çıkartmak üzere çarpıtma haberler yaptığı, söz konusu örgütün amacına açıkça hizmet eder içerikli yayınlara yer verdiği, örgütün propagandasını yürüttüğü bu yöndeki yayınların devam etmesi durumunda maddi gerçeklerin ortaya çıkarılmasında güçlük çekileceği sebebiyle kayyum atanması gerekli görüldü. Ayrıca Zaman, gerçek tirajı 10 bin- 25 bin bandında olmasına rağmen Basın İlan Kurumu'na 50 binin üstündeymiş gibi bildirimde bulunduğu böylece devletten haksız şekilde 3.5 milyon lira ödenek aldığı rapor haline getirildi. Bu usulsüzlük, FETÖ/PYD soruşturma dosyasına delil olarak konuldu.
