İzmir'de, Pararlel yapının finans kaynaklarından olan Şifa Üniversitesi Bornova Araştırma ve Uygulama Merkezine bağlı ek binalar hakkında YÖK tarafından ruhsat iptali, İl Sağlık Müdürlüğü'nce ise mühür vurmak suretiyle kapatma işlemi uygulanmıştı.
Bölge İdare Mahkemesi bir süre önce "yürütmeyi durdurma" kararı vermişti. YÖK ve İl Sağlık Müdürlüğü'nün itirazını değerlendiren İzmir 6. İdare Mahkemesi, Bornova'daki Şifa Hastanesi hariç Şifa Üniversitesi'ne bağlı İzmir'deki tüm poliklinik ve hastanelerin kapatılmasına hükmetti.Kararın ardından Şifa Üniversitesi Bornova Araştırma ve Uygulama Merkezine bağlı ek binalardaki ticari faaliyetler bir kez daha durduruldu.
Diğer taraftan İzmir Emniyet Müdürlüğü Mali Suçlarla Mücadele Şubesi ekiplerinin Şifa Hastaneleri'nde 2011-2014 dönemindeki usulsüzlük ve haksız kazanç iddialarıyla ilgili incelemelerinde sona gelindiği öğrenildi. Şifa Üniversitesine bağlı ek binalarda "tıp eğitimi" adı altında sağlık hizmeti vermek suretiyle yapılan ticari faaliyeti en ince ayrıntısına kadar mercek altına alan ekiplerin, yaklaşık 200 milyon lira civarında haksız kazanç elde edildiğini tespit ettikleri öğrenildi.
İzmir Emniyet Müdürlüğü Mali Suçlarla Mücadele Şubesi ekiplerince, Türkiye Tabipler Vakfı (TÜTAV) ile vakfın kurucusu olduğu Şifa Üniversitesi ve Şifa Hastanesinde "evrakta sahtecilik ve PDY'ye finansal destek sağlandığı" iddiaları üzerine mahkeme kararıyla yapılan aramaların ardından üniversiteye ait ek binalarda YÖK kurul kararı olmadan, 2011-2014 döneminde tıp eğitimi veriliyormuş gibi gösterilerek sağlık hizmeti sunulduğu bulgusuna ulaşılmıştı.
Bunun üzerine harekete geçen YÖK, İzmir İl Sağlık Müdürlüğü ve SGK yetkilileri, Şifa Üniversitesinin Buca, Gaziemir, Menderes, Göztepe, Palmiye ve Basmane ek binaları ile Karşıyaka Polikliniği ve Kaya Termal Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Merkezleri'ne kapatma kararını tebliğ etmişti.YÖK, Şifa Üniversitesi Bornova Araştırma ve Uygulama Hastanesine 2014 sonrası için ek binalarda tıp eğitimine izin veren kurul kararını da iptal ederek, tekrar başvuru yapılmasını istemişti.Bölge İdare Mahkemesi, konuyla ilgili başvuru üzerine soruşturma ve incelemelerin devam ettiği hastanenin ek binalardaki ticari faaliyetlerinin sonlandırılmasına ilişkin, telafisi olmayacak zarara yol açmamak için tedbiren yürütmenin durdurulması kararını vermişti.
