Paralel Yapı'ya yönelik mücadelede bugüne kadar önemli adımlar atıldı. Örgütün inlerine girildi. 1000'i aşkın kişi gözaltına alındı, 250'si tutuklandı. Devletin neredeyse tüm kurumlarına sızan örgütün ana yuvası ise emniyet ve yargı oldu. TSK, TİB, TÜBİTAK, HAVELSAN, Telekom, ÖSYM, TBMM, bakanlıklar, üniversiteler ve tüm devlet kurumlarında hem adli hem idari soruşturma başlatıldı. 17-25 Aralık darbe girişimleri ile deşifre olan örgüt üye ve yöneticileri "Fethullah Gülen Terör Örgütü yöneticiliği veya üyeliği", "siyasal ve askeri casusluk", "darbeye teşebbüs", "yasadışı dinleme", "resmi evrakta sahtecilik", "kişisel verileri hukuka aykırı olarak kaydetme", "özel hayatın gizliliğini ihlal", "suç delillerini yok etme", "görevi kötüye kullanma" ve "yasaklanan bilgileri açıklama ve temin etme" ile "kamu kurum ve kuruluşlarının zararına dolandırıcılık" suçlarından hesap veriyor. Paralel örgütün yapısını ortaya koyacak bir başka soruşturma daha yürüyor: "Ana örgüt" soruşturması hem İstanbul hem Ankara Başsavcılığı'nda iki ayrı dosya olarak yürütülüyor. Örgütün lideri Fetullah Gülen ile birlikte diğer yöneticiler tespit edildikçe soruşturmaya dahil edilecek. İşte Paralel Yapı ile mücadelenin seyir defteri:
İLK OPERASYON
Paralel Yapı'ya ilk büyük operasyon geçen yıl 22 Temmuz'da İstanbul İstihbarat ve Terörle Mücadele Şubeleri'nde görevli emniyet mensuplarına yapıldı. 22 kente yayılan operasyonlarda 75'i Terörle Mücadele Şubesi, 39'u İstihbarat Şube'de görevli 114 polis gözaltına alındı. Bu polisler, sözde Selam örgütü bahanesiyle "yasadışı dinleme" ve "casusluk" faaliyeti yürütmekle suçlandı. Gözaltına alınanlar arasında eski İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürleri Yurt Atayün, Ömer Köse, eski İstihbarat Şube Müdürleri Ali Fuat Yılmazer, Erol Demirhan da vardı. "Casusluk" ile suçlananların sözde Selam örgütü bahanesiyle Başbakan Erdoğan, bakanlar ve MİT müsteşarını 3 yıl süreyle dinlediği belirtildi. Selam Örgütü üyesi diye 4 bin kişinin yasa dışı dinlendiği ortaya çıktı.
Pensilvanya'da yaşayan örgüt lideri Fetullah Gülen'in talimatı ile 2010'da Nur cemaatine bağlı Tahşiyeciler grubuna kumpas kurdukları gerekçesiyle 14 Aralık 2014'te Paralel Yapı'nın medya ve emniyet ayağına operasyon yapıldı. Bu operasyonlarda Samanyolu Yayın Grubu Başkanı Hidayet Karaca, Zaman Genel Yayın Yönetmeni Ekrem Dumanlı'nın da aralarında bulunduğu 31 kişi gözaltına alındı. Tahşiyecilere kumpas soruşturması kapsamında ilk kez Fetullah Gülen hakkında yakalama kararı çıkarıldı. Paralel Yapı'nın "milli güvenliği tehdit eden paralel devlet yapılanması" olarak tanımlanması ve Kırmızı Kitap'a alınması ise 29 Nisan 2015'teki MGK toplantısında gerçekleşti.