Ergenekon'un
firari şüphelisi olan ve Kanada'da yaşayan gazeteci Tuncay Güney'i, Ergenekon'dan ilk bahsettiği 2001'de sorgulayan emniyet amiri Ahmet İhtiyaroğlu'nun tanık olarak verdiği ifadeler, gerekçeli karara girdi. İhtiyaroğlu, "Tuncay Güney örgütün ilk yapılanmasından günümüze kadar olan gelişmeleri anlatırken bir ara yeri ve tarihi geldiğinde Fethullah Gülen yapılanmasının da Ergenekon örgütünün alt yapılanması olduğunu anlattı ve geçiştirdi. Bunu anlatırken ağzından kaçırmış gibi bir hali vardı ve bir de terledi" dedi. Gerekçeli kararda Ergenekon'un Türk gladyosu olduğu ve Türkiye'de ilk kez derin devletin yargılandığı yazılırken, Gülen iddiasına ilişkin hiçbir soruşturma yürütülmedi. İhtiyaroğlu'nun ifadelerine göre; Güney'in sorgusu, dönemin DGM Başsavcısı Aykut Cengiz Engin'in talimatıyla kamera kaydına alındı. Sorgu, Gülen örgütünün etkili olduğu İstihbarat Şube'nin kurduğu düzenekle kaydedildi. İhtiyaroğlu, Ergenekon savcılarına gönderdiği ve 16 bin 798 sayfalık gerekçeli karara da giren dilekçesinde Güney'in sorgusunu şöyle anlatıyor: Gülen yapılanmasının 70'li yıllarda Ergenekon oluşumunun bir alt yapılanması olduğunu, Ergenekon'a bağlı hareket ettiğini anlattı. 1980'den sonra Turgut Özal'lı yıllarda Gülen'in güçlendiğini, Gülen oluşumunun Ergenekon oluşumunu geçtiğini, özellikle emniyet içerisinde çok güçlendiğini, bu durumun Ergenekon yapılanması içinde tedirginlik yarattığını, dolayısıyla 28 Şubat sonrası Ergenekon'un Gülen oluşumunu tasfiye kararı alıp dağıtmaya çalıştığını, aslında her iki oluşumun da ABD tarafından kurulduğunu, şimdi ise Ergenekon'un miadını doldurduğunu, Gülen oluşumunu ise halen desteklediklerini, kendisinin Gülen oluşumunun içerisinde yer aldığını ve basın işlerinden sorumlu olduğunu, şimdi ise Ergenekon yapılanmasıyla Gülen arasında çatışma olduğunu beyan etmişti.
